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Yorodumi- PDB-2oqj: Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2oqj | ||||||
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Title | Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Calarese, D.A. / Stanfield, R.L. / Menendez, A. / Scott, J.K. / Wilson, I.A. | ||||||
Citation | Journal: Faseb J. / Year: 2008 Title: A peptide inhibitor of HIV-1 neutralizing antibody 2G12 is not a structural mimic of the natural carbohydrate epitope on gp120. Authors: Menendez, A. / Calarese, D.A. / Stanfield, R.L. / Chow, K.C. / Scanlan, C.N. / Kunert, R. / Katinger, H. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Scott, J.K. | ||||||
History |
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Remark 999 | SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING THIS ENTRY |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2oqj.cif.gz | 328.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2oqj.ent.gz | 271 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2oqj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2oqj_validation.pdf.gz | 514.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2oqj_full_validation.pdf.gz | 533.8 KB | Display | |
Data in XML | 2oqj_validation.xml.gz | 56.3 KB | Display | |
Data in CIF | 2oqj_validation.cif.gz | 78 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oqj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1op3 S: Starting model for refinement |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
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Details | Dimeric Fab 2G12-peptide complex, chains A, B, D, E (dimeric Fab) and C, F (peptides) / Dimeric Fab 2G12-peptide complex, chains G, H, J, K (dimeric Fab) and I, L (peptides) |
-Components
#1: Antibody | Mass: 23001.648 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Details: Fab 2G12 light chain / Source: (natural) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q6PIH4 #2: Antibody | Mass: 23845.791 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Details: Fab 2G12 heavy chain / Source: (natural) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q6N089 #3: Protein/peptide | Mass: 2146.491 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically Details: synthetic peptide derived from a phage-displayed peptide library |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.33 Å3/Da / Density % sol: 63.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jul 31, 2003 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→48.7 Å / Num. all: 62018 / Num. obs: 62018 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 9.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Redundancy: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3095 / Rsym value: 0.476 / % possible all: 97.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 1op3 with carbohydrate removed from the Fab binding site 1op3 Resolution: 2.8→48.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 39.562 / SU ML: 0.335 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.23 / ESU R Free: 0.38 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.115 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→48.7 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.898 Å / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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