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- EMDB-12194: The cryo-EM structure of vesivirus 2117, an adventitious agent an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12194
タイトルThe cryo-EM structure of vesivirus 2117, an adventitious agent and possible cause of haemorrhagic gastroenteritis in dogs.
マップデータVesivirus 2117 virus-like particle - sharpened map
試料
  • ウイルス: Calicivirus isolate 2117 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
キーワードcapsid / calicivirus / vp1 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / T=3 icosahedral viral capsid / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / host cell cytoplasm / Capsid protein VP1
機能・相同性情報
生物種Calicivirus isolate 2117 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Sutherland H / Conley MJ
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12014/7 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T002239/1 英国
引用
ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: The Cryo-EM Structure of Vesivirus 2117 Highlights Functional Variations in Entry Pathways for Viruses in Different Clades of the Genus.
著者: Hazel Sutherland / Michaela J Conley / Edward Emmott / James Streetley / Ian G Goodfellow / David Bhella /
要旨: Vesivirus 2117 is an adventitious agent that has been responsible for lost productivity in biopharmaceutical production following contamination of Chinese hamster ovary cell cultures in commercial ...Vesivirus 2117 is an adventitious agent that has been responsible for lost productivity in biopharmaceutical production following contamination of Chinese hamster ovary cell cultures in commercial bioreactors. A member of the , 2117 is classified within the Vesivirus genus in a clade that includes canine and mink caliciviruses but is distinct from the vesicular exanthema of swine virus (VESV) clade, which includes the extensively studied feline calicivirus (FCV). We have used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to determine the structure of the capsid of this small, icosahedral, positive-sense-RNA-containing virus. We show that the outer face of the dimeric capsomeres, which contains the receptor binding site and major immunodominant epitopes in all caliciviruses studied thus far, is quite different from that of FCV. This is a consequence of a 22-amino-acid insertion in the sequence of the FCV major capsid protein that forms a "cantilevered arm" that both plays an important role in receptor engagement and undergoes structural rearrangements thought to be important for genome delivery to the cytosol. Our data highlight a potentially important difference in the attachment and entry pathways employed by the different clades of the genus. Vesivirus 2117 has caused significant losses in manufacturing of biopharmaceutical products following contamination of cell cultures used in their production. We report the structure of the vesivirus 2117 capsid, the shell that encloses the virus's genome. Comparison of this structure with that of a related vesivirus, feline calicivirus (FCV), highlighted potentially important differences related to virus attachment and entry. Our findings suggest that these two viruses may bind differently to receptors at the host cell surface. We also show that a region of the capsid protein of FCV that rearranges following receptor engagement is not present in vesivirus 2117. These structural changes in the FCV capsid have been shown to allow the assembly of a portal-like structure that is hypothesized to deliver the viral genome to the cell's interior. Our data suggest that the 2117 portal assembly may employ a different means of anchoring to the outer face of the capsid.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: The cryo-EM structure of vesivirus 2117 highlights functional variations in entry pathways for viruses in different clades of the Vesivirus genus
著者: Sutherland H / Conley MJ / Emmott E / Streetley J / Goodfellow IG / Bhella D
履歴
登録2021年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月14日-
マップ公開2021年4月14日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7bjp
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7bjp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12194.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Vesivirus 2117 virus-like particle - sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 512 pix.
= 510.976 Å		1 Å/pix.
x 512 pix.
= 510.976 Å		1 Å/pix.
x 512 pix.
= 510.976 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.998 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.027100747 - 0.046640877
平均 (標準偏差)-0.00003600447 (±0.0038330227)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 510.976 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9980.9980.998
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z510.976510.976510.976
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0270.047-0.000

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添付データ

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追加マップ: Vesivirus 2117 virus-like particle - DeepEMhancer modified map

ファイルemd_12194_additional_1.map
注釈Vesivirus 2117 virus-like particle - DeepEMhancer modified map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Calicivirus isolate 2117

全体名称: Calicivirus isolate 2117 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Calicivirus isolate 2117 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

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超分子 #1: Calicivirus isolate 2117

超分子名称: Calicivirus isolate 2117 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The major capsid protein VP1 was expressed in a baculovirus system - in Hi5 cells
NCBI-ID: 241631 / 生物種: Calicivirus isolate 2117 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: unidentified (未定義)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP1 / 直径: 400.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Calicivirus isolate 2117 (ウイルス)
分子量理論値: 58.40282 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSGDASSGSP DITGEEQGVA VATGTQPSAP AMATLATAAT GTMPEEWKTF FSYYTTVNWS TTDETGKVLF VQGLSPRMNP FLDHLAKMY TGWSGSMEIR FTISGSGVFG GKLAAVMVPP GIGTEGGTSL LQFPHVLVDA RQTEPVIFNI PDIRTVLWHD M HDTLTAHL ...文字列:
MSGDASSGSP DITGEEQGVA VATGTQPSAP AMATLATAAT GTMPEEWKTF FSYYTTVNWS TTDETGKVLF VQGLSPRMNP FLDHLAKMY TGWSGSMEIR FTISGSGVFG GKLAAVMVPP GIGTEGGTSL LQFPHVLVDA RQTEPVIFNI PDIRTVLWHD M HDTLTAHL VILVYNDLLN PYQNTTTGTS CTVTVETRGG TDFEFHLLKP PSRKMIFGAD PSRLIPKKSM FWEGNRLPGE FK GFSIKPL VFQANRHFDC KRQTFGWSTP EHAGVKLNIQ RQNLDTEDKT DIGVHLVTGL KTIKSQVPDG WPDYYGRNII LAN TTASFG EVSEAMLGTV VPYRVSGKLE WRHLPEIAFA NGTAKNSTIV CGKYLTGNFY VGGNFTQQGN VVVYPAFWTS KHGD TKCIG EDEDMVKRID VLPQAQTTGG NYPIYYVTEF PAAYLPAPRV YNSQLLWTSR LLAQDVYDIG PEALAVFKIK DSAGN WFDI GISCEGFSFV GAPTLPFSSL QFPLEASYVG MASAYNKLQH NIAGTSVTL

UniProtKB: Capsid protein VP1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate buffered saline
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Sample was loaded onto C-flat C1.2/1.3 grids bearing a thin continuous carbon film, allowed to adsorb for one minute before blotting for 3 seconds and plunging into liquid ethane..
詳細Virus-like particles

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 8192 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8192 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 2000 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
詳細: Data collection was performed as part of installation of the new CryoARM 300 microscope - five short sessions were run using primarily JADAS although one collection was performed using SerialEM.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 65071
詳細: Automated particle picking was performed using RELION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0056

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.3) / 使用した粒子像数: 15989
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.3) / 詳細: RELION 3D classification
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.3) / 詳細: RELION Refine3D
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7bjp:
The cryo-EM structure of vesivirus 2117, an adventitious agent and possible cause of haemorrhagic gastroenteritis in dogs.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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