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万見
- PDB-7bjs: Crystal structure of Khc/atypical Tm1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bjs
タイトルCrystal structure of Khc/atypical Tm1 complex
要素
  • Kinesin heavy chain
  • SD21996p
キーワードTRANSPORT PROTEIN / triple coiled-coil / mRNA transport / protein-protein complex / Drosophila oocyte
機能・相同性
機能・相同性情報


anterograde axonal transport of mitochondrion / actin filament bundle organization / ovarian nurse cell to oocyte transport / anterograde dendritic transport / mitochondrion distribution / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / larval locomotory behavior / eye photoreceptor cell differentiation / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / pole plasm oskar mRNA localization ...anterograde axonal transport of mitochondrion / actin filament bundle organization / ovarian nurse cell to oocyte transport / anterograde dendritic transport / mitochondrion distribution / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / larval locomotory behavior / eye photoreceptor cell differentiation / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / pole plasm oskar mRNA localization / oocyte dorsal/ventral axis specification / pole plasm assembly / dorsal appendage formation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / larval somatic muscle development / transport along microtubule / centrosome separation / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / microtubule sliding / actin cap / microtubule plus-end / plus-end-directed microtubule motor activity / axo-dendritic transport / kinesin complex / microtubule motor activity / dendrite morphogenesis / nuclear migration / microtubule-based movement / stress granule disassembly / synaptic vesicle transport / tropomyosin binding / intracellular distribution of mitochondria / microtubule polymerization / cytoskeletal motor activity / axon cytoplasm / dendrite cytoplasm / axonogenesis / axon guidance / microtubule binding / microtubule / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tropomyosin / Tropomyosin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinesin heavy chain / SD21996p
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Dimitrova-Paternoga, L. / Jagtap, P.K.A. / Ephrussi, A. / Hennig, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SPP 1935 ドイツ
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis of mRNA transport by a kinesin-1-atypical tropomyosin complex.
著者: Dimitrova-Paternoga, L. / Jagtap, P.K.A. / Cyrklaff, A. / Lapouge, K. / Sehr, P. / Perez, K. / Heber, S. / Low, C. / Hennig, J. / Ephrussi, A.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin heavy chain
B: Kinesin heavy chain
C: SD21996p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9293
ポリマ－30,9293
非ポリマー00
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6880 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.770, 33.490, 126.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 855 through 872 or (resid 873...
21(chain B and (resid 855 through 907 or (resid 908...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERVALVAL(chain A and (resid 855 through 872 or (resid 873...AA855 - 8723 - 20
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 855 through 872 or (resid 873...AA87321
13SERSERARGARG(chain A and (resid 855 through 872 or (resid 873...AA855 - 9233 - 71
14SERSERARGARG(chain A and (resid 855 through 872 or (resid 873...AA855 - 9233 - 71
15SERSERARGARG(chain A and (resid 855 through 872 or (resid 873...AA855 - 9233 - 71
16SERSERARGARG(chain A and (resid 855 through 872 or (resid 873...AA855 - 9233 - 71
21SERSERLYSLYS(chain B and (resid 855 through 907 or (resid 908...BB855 - 9073 - 55
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 855 through 907 or (resid 908...BB90856
23SERSERARGARG(chain B and (resid 855 through 907 or (resid 908...BB855 - 9163 - 64
24SERSERARGARG(chain B and (resid 855 through 907 or (resid 908...BB855 - 9163 - 64
25SERSERARGARG(chain B and (resid 855 through 907 or (resid 908...BB855 - 9163 - 64
26SERSERARGARG(chain B and (resid 855 through 907 or (resid 908...BB855 - 9163 - 64
27SERSERARGARG(chain B and (resid 855 through 907 or (resid 908...BB855 - 9163 - 64

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要素

#1: タンパク質 Kinesin heavy chain


分子量: 10588.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Khc, kin, CG7765 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17210
#2: タンパク質 SD21996p / Tropomyosin 1 / isoform H


分子量: 9751.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FlyBase ID FBpp0088901
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Tm1, 10, 1305, 2299, BcDNA:GH09289, BcDNA:LD37158, BcDNA:SD21996, chr3R:11122272..11122408, cTM, cTm, cTmII, Dm Tm1, Dm TmH33, Dm TmH34, Dmel\CG4898, DmTm1, l(3)02299, l(3)S130510, l(3) ...遺伝子: Tm1, 10, 1305, 2299, BcDNA:GH09289, BcDNA:LD37158, BcDNA:SD21996, chr3R:11122272..11122408, cTM, cTm, cTmII, Dm Tm1, Dm TmH33, Dm TmH34, Dmel\CG4898, DmTm1, l(3)02299, l(3)S130510, l(3)s2958, mTmII, PmI, region 3, TM, Tm, TM1, tm1, TmH, TmH-33, TmH-34, TmH33, TmH34, TMII, TmII, tmII, Tmr33, Tmr34, TnH, TnH-33, TnH-34, tropomyosin, CG4898, Dmel_CG4898
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q8IG84
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaAc, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→41.87 Å / Num. obs: 21116 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.387 % / Biso Wilson estimate: 51.357 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 1.113 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 71511
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.28-2.342.9691.0460.994186159514100.3451.26988.4
2.34-2.43.220.9771.165036156815640.5191.17799.7
2.4-2.473.5220.6991.735202147914770.6310.82799.9
2.47-2.553.5310.5852.15155146514600.7030.69199.7
2.55-2.633.4750.4992.514948142614240.8070.59199.9
2.63-2.723.420.452.824620135113510.8220.535100
2.72-2.833.290.3293.584359133613250.8990.39399.2
2.83-2.943.1850.2424.474026126912640.9490.29299.6
2.94-3.073.5460.2115.564223119811910.9580.2599.4
3.07-3.223.5480.1596.964180118411780.9760.18799.5
3.22-3.43.4690.1318.393809111110980.9860.15698.8
3.4-3.63.4590.10310.853677106910630.9870.12299.4
3.6-3.853.20.08112.5830149529420.990.09898.9
3.85-4.163.5760.06715.0933479419360.9920.07999.5
4.16-4.563.5560.0616.9228418087990.9950.07198.9
4.56-5.093.4680.06316.1926087607520.9950.07498.9
5.09-5.883.110.07712.6520686826650.9930.09397.5
5.88-7.23.5780.06414.0320975875860.9950.07699.8
7.2-10.193.360.04416.313714194080.9980.05297.4
10.19-41.873.3360.0419.247442452230.9980.04891

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Poly Ala triple helix

解像度: 2.28→41.87 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 32.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 1056 5 %
Rwork0.2281 20059 -
obs0.2307 21115 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.6 Å2 / Biso mean: 68.5137 Å2 / Biso min: 30.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→41.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1570 0 0 26 1596
Biso mean---62.37 -
残基数----198
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A376X-RAY DIFFRACTION6.639TORSIONAL
12B376X-RAY DIFFRACTION6.639TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.28-2.380.42981230.34782409253293
2.38-2.510.31611320.297824882620100
2.51-2.660.33231340.256425462680100
2.66-2.870.31831330.23342552268599
2.87-3.160.24861340.23162558269299
3.16-3.620.24511350.19762512264799
3.62-4.550.26511300.18262494262499
4.56-41.870.27211350.25092500263598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.06550.2037-0.03510.6106-0.20540.3940.1391-0.0221-0.07080.034-0.0312-0.04730.1486-0.09210.00190.3855-0.0073-0.0050.43610.01760.38817.694-0.13212.693
20.52840.111-0.0520.53040.44130.38730.04930.0196-0.03030.09550.07430.0343-0.13470.49710.00020.43930.03250.03010.37630.02020.449210.466-4.1476.179
30.07520.025-0.06620.1976-0.07470.07070.00350.0344-0.01290.0489-0.11250.41020.0938-0.35580.00060.6286-0.17090.04180.58310.01010.44286.794-1.78832.186
40.54950.1044-0.13320.41740.00840.05790.08850.1002-0.3029-0.0883-0.2428-0.05070.25390.1227-0.00020.34540.08940.00690.3943-0.01030.41082.538-8.19-14.027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 855:923 )A855 - 923
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 855:916 )B855 - 916
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 258:277 )C258 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 278:324 )C278 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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