PDB-7bk6: PfCopC mutant - D83A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bk6

タイトル

PfCopC mutant - D83A

要素

Putative copper resistance protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Copper binding / copper transport

機能・相同性

機能・相同性情報

copper ion transport / response to copper ion / periplasmic space / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Muderspach, S.J. / Ipsen, J. / Rollan, C.H. / Bertelsen, A.B. / Norholm, M.H.H. / Johansen, K.S. / Lo Leggio, L.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2021
タイトル: Copper binding and reactivity at the histidine brace motif: insights from mutational analysis of the Pseudomonas fluorescens copper chaperone CopC.
著者: Ipsen, J.O. / Hernandez-Rollan, C. / Muderspach, S.J. / Brander, S. / Bertelsen, A.B. / Jensen, P.E. / Norholm, M.H.H. / Lo Leggio, L. / Johansen, K.S.

履歴

登録	2021年1月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bk6.cif.gz	54.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bk6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bk6_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bk6_full_validation.pdf.gz	458 KB	表示
XML形式データ	7bk6_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	7bk6_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bk6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bk5C 7bk7C 6nfqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nfq-1 6nfq-3 7bk7-2 7bk6-2 7bk5-d 104d-d 6nfs-d 6tpb-d 2bx5-13 3r15-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Putative copper resistance protein

BBB: Putative copper resistance protein

ヘテロ分子

20.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Putative copper resistance protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Putative copper resistance protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.060, 80.060, 89.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Putative copper resistance protein 分子量: 10066.284 Da / 分子数: 2 / 変異: D83A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: SBW25 / 遺伝子: PFLU_3946 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: C3JYL7

-
非ポリマー , 6種, 93分子

#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.5 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→44.7 Å / Num. obs: 15379 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.69
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 13 % / Num. unique obs: 1136 / CC_1/2: 0.544 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	v. Jan 31, 2020	データ削減
XSCALE	v. Jan 31, 2020	データスケーリング
MOLREP	Vers 11.6.03; 30.04.2018	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NFQ

6nfq

解像度: 2.15→40.062 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 7.524 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2634	787	5.118 %
R_work	0.2147	14591	-
all	0.217	-	-
obs	-	15378	99.955 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.356 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.153 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.153 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.305 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→40.062 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1396	0	13	87	1496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.644	1.643	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.278	1.581	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.217	5	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.677	24.694	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.742	15	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.328	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	654
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.156	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.327	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.294	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.301	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.147	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.518	7.056	786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.526	7.042	783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.825	10.532	983
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.825	10.532	983
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.067	7.392	681
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.985	7.381	678
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.885	10.905	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.852	10.881	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.162	86.768	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.182	86.698	1565

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.206	0.366	66	0.394	1069	X-RAY DIFFRACTION	99.6488
2.206-2.266	0.386	56	0.364	1054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.266-2.332	0.376	40	0.316	1025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.332-2.403	0.306	37	0.285	1024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.403-2.482	0.343	66	0.305	940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.482-2.569	0.258	42	0.265	918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.569-2.666	0.353	44	0.289	904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.666-2.774	0.371	38	0.276	871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.774-2.897	0.327	47	0.246	825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.897-3.039	0.297	51	0.219	764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.039-3.202	0.268	40	0.24	769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.202-3.396	0.341	50	0.26	701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.396-3.63	0.292	31	0.237	679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.919	0.308	31	0.23	612	X-RAY DIFFRACTION	99.8447
3.919-4.292	0.247	37	0.175	584	X-RAY DIFFRACTION	100
4.292-4.795	0.205	34	0.15	521	X-RAY DIFFRACTION	100
4.795-5.531	0.21	26	0.16	454	X-RAY DIFFRACTION	100
5.531-6.759	0.246	19	0.195	399	X-RAY DIFFRACTION	100
6.759-9.498	0.212	21	0.17	301	X-RAY DIFFRACTION	100
9.498-40.06	0.152	11	0.182	177	X-RAY DIFFRACTION	98.9474

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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