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- PDB-7bhy: DNA-binding domain of DeoR in complex with the DNA operator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bhy
タイトルDNA-binding domain of DeoR in complex with the DNA operator
要素
  • DNA operator - strand 1
  • DNA operator - strand 2
  • Deoxyribonucleoside regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional repressor / Deoxyribose catabolism / Helix-turn-helix domain / Bacillus subtilis
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Homeodomain-like domain / Sugar-binding domain, putative / Putative sugar-binding domain / NagB/RpiA transferase-like / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Deoxyribonucleoside regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Novakova, M. / Rezacova, P. / Skerlova, J. / Brynda, J.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LO1304 チェコ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural insight into DNA recognition by bacterial transcriptional regulators of the SorC/DeoR family.
著者: Soltysova, M. / Sieglova, I. / Fabry, M. / Brynda, J. / Skerlova, J. / Rezacova, P.
履歴
登録2021年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_seq_map_depositor_info / Item: _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA operator - strand 1
G: DNA operator - strand 2
A: Deoxyribonucleoside regulator
B: Deoxyribonucleoside regulator
C: Deoxyribonucleoside regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2638
ポリマ－28,9785
非ポリマー2853
水1,26170
1
E: DNA operator - strand 1
G: DNA operator - strand 2
A: Deoxyribonucleoside regulator
B: Deoxyribonucleoside regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4725
ポリマ－22,3774
非ポリマー951
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
2
C: Deoxyribonucleoside regulator
ヘテロ分子

C: Deoxyribonucleoside regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5836
ポリマ－13,2032
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area6880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.836, 96.836, 81.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-216-

HOH

21C-221-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA operator - strand 1


分子量: 4589.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: It differs from the original operator sequence by missing DT10.
由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#2: DNA鎖 DNA operator - strand 2


分子量: 4585.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: It differs from the original operator sequence by missing DA6.
由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#3: タンパク質 Deoxyribonucleoside regulator


分子量: 6601.396 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SNAAS sequence is a cloning artefact.
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: deoR, yxxC, BSU39430 / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P39140
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.03 M NaNO3, 0.03 M Na2HPO4, 0.03 M (NH4)2SO4, 0.1 M Trizma base/bicine buffer system, pH 8.5, 12.5% (v/v) 2-methyl 2,4 pentanediol, 12.5% (v/v) PEG 1,000, and 12.5% (v/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.34 Å / Num. obs: 17897 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.86 % / Biso Wilson estimate: 56.336 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.759 / Net I/σ(I): 14.08 / Num. measured all: 194360
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.448.1531.9521.0322853283428030.5522.08698.9
2.44-2.611.8731.3082.1331654267526660.811.36799.7
2.6-2.8111.5370.8413.3528786250224950.890.88199.7
2.81-3.0811.5240.5075.4126459230222960.9680.5399.7
3.08-3.4411.4850.20512.4224326212421180.9960.21599.7
3.44-3.9711.2760.124.2720995186718620.9980.10599.7
3.97-4.8510.9810.0732.9317679161416100.9990.07399.8
4.85-6.8310.9730.06137.8313980127512740.9990.06499.9
6.83-43.349.8680.02864.6876287807730.9990.0399.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W48

2w48


解像度: 2.3→43.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU R Cruickshank DPI: 0.2383 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2639 892 5 %RANDOM
Rwork0.2064 ---
obs0.2091 16949 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 136.72 Å2 / Biso mean: 54.464 Å2 / Biso min: 30.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→43.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1354 609 15 70 2048
Biso mean--83.07 51.38 -
残基数----195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0122109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0310.0181706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.4862979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3371.883936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1455172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9952390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.28115272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4141512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02491
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.356 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 63 -
Rwork0.379 1209 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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