PDB-6cul: PvdF of pyoverdin biosynthesis is a structurally unique N10-formy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cul

タイトル

PvdF of pyoverdin biosynthesis is a structurally unique N10-formyltetrahydrofolate-dependent formyltransferase

要素

Pyoverdine synthetase F

キーワード

TRANSFERASE / N10-formyltetrahydrofolate-dependent formyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

formyl-CoA transferase activity / pyoverdine biosynthetic process / phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kenjic, N. / Hoag, M.R. / Moraski, G.C. / Caperelli, C.A. / Moran, G.R. / Lamb, A.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Arch. Biochem. Biophys. / 年: 2019
タイトル: PvdF of pyoverdin biosynthesis is a structurally unique N10-formyltetrahydrofolate-dependent formyltransferase.
著者: Kenjic, N. / Hoag, M.R. / Moraski, G.C. / Caperelli, C.A. / Moran, G.R. / Lamb, A.L.

履歴

登録	2018年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cul.cif.gz	788.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cul.ent.gz	669 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cul.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cul_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cul_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6cul_validation.xml.gz	98.8 KB	表示
CIF形式データ	6cul_validation.cif.gz	126.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cul	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2hv7-2 4pib-4 2hv6-1 4ny3-2 3c10-3 2ixn-1 4pib-3 1j99-d 4pib-2 1iby-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyoverdine synthetase F

B: Pyoverdine synthetase F

C: Pyoverdine synthetase F

D: Pyoverdine synthetase F

E: Pyoverdine synthetase F

F: Pyoverdine synthetase F

G: Pyoverdine synthetase F

H: Pyoverdine synthetase F

ヘテロ分子

255 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Pyoverdine synthetase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
31.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Pyoverdine synthetase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Pyoverdine synthetase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Pyoverdine synthetase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Pyoverdine synthetase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Pyoverdine synthetase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Pyoverdine synthetase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Pyoverdine synthetase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.988, 92.771, 127.579
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pyoverdine synthetase F 分子量: 31263.629 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: pvdF, PA2396 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I184
#2: 化合物	ChemComp-FGD / N-(4-{[(2-amino-4-oxo-1,4-dihydroquinazolin-6-yl)methyl]amino}benzene-1-carbonyl)-D-glutamic acid 分子量: 439.421 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₁N₅O₆
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.63 % / 解説: Rectangular-prism, 0.15 m x 0.15 m x 0.04 m
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.55 M sodium citrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→38.76 Å / Num. obs: 121938 / % possible obs: 91.76 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC_1/2: 0.87 / R_pim(I) all: 0.28 / R_rim(I) all: 0.398 / R_sym value: 0.398

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→38.76 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.43 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2488	6618	5.43 %	6147
R_work	0.2269	-	-	-
obs	0.2303	121938	91.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16952	0	328	324	17604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.037	17705
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.313	24072
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.149	10407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.199	2558
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	3128

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.301-2.3407	0.2923	317	0.3027	5633	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3407-2.3832	0.3135	306	0.2854	5993	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3832-2.429	0.315	338	0.2799	5903	X-RAY DIFFRACTION	90
2.429-2.4786	0.3013	309	0.2825	5947	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4786-2.5325	0.2795	307	0.2777	5864	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5325-2.5914	0.2473	310	0.2716	5902	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5914-2.6562	0.2918	273	0.2726	5782	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6562-2.728	0.2999	327	0.2682	5681	X-RAY DIFFRACTION	86
2.728-2.8082	0.2817	279	0.2603	5156	X-RAY DIFFRACTION	78
2.8082-2.8988	0.2901	300	0.2531	5787	X-RAY DIFFRACTION	88
2.8988-3.0024	0.2599	305	0.2455	5981	X-RAY DIFFRACTION	90
3.0024-3.1225	0.279	298	0.2323	5938	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1225-3.2646	0.2566	313	0.2373	5858	X-RAY DIFFRACTION	89
3.2646-3.4366	0.2534	299	0.2313	5849	X-RAY DIFFRACTION	88
3.4366-3.6517	0.2552	290	0.2285	5359	X-RAY DIFFRACTION	81
3.6517-3.9334	0.2175	302	0.2137	5781	X-RAY DIFFRACTION	87
3.9334-4.3287	0.2123	319	0.1898	5976	X-RAY DIFFRACTION	90
4.3287-4.9538	0.2056	307	0.1704	5833	X-RAY DIFFRACTION	87
4.9538-6.2364	0.2203	316	0.1929	5551	X-RAY DIFFRACTION	83
6.2364-37.0741	0.2601	335	0.2367	5958	X-RAY DIFFRACTION	87

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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