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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bae | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of PAFB | |||||||||
要素 | Antifungal protein | |||||||||
キーワード | ANTIFUNGAL PROTEIN / Penicillium chrysogenum antifungal protein B / calix[n]arene / porous framework / zinc | |||||||||
機能・相同性 | Antifungal protein / Antifungal protein domain superfamily / Antifungal protein / defense response to fungus / killing of cells of another organism / host cell cytoplasm / extracellular region / Antifungal protein B 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Penicillium rubens | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Guagnini, F. / Huber, A. / Alex, J.M. / Marx, F. / Crowley, P.B. | |||||||||
資金援助 | アイルランド, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021 タイトル: Porous assembly of an antifungal protein mediated by zinc and sulfonato-calix[8]arene. 著者: Guagnini, F. / Huber, A. / Alex, J.M. / Marx, F. / Crowley, P.B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bae.cif.gz | 35.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bae.ent.gz | 23.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bae.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bae_validation.pdf.gz | 409.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bae_full_validation.pdf.gz | 409.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7bae_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bae_validation.cif.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/7bae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/7bae | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6516.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Penicillium rubens (strain ATCC 28089 / DSM 1075 / NRRL 1951 / Wisconsin 54-1255) (菌類) 株: ATCC 28089 / DSM 1075 / NRRL 1951 / Wisconsin 54-1255 / 遺伝子: afp, Pc12g08290 / 発現宿主: Penicillium rubens Wisconsin 54-1255 (菌類) / 参照: UniProt: B6GXZ8 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.7 mM Palmitic acid, 0.1 M Potassium phosphate citrate pH 4.2, 40 % PEG 300 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98013 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→31.51 Å / Num. obs: 16905 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.2 Å / Num. unique obs: 799 / CC1/2: 0.712 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6HAJ 解像度: 1.2→31.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.049 / SU Rfree Blow DPI: 0.049 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.047
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溶媒の処理 | VDWプローブ半径: 11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.74 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→31.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.21 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 12.0151 Å / Origin y: 8.0073 Å / Origin z: 16.3364 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|-2 - A|55 } |