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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bgk | |||||||||
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タイトル | Native virion of Kashmir bee virus at neutral pH | |||||||||
要素 | (Structural polyprotein) x 4 | |||||||||
キーワード | VIRUS / Viruses / Riboviria / Orthornavirae / Pisuviricota / Pisoniviricetes / Picornavirales / Dicistroviridae / Aparavirus / Kashmir Bee Virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Kashmir bee virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Mukhamedova, L. / Plevka, P. / Fuzik, T. / Hrebik, D. / Novacek, J. | |||||||||
資金援助 | チェコ, 2件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2021 タイトル: Virion structure and genome release mechanism of dicistrovirus Kashmir bee virus. 著者: Liya Mukhamedova / Tibor Füzik / Jiří Nováček / Dominik Hrebík / Antonín Přidal / Gerardo A Marti / Diego M A Guérin / Pavel Plevka / 要旨: Infections of Kashmir bee virus (KBV) are lethal for honeybees and have been associated with colony collapse disorder. KBV and closely related viruses contribute to the ongoing decline in the number ...Infections of Kashmir bee virus (KBV) are lethal for honeybees and have been associated with colony collapse disorder. KBV and closely related viruses contribute to the ongoing decline in the number of honeybee colonies in North America, Europe, Australia, and other parts of the world. Despite the economic and ecological impact of KBV, its structure and infection process remain unknown. Here we present the structure of the virion of KBV determined to a resolution of 2.8 Å. We show that the exposure of KBV to acidic pH induces a reduction in inter-pentamer contacts within capsids and the reorganization of its RNA genome from a uniform distribution to regions of high and low density. Capsids of KBV crack into pieces at acidic pH, resulting in the formation of open particles lacking pentamers of capsid proteins. The large openings of capsids enable the rapid release of genomes and thus limit the probability of their degradation by RNases. The opening of capsids may be a shared mechanism for the genome release of viruses from the family The western honeybee () is indispensable for maintaining agricultural productivity as well as the abundance and diversity of wild flowering plants. However, bees suffer from environmental pollution, parasites, and pathogens, including viruses. Outbreaks of virus infections cause the deaths of individual honeybees as well as collapses of whole colonies. Kashmir bee virus has been associated with colony collapse disorder in the US, and no cure of the disease is currently available. Here we report the structure of an infectious particle of Kashmir bee virus and show how its protein capsid opens to release the genome. Our structural characterization of the infection process determined that therapeutic compounds stabilizing contacts between pentamers of capsid proteins could prevent the genome release of the virus. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bgk.cif.gz | 152.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bgk.ent.gz | 118.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bgk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bgk_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bgk_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7bgk_validation.xml.gz | 35.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bgk_validation.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bgk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7066.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kashmir bee virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q6SQI6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23807.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kashmir bee virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q80AG2 |
#3: タンパク質 | 分子量: 33335.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kashmir bee virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q80AG2 |
#4: タンパク質 | 分子量: 34750.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kashmir bee virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q80AG2 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: TISSUE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Kashmir bee virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 5.932 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Kashmir bee virus (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Apis mellifera |
ウイルス殻 | 名称: Full virus / 直径: 350 nm / 三角数 (T数): 3 |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Calibrated defocus min: 620 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3627 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 108.15 K / 最低温度: 103.15 K |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 466310 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 27.78 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross- correlation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5CDC Accession code: 5CDC / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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