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- PDB-7b9s: Structure of the mycobacterial ESX-5 Type VII Secretion System he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b9s
タイトルStructure of the mycobacterial ESX-5 Type VII Secretion System hexameric pore complex
要素
  • EccB5
  • EccC5
  • EccD5
  • EccE5
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Mycobacterial ESX-5 Type VII Secretion System
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type VII secretion system protein EccE / Putative type VII ESX secretion system translocon, EccE / Type VII secretion system membrane protein EccD / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain ...Type VII secretion system protein EccE / Putative type VII ESX secretion system translocon, EccE / Type VII secretion system membrane protein EccD / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Secretion protein Snm4 / Type VII secretion protein EccE / Type VII secretion protein EccB / FtsK domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chojnowski, G. / Ritter, C. / Beckham, K.S.H. / Mullapudi, E. / Rettel, M. / Savitski, M.M. / Mortensen, S.A. / Ziemianowicz, D. / Kosinski, J. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structure of the mycobacterial ESX-5 type VII secretion system pore complex.
著者: Katherine S H Beckham / Christina Ritter / Grzegorz Chojnowski / Daniel S Ziemianowicz / Edukondalu Mullapudi / Mandy Rettel / Mikhail M Savitski / Simon A Mortensen / Jan Kosinski / Matthias Wilmanns /
要旨: The ESX-5 type VII secretion system is a membrane-spanning protein complex key to the virulence of mycobacterial pathogens. However, the overall architecture of the fully assembled translocation ...The ESX-5 type VII secretion system is a membrane-spanning protein complex key to the virulence of mycobacterial pathogens. However, the overall architecture of the fully assembled translocation machinery and the composition of the central secretion pore have remained unknown. Here, we present the high-resolution structure of the 2.1-megadalton ESX-5 core complex. Our structure captured a dynamic, secretion-competent conformation of the pore within a well-defined transmembrane section, sandwiched between two flexible protein layers at the cytosolic entrance and the periplasmic exit. We propose that this flexibility endows the ESX-5 machinery with large conformational plasticity required to accommodate targeted protein secretion. Compared to known secretion systems, a highly dynamic state of the pore may represent a fundamental principle of bacterial secretion machineries.
履歴
登録2020年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12105
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: EccE5
X: EccD5
C: EccC5
D: EccD5
B: EccB5
H: EccE5
I: EccD5
F: EccC5
G: EccD5
A: EccB5
M: EccE5
N: EccD5
K: EccC5
L: EccD5
J: EccB5
R: EccE5
S: EccD5
P: EccC5
Q: EccD5
O: EccB5
Y: EccE5
Z: EccD5
V: EccC5
W: EccD5
T: EccB5
4: EccE5
5: EccD5
2: EccC5
3: EccD5
1: EccB5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,144,64330
ポリマ－2,144,64330
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "O"
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d_5ens_3chain "E"
d_6ens_3chain "Y"

NCSドメイン領域:
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NCSアンサンブル:
ID
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IDCodeMatrixベクター
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4given(0.497387415599, 0.867526839524, 0.00171508277706), (-0.867510931539, 0.497363756783, 0.00735371328543), (0.00552652363208, -0.00514549750369, 0.99997149029)-58.522443618, 187.416668939, -0.172626390114
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10given(-0.999999925065, 0.000385346328172, 3.71328652021E-5), (-0.0003852896138, -0.999998777515, 0.00151542746651), (3.77167842175E-5, 0.00151541304604, 0.99999885105)265.675165249, 288.856952573, -0.287446833795
11given(0.498633646176, 0.86680842899, -0.00276302971018), (-0.866812817467, 0.498631701432, -0.00140207073214), (0.000162407476829, 0.00309414920919, 0.999995199921)-58.2250862785, 187.686142427, -0.252594502023
12given(0.499725807856, -0.866118680066, 0.0106089114674), (0.865940377491, 0.499838243939, 0.0175781832566), (-0.0205275325581, 0.000402412972272, 0.999789207019)191.138530303, -43.8884008072, 2.99902320983
13given(-0.498323886762, -0.866938916766, -0.00949834082208), (0.866950917511, -0.498376249927, 0.00414971506929), (-0.0083312969665, -0.00616669314825, 0.99994627925)324.891734333, 101.303160815, 1.36133391879
14given(-0.999988462054, 0.000312630559637, -0.00479353947055), (-0.00030525821857, -0.999998769718, -0.00153862892792), (-0.00479401459557, -0.00153714790798, 0.99998732722)265.965484942, 289.117693133, 0.656102253374
15given(-0.498470375287, 0.866901806736, 0.00292274527285), (-0.866906079384, -0.498463023698, -0.00290921517288), (-0.00106512344335, -0.00398390322454, 0.999991496977)73.7454053434, 332.014498995, 0.17244656887

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要素

#1: タンパク質
EccE5


分子量: 44469.617 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
遺伝子: MXEN_09224
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I0RST0
#2: タンパク質
EccD5


分子量: 53399.191 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
遺伝子: MXEN_09214
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I0RSS8
#3: タンパク質
EccC5


分子量: 152946.062 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
遺伝子: MXEN_04114
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I0RZI0
#4: タンパク質
EccB5


分子量: 53226.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
遺伝子: MXEN_04109
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I0RZH9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi: EccB5, EccC5, EccD5-1, EccD5-2, EccE
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 2.142 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
細胞内の位置: membrane
由来(組換発現)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris pH 8.01
2150 mMNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 49.34 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 27873

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.14粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC2.14CTF補正
7Coot0.9-preモデルフィッティング
8ISOLDE1.1.0モデルフィッティング
9UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
11cryoSPARC2.14初期オイラー角割当
12cryoSPARC2.14最終オイラー角割当
14cryoSPARC2.14３次元再構成
21PHENIX1.18.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121974 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: Model was initially fitted using ChimeraX and then completed manually using Coot and ISOLDE.
原子モデル構築PDB-ID: 7B9F

7b9f


Accession code: 7B9F / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 154.5 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006473728
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0254100824
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.060712048
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007812648
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.870126106
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2TELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000701791195521
ens_1d_3TELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707416431641
ens_1d_4TELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000694177145372
ens_1d_5TELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706406123251
ens_1d_6TELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000701241636674
ens_2d_2MELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709464289852
ens_2d_3MELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000702595161572
ens_2d_4MELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707671007957
ens_2d_5MELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000713127691764
ens_2d_6MELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703327313669
ens_3d_2PELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000701807648981
ens_3d_3PELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000710024787917
ens_3d_4PELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703159853849
ens_3d_5PELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708853415282
ens_3d_6PELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709872599618

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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