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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bjg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of atypical Tm1 (Tm1-I/C), residues 262-363 | ||||||
![]() | SD21996p | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / coiled-coil / Drosophila oocyte / binds Khc / RNA transport | ||||||
機能・相同性 | Tropomyosin / Tropomyosin / actomyosin contractile ring / mitotic cytokinesis / muscle contraction / actin filament / actin filament organization / actin filament binding / SD21996p![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dimitrova-Paternoga, L. / Jagtap, P.K.A. / Ephrussi, A. / Hennig, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of mRNA transport by a kinesin-1-atypical tropomyosin complex. 著者: Dimitrova-Paternoga, L. / Jagtap, P.K.A. / Cyrklaff, A. / Lapouge, K. / Sehr, P. / Perez, K. / Heber, S. / Low, C. / Hennig, J. / Ephrussi, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11922.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Tm1, 10, 1305, 2299, BcDNA:GH09289, BcDNA:LD37158, BcDNA:SD21996, chr3R:11122272..11122408, cTM, cTm, cTmII, Dm Tm1, Dm TmH33, Dm TmH34, Dmel\CG4898, DmTm1, l(3)02299, l(3)S130510, l(3) ...遺伝子: Tm1, 10, 1305, 2299, BcDNA:GH09289, BcDNA:LD37158, BcDNA:SD21996, chr3R:11122272..11122408, cTM, cTm, cTmII, Dm Tm1, Dm TmH33, Dm TmH34, Dmel\CG4898, DmTm1, l(3)02299, l(3)S130510, l(3)s2958, mTmII, PmI, region 3, TM, Tm, TM1, tm1, TmH, TmH-33, TmH-34, TmH33, TmH34, TMII, TmII, tmII, Tmr33, Tmr34, TnH, TnH-33, TnH-34, tropomyosin, CG4898, Dmel_CG4898 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH8, 40% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0723 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.45→53.52 Å / Num. obs: 6906 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 18.711 % / Biso Wilson estimate: 69.318 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 17.55 / Num. measured all: 129216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: poly A helix 解像度: 2.45→53.52 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 39.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 129.53 Å2 / Biso mean: 74.5063 Å2 / Biso min: 38.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.45→53.52 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2
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