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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bfm | ||||||
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タイトル | Structure of the M198F M298F double mutant of the Streptomyces coelicolor small laccase T1 copper site | ||||||
![]() | Putative copper oxidase | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zovo, K. / Majumdar, S. / Lukk, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Substitution of the Methionine Axial Ligand of the T1 Copper for the Fungal-like Phenylalanine Ligand (M298F) Causes Local Structural Perturbations that Lead to Thermal Instability and ...タイトル: Substitution of the Methionine Axial Ligand of the T1 Copper for the Fungal-like Phenylalanine Ligand (M298F) Causes Local Structural Perturbations that Lead to Thermal Instability and Reduced Catalytic Efficiency of the Small Laccase from Streptomyces coelicolor A3(2). 著者: Zovo, K. / Pupart, H. / Van Wieren, A. / Gillilan, R.E. / Huang, Q. / Majumdar, S. / Lukk, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36963.965 Da / 分子数: 2 / 変異: M198F M298F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO6712 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-CU / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.86 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein concentration was 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% PEG400, 200 mM Li2SO4 and 100 mM Tris-HCl (pH 8.5). The protein was mixed in 2:1 ratio ...詳細: Protein concentration was 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% PEG400, 200 mM Li2SO4 and 100 mM Tris-HCl (pH 8.5). The protein was mixed in 2:1 ratio with protein to mother liquor. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→29.77 Å / Num. obs: 128318 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 24.6 / Num. measured all: 2518974 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3CG8 解像度: 2→29.77 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.01 Å2 / Biso mean: 33.0693 Å2 / Biso min: 18.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→29.77 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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