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- PDB-7bag: C3b in complex with CP40 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bag
タイトルC3b in complex with CP40
要素
  • (Complement C3) x 2
  • Compstatin CP40
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement system / C3b / C3 convertase / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement receptor mediated signaling pathway / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / Post-translational protein phosphorylation / fatty acid metabolic process / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / blood microparticle / secretory granule lumen / G alpha (i) signalling events / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain ...Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETAMIDE / AMINO GROUP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Complement C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lamers, C. / Xue, X. / Smiesko, M. / van Son, H. / Wagner, B. / Sfyroera, G. / Gros, P. / Lambris, J. / Ricklin, D.
資金援助 スイス, オランダ, 4件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_176104 スイス
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)700.54.304 オランダ
European Research Council (ERC)233229 オランダ
European Communitys Seventh Framework Programme283570 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Insight into mode-of-action and structural determinants of the compstatin family of clinical complement inhibitors.
著者: Lamers, C. / Xue, X. / Smiesko, M. / van Son, H. / Wagner, B. / Berger, N. / Sfyroera, G. / Gros, P. / Lambris, J.D. / Ricklin, D.
履歴
登録2020年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C3
B: Complement C3
C: Compstatin CP40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,33112
ポリマ－177,2613
非ポリマー1,0709
水16,664925
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13550 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area69840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.508, 90.528, 140.093
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Complement C3 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 1


分子量: 71393.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Complement C3 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 1


分子量: 104073.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Compstatin CP40


分子量: 1794.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-4-deoxy-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 933分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド


分子量: 59.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#8: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 6.66% w/v polyethylene glycol 8000, 66.6 mM sodium chloride and 33.3 mM disodium phosphate/citric acid pH 4.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.03 Å / Num. obs: 159033 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 666117
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.034.31.9613309177470.3731.0772.2430.897.4
10.95-48.033.80.049392810250.9940.0280.05626.297.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimless0.3.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WII

2wii


解像度: 2→47.82 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 7834 4.93 %
Rwork0.1942 151101 -
obs0.1957 158935 98.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 196.04 Å2 / Biso mean: 55.228 Å2 / Biso min: 21.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12424 0 68 925 13417
Biso mean--71.8 52.75 -
残基数----1459
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.020.34922670.3448489597
2.02-2.050.3642570.3376496597
2.05-2.070.32782700.3215493797
2.07-2.10.32392560.3074498997
2.1-2.130.31922650.293499797
2.13-2.150.31892490.2808497697
2.15-2.190.26612480.2823494097
2.19-2.220.31462600.277501398
2.22-2.250.30472310.2695504198
2.25-2.290.27592350.254502898
2.29-2.330.27682540.2538501498
2.33-2.370.292540.235502198
2.37-2.420.27362590.2299506098
2.42-2.470.26372560.2196497498
2.47-2.520.23932530.205507598
2.52-2.580.25522630.2076501298
2.58-2.640.24062800.1985500898
2.64-2.710.25622760.1965503198
2.71-2.790.22452780.1996506398
2.79-2.880.21532550.192504598
2.88-2.990.22232570.1891509199
2.99-3.110.21032610.1916503399
3.11-3.250.22492720.1897508199
3.25-3.420.20532740.1817506199
3.42-3.630.19952810.1735508299
3.63-3.910.18762740.1634503198
3.91-4.310.2052360.1562511799
4.31-4.930.16622530.1429514199
4.93-6.210.19722660.1703515299
6.21-47.820.2332940.1981522899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8984-2.27770.34216.65560.93871.5330.16190.104-0.06890.3466-0.06780.4259-0.0277-0.8112-0.11040.31910.0011-0.0370.89260.11870.4553-20.7621-3.52667.632
22.86-1.31541.22042.9156-1.27633.28340.0410.1302-0.44450.03240.2450.80990.3515-0.8521-0.2930.3166-0.10630.02870.49050.01060.4702-5.1463-18.839837.5505
31.7179-0.5293-0.77712.77830.82736.19960.01410.1580.05150.0775-0.1028-0.04890.3139-0.1710.07130.1840.0016-0.0180.1883-0.00290.247828.8154-27.819929.5917
47.5997-1.95454.41051.8359-1.33784.9511-0.00890.62560.0239-0.2381-0.02090.05640.14880.17210.08330.27920.03740.04160.45110.0930.345817.5181-10.47371.3563
52.20460.61560.13352.3060.54552.1147-0.04370.35290.353-0.19190.16410.1061-0.4666-0.23560.02250.32920.0645-0.0760.52650.1820.49870.21913.76790.5344
61.4506-0.27291.01171.563-0.72763.5894-0.39170.07090.34350.47940.15140.0349-0.8124-0.3290.25850.50920.0905-0.08740.3013-0.02840.35878.2414-1.201243.9549
71.3276-1.26152.61720.9355-2.02626.15830.13450.088-0.0201-0.10220.05540.18970.2932-0.4927-0.21390.3066-0.0719-0.07750.52480.07130.3837-1.8213-12.258513.2849
82.71831.5854-0.02853.1592-1.050.9571-0.1305-0.12370.12090.37710.08030.0411-0.2051-0.07570.07310.52850.0814-0.02350.2166-0.04040.226421.2216-24.634464.0584
93.37930.36580.82522.8586-0.43246.2244-0.0863-0.08260.05280.0737-0.0975-0.306-0.2480.3930.11440.3968-0.01470.01160.17210.04630.282435.1244-40.109756.4346
105.96960.5386-1.37721.7103-0.48823.037-0.2825-0.1728-0.11330.02110.1218-0.16210.17310.24460.05820.21880.07410.04420.28860.00510.317-44.1902-31.58830.2293
110.20750.0436-0.1680.6697-0.63670.6492-0.1861-0.0591-0.0695-0.196-0.14080.043-0.0388-0.1223-0.41130.9432-0.3967-0.21451.2271-0.50091.2385-18.2893-40.472745.9662
120.6361-0.3235-0.60580.37741.84197.47080.098-0.3572-0.20120.0211-0.2150.12280.5745-0.97340.12720.604-0.11040.08020.7320.01730.395513.2796-40.750194.1706
135.49731.16912.30890.34081.02315.41260.3203-0.55370.09170.9353-0.1067-0.16710.4672-0.11-0.22391.00670.1227-0.11640.2987-0.07550.405422.3663-13.388672.8767
144.74640.2945-1.01186.20061.43.99250.10620.95950.1619-0.76520.1498-0.319-0.939-0.0367-0.15260.8168-0.0288-0.00021.15250.35780.799312.55725.0068-13.7639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 104 )A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 209 )A105 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 210 through 328 )A210 - 328
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 329 through 429 )A329 - 429
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 430 through 534 )A430 - 534
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 535 through 577 ) or chain 'B' and (resid 746 through 806 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 578 through 642 )A578 - 642
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 807 through 917 )B807 - 917
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1334 through 1474 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 968 through 1265 )B968 - 1265
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and ((resid 918 through 967) or (resid 1266 through 1333))B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1475 through 1641 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 727 through 745 )B727 - 745
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C'C1 - 15

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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