PDB-3h9u: S-adenosyl homocysteine hydrolase (SAHH) from Trypanosoma brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h9u

タイトル

S-adenosyl homocysteine hydrolase (SAHH) from Trypanosoma brucei

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / NAD co-factor complex / Structural Genomics / SGC Stockholm / Structural Genomics Consortium / SGC / NAD / One-carbon metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / nucleotide binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Siponen, M.I. / Schutz, P. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl homocysteine hydrolase (SAHH) from Trypanosoma brucei
著者: Siponen, M.I. / Schutz, P. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2009年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h9u.cif.gz	355.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h9u.ent.gz	289.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h9u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/3h9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/3h9u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gu1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lp7-d 3ccc-d 21315 3ccb-d 6qzr-d 6id2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

198 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
395 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
395 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.350, 136.050, 191.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.32, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-501- HOH
2	1	C-545- HOH
3	1	D-647- HOH
4	1	D-679- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	G
4	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 436 / Label seq-ID: 4 - 435

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase 分子量: 48380.426 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 4-437 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: SAHH, Tb11.01.1350 / プラスミド: pNIC-BSA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: Q383X0, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase

分子量: 48380.426 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 4-437 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: SAHH, Tb11.01.1350 / プラスミド: pNIC-BSA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: Q383X0, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 5種, 769分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→45.55 Å / Num. obs: 181285

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Gu1

2gu1

解像度: 1.9→45.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 5.456 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2306	9087	5 %	RANDOM
R_work	0.19646	-	-	-
obs	0.19815	172196	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.272 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13392	0	235	759	14386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	13924
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.508	1.984	18860
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3	22876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.439	5	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.273	24.29	606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.693	15	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.213	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	10358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	6677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	7034
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	766
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.131	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.27	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.687	1.5	8802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.195	1.5	3547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.059	2	13737
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.86	3	5855
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.774	4.5	5120
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5587 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.31	0.5
2	B	medium positional	0.31	0.5
3	C	medium positional	0.25	0.5
4	D	medium positional	0.25	0.5
1	A	medium thermal	2.15	2
2	B	medium thermal	2.19	2
3	C	medium thermal	2.23	2
4	D	medium thermal	2.12	2

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	668	-
R_work	0.217	12667	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0384	0.0848	0.3702	0.5989	0.0128	0.4363	-0.1552	0.9299	0.8834	-0.1382	0.0095	0.0111	0.0091	0.129	0.1457	-0.0189	-0.0274	-0.0306	0.3182	0.2988	0.0129	-31.949	18.587	170.772
2	3.4327	0.0407	0.4377	0.5798	-0.0119	0.2003	0.125	1.0657	-0.9384	-0.1407	0.0083	-0.0041	-0.0124	0.1383	-0.1333	-0.0157	0.0467	-0.0209	0.3663	-0.3152	0.002	-29.993	-18.775	170.731
3	0.992	-0.0014	-0.102	0.4913	-0.0451	0.2873	0.0023	-0.3237	0.2689	0.141	0.0055	-0.0307	-0.0732	0.0228	-0.0079	0.0326	-0.0059	-0.0007	0.0041	-0.0976	-0.0717	-14.573	21.856	113.585
4	1.0858	0.0465	0.0028	0.4785	0.0278	0.2819	-0.0273	-0.3374	-0.2952	0.1233	-0.0025	0.027	0.0661	0.0079	0.0298	0.0234	0.0076	0.0169	0.0013	0.105	-0.0629	-16.451	-15.942	113.528

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	170 - 437
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 169
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	170 - 437
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	199 - 344
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	345 - 437
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 198
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	199 - 344
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	345 - 437

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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