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- PDB-7bjp: The cryo-EM structure of vesivirus 2117, an adventitious agent an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bjp
タイトルThe cryo-EM structure of vesivirus 2117, an adventitious agent and possible cause of haemorrhagic gastroenteritis in dogs.
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid / calicivirus / vp1
機能・相同性T=3 icosahedral viral capsid / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / host cell cytoplasm / cytoplasm / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Calicivirus isolate 2117 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Sutherland, H. / Conley, M.J. / Emmott, E. / Streetley, J. / Goodfellow, I.G. / Bhella, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12014/7 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T002239/1 英国
引用
ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: The Cryo-EM Structure of Vesivirus 2117 Highlights Functional Variations in Entry Pathways for Viruses in Different Clades of the Genus.
著者: Hazel Sutherland / Michaela J Conley / Edward Emmott / James Streetley / Ian G Goodfellow / David Bhella /
要旨: Vesivirus 2117 is an adventitious agent that has been responsible for lost productivity in biopharmaceutical production following contamination of Chinese hamster ovary cell cultures in commercial ...Vesivirus 2117 is an adventitious agent that has been responsible for lost productivity in biopharmaceutical production following contamination of Chinese hamster ovary cell cultures in commercial bioreactors. A member of the , 2117 is classified within the Vesivirus genus in a clade that includes canine and mink caliciviruses but is distinct from the vesicular exanthema of swine virus (VESV) clade, which includes the extensively studied feline calicivirus (FCV). We have used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to determine the structure of the capsid of this small, icosahedral, positive-sense-RNA-containing virus. We show that the outer face of the dimeric capsomeres, which contains the receptor binding site and major immunodominant epitopes in all caliciviruses studied thus far, is quite different from that of FCV. This is a consequence of a 22-amino-acid insertion in the sequence of the FCV major capsid protein that forms a "cantilevered arm" that both plays an important role in receptor engagement and undergoes structural rearrangements thought to be important for genome delivery to the cytosol. Our data highlight a potentially important difference in the attachment and entry pathways employed by the different clades of the genus. Vesivirus 2117 has caused significant losses in manufacturing of biopharmaceutical products following contamination of cell cultures used in their production. We report the structure of the vesivirus 2117 capsid, the shell that encloses the virus's genome. Comparison of this structure with that of a related vesivirus, feline calicivirus (FCV), highlighted potentially important differences related to virus attachment and entry. Our findings suggest that these two viruses may bind differently to receptors at the host cell surface. We also show that a region of the capsid protein of FCV that rearranges following receptor engagement is not present in vesivirus 2117. These structural changes in the FCV capsid have been shown to allow the assembly of a portal-like structure that is hypothesized to deliver the viral genome to the cell's interior. Our data suggest that the 2117 portal assembly may employ a different means of anchoring to the outer face of the capsid.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: The cryo-EM structure of vesivirus 2117 highlights functional variations in entry pathways for viruses in different clades of the Vesivirus genus
著者: Sutherland, H. / Conley, M.J. / Emmott, E. / Streetley, J. / Goodfellow, I.G. / Bhella, D.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22021年6月23日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_sheet
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_sheet.number_strands
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / refine / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-12194
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  • マップデータ: EMDB-12194
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,2083
ポリマ－175,2083
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,512,508180
ポリマ－10,512,508180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
手法UCSF CHIMERA
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROILEILEAA27 - 52627 - 526
21PROPROILEILEBB27 - 52627 - 526
12ILEILEALAALAAA12 - 52712 - 527
22ILEILEALAALACC12 - 52712 - 527
13PROPROILEILEBB27 - 52627 - 526
23PROPROILEILECC27 - 52627 - 526

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein / Coat protein


分子量: 58402.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Calicivirus isolate 2117 (ウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6VCZ3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Calicivirus isolate 2117 / タイプ: VIRUS
詳細: The major capsid protein VP1 was expressed in a baculovirus system - in Hi5 cells
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Calicivirus isolate 2117 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: unidentified
ウイルス殻名称: VP1 / 直径: 400 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate buffered saline
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Virus-like particles
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Sample was loaded onto C-flat C1.2/1.3 grids bearing a thin continuous carbon film, allowed to adsorb for one minute before blotting for 3 seconds and plunging into liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 2000
詳細: Data collection was performed as part of installation of the new CryoARM 300 microscope - five short sessions were run using primarily JADAS although one collection was performed using SerialEM.
画像スキャン横: 8192 / 縦: 8192 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2JADAS画像取得
4GctfCTF補正
5RELION3.0.3CTF補正
8Cootモデルフィッティング
10RELION3.0.3初期オイラー角割当
11RELION3.0.3最終オイラー角割当
12RELION3.0.3分類
13RELION3.0.3３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
15REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 65071
詳細: Automated particle picking was performed using RELION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15989 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
精密化解像度: 3.65→3.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.478 / SU B: 141.154 / SU ML: 2.046 / ESU R: 0.481
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.54817 --
obs0.54817 270613 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 97.957 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20.22 Å20.14 Å2
2---0.81 Å20.19 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 11902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01277706
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.986105915
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.24710366
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06311674
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00713609
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A241560.27
12B241560.27
21A242700.28
22C242700.28
31B242940.28
32C242940.28
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.543 20061 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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