PDB-7bf8: Mutant I56F of recombinant bovine beta-lactoglobulin in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bf8

タイトル

Mutant I56F of recombinant bovine beta-lactoglobulin in complex with tetracaine

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / mutant / ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kaczor, K. / Lewinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2021
タイトル: Interactions of new lactoglobulin variants with tetracaine: crystallographic studies of ligand binding to lactoglobulin mutants possessing single substitution in the binding pocket.
著者: Loch, J. / Bonarek, P. / Siuda, M. / Wrobel, P. / Lewinski, K.

履歴

登録	2021年1月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bf8.cif.gz	136.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bf8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bf8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bf8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bf7C 7bf9C 7bgaC 7bgxC 7bgzC 7bh0C 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1beb-d 3ph5-d 1yup-4 7bgz-1 2akq-1 3ph6-d 4ib6-1 4y0s-1 1yup-1 6rwr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

BBB: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

37.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.831, 69.665, 79.239
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 3 - 162 / Label seq-ID: 3 - 162

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18267.031 Da / 分子数: 2 / 変異: L1A, I2S, I56F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origamim B (DE3) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-TE4 / Tetracaine / 2-(dimethylamino)ethyl 4-(butylamino)benzoate / テトラカイン分子量: 264.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate in 0.5 M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.5406 Å

検出器

タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5406 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→14.62 Å / Num. obs: 28251 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 152301 / Scaling rejects: 1581

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.84	4.1	0.812	1.5	6789	1650	0.701	0.455	0.933	1.5	100
9-14.62	4.9	0.037		986	201	0.999	0.016	0.04	51.3	76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
CrysalisPro		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 1.8→14.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 6.951 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2215	1032	3.658 %	RANDOM
R_work	0.1915	27180	-	-
all	0.193	-	-	-
obs	0.19264	28212	99.745 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.566 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.006 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.014 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2396	0	34	318	2748

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.649	3370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.373	1.593	5619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.746	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.603	25.327	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.878	15	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.131	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2719
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.264	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.96	1.143	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.955	1.142	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.64	1.698	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.641	1.699	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.243	1.292	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.244	1.277	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.052	1.881	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.056	1.858	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.342	14.306	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.307	14.06	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.13	0.05	4401

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13034	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13034	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.271	80	0.259	1956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.897	0.243	85	0.242	1905	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-1.952	0.248	58	0.213	1911	X-RAY DIFFRACTION	100
1.952-2.012	0.241	81	0.209	1816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.012-2.078	0.243	67	0.197	1777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.078-2.151	0.214	63	0.194	1722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.232	0.212	51	0.183	1667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.323	0.2	46	0.187	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.323-2.426	0.228	61	0.189	1519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.426-2.544	0.319	59	0.204	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.544-2.681	0.195	57	0.186	1415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.681-2.844	0.26	51	0.202	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.844-3.039	0.29	40	0.189	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.039-3.282	0.194	45	0.17	1165	X-RAY DIFFRACTION	100
3.282-3.594	0.194	43	0.165	1094	X-RAY DIFFRACTION	100
3.594-4.015	0.215	40	0.177	988	X-RAY DIFFRACTION	100
4.015-4.632	0.149	38	0.148	874	X-RAY DIFFRACTION	100
4.632-5.662	0.207	25	0.167	766	X-RAY DIFFRACTION	100
5.662-7.961	0.214	23	0.208	608	X-RAY DIFFRACTION	100
7.961-14.62	0.205	19	0.201	291	X-RAY DIFFRACTION	81.3648

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7942	0.2994	-0.1059	0.7583	-0.1302	0.0769	-0.0134	0.0447	0.0386	0.0528	0.0256	0.0597	-0.0027	0.0351	-0.0122	0.0202	-0.0023	0.003	0.04	0.0017	0.0051	14.9735	7.095	32.1609
2	0.9156	0.3506	0.1234	0.4804	0.0976	0.1668	-0.0207	-0.0089	-0.0263	0.0038	0.0028	-0.0287	-0.0015	-0.0186	0.0179	0.0177	0.0014	0.0058	0.0237	0.0001	0.0083	-13.7314	-6.9144	31.465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	2 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	301 - 463
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	3 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	201
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	201
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	202 - 203
7	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	301 - 455

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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