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- PDB-7bip: Crystal structure of monooxygenase RslO1 from Streptomyces bottro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bip
タイトルCrystal structure of monooxygenase RslO1 from Streptomyces bottropensis
要素Luciferase-like monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rishirilides biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Luciferase-like monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces bottropensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, L. / Zuo, C. / Bechthold, A. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)RTG1976 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Biotechnol. / 年: 2021
タイトル: Biosynthesis of the Tricyclic Aromatic Type II Polyketide Rishirilide: New Potential Third Ring Oxygenation after Three Cyclization Steps.
著者: Alali, A. / Zhang, L. / Li, J. / Zuo, C. / Wassouf, D. / Yan, X. / Schwarzer, P. / Gunther, S. / Einsle, O. / Bechthold, A.
履歴
登録2021年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Luciferase-like monooxygenase
B: Luciferase-like monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,54923
ポリマ－78,5402
非ポリマー2,00921
水9,170509
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8430 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area24700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.912, 81.962, 160.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Luciferase-like monooxygenase


分子量: 39270.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces bottropensis (バクテリア)
遺伝子: rslO1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W8QPS6

-
非ポリマー , 7種, 530分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-XPE / 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / DECAETHYLENE GLYCOL / デカエチレングリコ-ル


分子量: 458.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O11 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0 and 33% polyethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.53 Å / Num. obs: 89593 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 4319 / CC1/2: 0.542

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I7G

2i7g


解像度: 1.6→48.53 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1939 4506 5.03 %
Rwork0.1644 84991 -
obs0.1659 89497 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.18 Å2 / Biso mean: 22.5009 Å2 / Biso min: 7.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5132 0 122 509 5763
Biso mean--43.03 32.23 -
残基数----658
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.620.32351290.27882768289799
1.62-1.640.25281580.239228142972100
1.64-1.660.2721360.235927752911100
1.66-1.680.27811590.232427862945100
1.68-1.70.25981650.219428342999100
1.7-1.720.21511290.21227682897100
1.72-1.750.28131650.211627952960100
1.75-1.770.25091610.205227842945100
1.77-1.80.22581720.195827862958100
1.8-1.830.21361490.193128082957100
1.83-1.860.2251530.180528202973100
1.86-1.90.20771530.181628042957100
1.9-1.930.20721510.177227882939100
1.93-1.970.24631420.16928362978100
1.97-2.020.1971450.172228092954100
2.02-2.060.19491420.163428052947100
2.06-2.110.17931390.152228542993100
2.11-2.170.17781280.153528092937100
2.17-2.240.19631540.150928402994100
2.24-2.310.17091390.150228462985100
2.31-2.390.1961510.151228062957100
2.39-2.490.19381410.156528603001100
2.49-2.60.18841520.161728402992100
2.6-2.740.21041550.157428523007100
2.74-2.910.16681500.154428523002100
2.91-3.130.18151600.159428643024100
3.13-3.450.17021660.15628723038100
3.45-3.950.1581420.139329053047100
3.95-4.970.15811470.134729313078100
4.97-48.530.20041730.174630803253100
精密化 TLS

S33: 0.001 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15970.037-0.01740.2008-0.19990.77780.00620.00620.03810.03730.00490.0184-0.1586-0.03460.13250.01120.00230.09830.00960.102920.5104-14.4796-24.7697
20.5175-0.0184-0.07620.4592-0.11170.2634-0.0054-0.025-0.05480.02030.0050.00450.0092-0.02420.0851-0.0059-0.00150.09050.01190.091124.3148-45.3757-11.8744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:351)A1 - 351
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:351)B1 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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