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- PDB-2w48: Crystal structure of the Full-length Sorbitol Operon Regulator So... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2w48 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Full-length Sorbitol Operon Regulator SorC from Klebsiella pneumoniae | ||||||
![]() | SORBITOL OPERON REGULATOR | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / SORC / ACTIVATOR / REPRESSOR / DNA-BINDING / KLEBSIELLA PNEUMONIAE / TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATION | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | de Sanctis, D. / McVey, C.E. / Enguita, F.J. / Carrondo, M.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the Full-Length Sorbitol Operon Regulator Sorc from Klebsiella Pneumoniae: Structural Evidence for a Novel Transcriptional Regulation Mechanism. Authors: De Sanctis, D. / Mcvey, C.E. / Enguita, F.J. / Carrondo, M.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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-Validation report
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Full document | ![]() | 547.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 51.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 68.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2gnpS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
|
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 35143.859 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 6 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | ChemComp-MRD / ( | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64 % / Description: NONE |
---|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→40 Å / Num. obs: 32577 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 67.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.37 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2GNP Resolution: 3.2→38.672 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 17.58 / Phase error: 22.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.638 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 75.96 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→38.672 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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