PDB-3lkl: Crystal structure of the C-terminal domain of Anti-Sigma factor a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lkl

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of Anti-Sigma factor antagonist STAS from Rhodobacter sphaeroides

要素

Antisigma-factor antagonist STAS

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MCSG / PSI / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Nocek, B. / Marshall, N. / Davidoff, J. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of Anti-Sigma factor antagonist STAS from Rhodobacter sphaeroides
著者: Nocek, B. / Marshall, N. / Davidoff, J. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lkl.cif.gz	52.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lkl.ent.gz	39 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lkl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/3lkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/3lkl	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3lr1-d 4db9-5 4db9-4 6gz1-d 4ej8-d 4f7f-2 2qgv-11 3h8h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc63695.3

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Antisigma-factor antagonist STAS

B: Antisigma-factor antagonist STAS

22.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Antisigma-factor antagonist STAS

B: Antisigma-factor antagonist STAS

ソフトウェアが定義した集合体
22.3 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Antisigma-factor antagonist STAS

ソフトウェアが定義した集合体
11.2 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Antisigma-factor antagonist STAS

ソフトウェアが定義した集合体
11.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.428, 98.428, 46.825
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

詳細

authors state that the biological unit is unknown.

#1: タンパク質	Antisigma-factor antagonist STAS 分子量: 11152.063 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 391-485 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RSP_4257 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21-DE3 / 参照: UniProt: Q3HKG0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2 M Sodium Chloride Na/K phosphate 50% PEG 200 , pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月28日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.963
1	1	h+k,-k,-l	2	0.037

反射

解像度: 2.15→40 Å / Num. all: 14500 / Num. obs: 14242 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 50 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 25.4

反射シェル

最高解像度: 2.15 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 717 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
CCP4		モデル構築
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
CCP4		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 16.891 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2418	747	5.2 %	RANDOM
R_work	0.19946	-	-	-
all	0.20164	14250	-	-
obs	0.20164	13489	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.643 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1395	0	0	82	1477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.01	1.944	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.086	3	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.201	5	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.555	23.188	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.222	15	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.389	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	317
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.055	1.5	895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.304	1.5	367
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.842	2	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.031	3	520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.72	4.5	489
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.149→2.205 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	42	-
R_work	0.199	976	-
obs	-	-	96.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2209	1.5776	-6.0609	8.7137	-2.7374	1.5049	-0.2943	0.68	-0.0276	-0.7301	0.1299	-0.1339	0.5249	-0.4827	0.1644	0.2428	-0.0659	0.0491	0.2482	0.0449	0.3611	-30.944	23.7386	-7.4804
2	4.4084	0.7538	-2.694	9.5144	-4.5855	7.0406	-0.0542	-0.475	-0.2666	0.1499	-0.0487	-0.2324	0.1555	0.3678	0.103	0.2211	-0.0008	0.053	0.2179	0.0574	0.2904	-37.0113	16.8294	9.544
3	6.3541	3.8017	-8.3376	5.8249	-4.7232	6.7281	-0.4956	0.1329	-0.3902	-0.2011	0.2062	-0.3381	0.4831	0.0841	0.2894	0.2134	-0.0325	0.0022	0.2235	0.0073	0.2843	-29.596	25.1518	-2.0991
4	6.5352	3.099	-4.3358	2.8834	-2.9394	5.9615	-0.1141	0.3437	-0.089	0.0019	-0.0397	-0.0478	-0.0224	-0.1626	0.1538	0.191	-0.0302	-0.0334	0.21	0.0241	0.2543	-37.6298	29.8484	-7.4549
5	2.9365	3.8883	-3.5902	6.7201	4.4565	16.7799	-0.3846	0.0415	0.0133	0.363	0.0107	0.3847	0.4065	0.0568	0.3739	0.2343	-0.02	0.0737	0.1166	0.0319	0.3004	-43.1891	22.2823	8.5413
6	2.7004	1.1645	-3.1094	0.954	-1.9704	5.9622	0.012	0.0865	0.0009	0.1548	-0.0575	-0.1442	-0.1003	0.1681	0.0455	0.1871	-0.0476	-0.0151	0.2443	0.0308	0.2752	-27.9441	30.7158	-1.0905
7	5.3073	0.2915	-3.1959	3.1346	-1.2584	-0.3713	0.0627	0.0412	0.032	-0.0284	-0.1103	-0.0592	-0.11	-0.0734	0.0476	0.2265	-0.0532	-0.0625	0.2036	0.0317	0.2879	-37.1989	37.6502	-2.1322
8	16.0737	-2.3547	-0.8097	6.5562	-1.2088	8.4277	-0.0583	-0.0358	0.1708	0.2035	0.042	0.3365	0.0071	-0.0378	0.0163	0.1993	-0.0301	0.0154	0.1362	0.0116	0.2411	-42.009	30.2524	8.1245
9	6.3127	5.7608	-8.2634	8.8165	-2.0536	9.9855	0.1016	-0.6495	-0.02	0.1485	-0.3212	-0.3457	-0.1247	0.5397	0.2197	0.1776	-0.073	-0.0655	0.2093	0.0344	0.341	-25.3798	35.3137	2.42
10	1.6734	25.2882	10.7069	28.1849	2.6874	19.2326	0.0575	0.3457	0.9572	0.287	-0.0608	0.0983	-1.1889	0.2265	0.0033	0.474	-0.0357	0.0217	0.4459	-0.0168	0.5067	-24.1134	44.338	-4.3992
11	1.4561	-0.4906	-1.8261	4.6182	-1.4824	6.2028	0.142	-0.3239	-0.1969	0.0256	-0.0492	0.6977	-0.4521	-0.4241	-0.0929	0.1097	-0.1097	-0.0784	0.4703	-0.0852	0.4084	-45.9136	52.7648	9.5824
12	26.4129	-6.8946	-9.9263	-0.7507	7.6027	7.6519	0.1542	-0.367	-0.1407	-0.2479	-0.203	0.2815	0.2475	-0.692	0.0487	0.2017	-0.114	-0.1737	0.2906	0.0158	0.4089	-38.8596	47.1822	5.0309
13	24.5569	1.9006	12.8253	19.9338	4.0993	5.817	0.0784	1.7816	0.1657	-1.9012	-0.7259	-0.5812	-0.1793	0.509	0.6475	0.3173	-0.1314	-0.0343	0.3071	0.0368	0.3753	-29.7797	54.3646	-0.1942
14	30.3695	1.8393	0.3187	23.144	7.6799	20.979	-0.4161	1.1005	0.0122	-0.6309	0.5897	-0.0902	-1.3598	-0.3154	-0.1736	0.1613	-0.036	-0.1592	0.1459	-0.0319	0.3808	-37.1827	58.7828	3.3591
15	-0.7011	-1.8372	-3.0876	11.861	8.9433	10.5583	0.7964	0.0165	0.2725	1.2352	0.2282	0.2714	-0.9803	-0.7465	-1.0245	0.5933	0.2021	-0.0153	0.5493	-0.183	0.5993	-44.1978	63.2629	12.2634
16	6.6035	-0.2629	-4.7509	-1.2738	0.808	4.7251	0.3275	-0.3115	0.4693	0.0461	-0.0777	0.0319	-0.1781	-1.5161	-0.2498	0.1197	-0.0655	-0.0283	0.9744	-0.0928	0.3773	-42.6493	53.5714	16.6825
17	3.1966	-1.013	0.5525	-0.3809	0.8115	2.9703	0.1166	-0.2655	0.3199	-0.2894	-0.0487	-0.0363	0.0735	-0.2658	-0.0679	0.1647	-0.0921	-0.058	0.2634	-0.0539	0.2891	-31.2028	52.6475	9.4126
18	1.0939	-4.3824	-2.7448	13.0411	9.8462	4.3718	0.2354	-0.1193	0.2855	0.1887	-0.2729	0.3598	-0.0455	-0.7333	0.0375	0.25	-0.0618	0.004	0.6299	-0.0833	0.5263	-38.3299	56.5113	18.9218
19	34.8356	-18.2867	-11.0662	12.7578	5.3167	2.2219	-0.3201	-0.9398	-1.2409	0.4066	-0.1644	0.3837	1.5549	-0.4568	0.4845	0.3705	-0.3927	-0.1589	0.4903	0.124	0.3099	-30.974	41.9042	11.5847
20	18.724	-0.6998	0.7182	23.0444	-0.4153	3.0361	0.528	-0.2775	0.2962	-1.0482	0.3233	-0.0388	0.6885	-0.0851	-0.8513	0.4097	-0.0631	-0.1181	0.1297	-0.0468	0.2851	-22.3027	42.6995	8.3026

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 14
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	15 - 21
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	22 - 36
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	37 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	43 - 53
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	54 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	67 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	77 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	86 - 91
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	0 - 16
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	17 - 22
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	23 - 27
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	28 - 33
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	34 - 39
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	40 - 47
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	48 - 67
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	68 - 80
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	81 - 86
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	87 - 92

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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