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万見
- PDB-7b7j: EccD5 ubiqutin like domain from Mycobacterium xenopi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b7j
タイトルEccD5 ubiqutin like domain from Mycobacterium xenopi
要素Secretion protein Snm4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ubiqutin-like cytosolic ESX secretion
機能・相同性Type VII secretion system membrane protein EccD / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / membrane => GO:0016020 / Secretion protein Snm4
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium xenopi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Beckham, K.S. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structure of the mycobacterial ESX-5 type VII secretion system pore complex.
著者: Katherine S H Beckham / Christina Ritter / Grzegorz Chojnowski / Daniel S Ziemianowicz / Edukondalu Mullapudi / Mandy Rettel / Mikhail M Savitski / Simon A Mortensen / Jan Kosinski / Matthias Wilmanns /
要旨: The ESX-5 type VII secretion system is a membrane-spanning protein complex key to the virulence of mycobacterial pathogens. However, the overall architecture of the fully assembled translocation ...The ESX-5 type VII secretion system is a membrane-spanning protein complex key to the virulence of mycobacterial pathogens. However, the overall architecture of the fully assembled translocation machinery and the composition of the central secretion pore have remained unknown. Here, we present the high-resolution structure of the 2.1-megadalton ESX-5 core complex. Our structure captured a dynamic, secretion-competent conformation of the pore within a well-defined transmembrane section, sandwiched between two flexible protein layers at the cytosolic entrance and the periplasmic exit. We propose that this flexibility endows the ESX-5 machinery with large conformational plasticity required to accommodate targeted protein secretion. Compared to known secretion systems, a highly dynamic state of the pore may represent a fundamental principle of bacterial secretion machineries.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secretion protein Snm4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0171
ポリマ－14,0171
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5870 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.979, 43.979, 85.146
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Secretion protein Snm4


分子量: 14017.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium xenopi (バクテリア)
遺伝子: snm, NCTC10042_04572
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2X1TKE2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.06 M MgCl2, CaCl2, 0.1 M Tris:bicine pH 8.5, 10 % OEG 20k, 20 % PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→42.57 Å / Num. obs: 10396 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 1.522 / Num. unique obs: 510 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KV2

4kv2


解像度: 1.66→30.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 5.382 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2163 521 5 %RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.183 9827 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 106.07 Å2 / Biso mean: 37.551 Å2 / Biso min: 22.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.66→30.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数701 0 0 41 742
Biso mean---39.94 -
残基数----91
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.013713
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.017714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.3051.635972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7951.5741644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.983590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.69521.47134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.98615123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.34156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2110.294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0240.02780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02138
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.703 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 36 -
Rwork0.316 708 -
all-744 -
obs--99.47 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.6209 Å / Origin y: 9.3155 Å / Origin z: 98.2615 Å
111213212223313233
T0.0393 Å20.0043 Å20.0078 Å2-0.107 Å20.0065 Å2--0.0083 Å2
L3.48 °20.0407 °20.2215 °2-2.2245 °20.9939 °2--2.6003 °2
S0.0004 Å °-0.3283 Å °-0.1404 Å °0.2715 Å °-0.0609 Å °0.0604 Å °0.1583 Å °-0.2133 Å °0.0605 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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