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万見
- PDB-7bfy: Structure of the apo form of the N terminal domain of Bc2L-C lect... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bfy
タイトルStructure of the apo form of the N terminal domain of Bc2L-C lectin (1-131)
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectins / drug resistance / glycomimetics / anti-adhesive therapy / drug design / fragment-based screening
機能・相同性Lectin Bc2l-C, N-terminal / : / Bc2l-C, N-terminal domain / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / identical protein binding / Lectin
機能・相同性情報
生物種Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lal, K. / Bermeo, R. / Imberty, A. / Varrot, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission765581 フランス
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Prediction and Validation of a Druggable Site on Virulence Factor of Drug Resistant Burkholderia cenocepacia*.
著者: Lal, K. / Bermeo, R. / Cramer, J. / Vasile, F. / Ernst, B. / Imberty, A. / Bernardi, A. / Varrot, A. / Belvisi, L.
履歴
登録2021年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7451
ポリマ－13,7451
非ポリマー00
水2,468137
1
A: Lectin

A: Lectin

A: Lectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2343
ポリマ－41,2343
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.987, 42.987, 94.678
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

HOH

21A-239-

HOH

31A-302-

HOH

41A-335-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lectin


分子量: 13744.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア)
遺伝子: BCAM0185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EH86
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / Density meas: 32.01 Mg/m3 / 溶媒含有率: 33.05 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5.5 mg/ml of protein, 1.2 M sodium citrate, at 292 K temperature and cryoprotected with 2.5 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.754
11-K, -H, -L20.246
反射解像度: 1.5→19.97 Å / Num. obs: 15915 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 21.7 / Num. measured all: 261006 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.5315.50.454126938200.9350.1230.4715.9100
8.22-19.9713.70.0621325970.9880.020.06536.291.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6tig

6tig


解像度: 1.5→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.437 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1778 762 4.8 %RANDOM
Rwork0.1488 ---
obs0.1502 15120 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 44.28 Å2 / Biso mean: 15.084 Å2 / Biso min: 8.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.99 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.99 Å2-0 Å2
3---5.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数949 0 0 142 1091
Biso mean---27.43 -
残基数----131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.013976
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.6321340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5051.5632104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8715132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64222.90331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.04315136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.952152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02210
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 54 -
Rwork0.191 1155 -
all-1209 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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