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万見
- EMDB-10207: A 4.2 Angstrom structure of HIV-1 CA-SP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10207
タイトルA 4.2 Angstrom structure of HIV-1 CA-SP1
マップデータA 4.2A structure of HIV-1 CA-SP1.
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • Other: Virus-like particle
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Turonova B / Hagen WJH / Obr M / Mosalaganti S / Kraeusslich HG / Beck M
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council724349 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Benchmarking tomographic acquisition schemes for high-resolution structural biology.
著者: Beata Turoňová / Wim J H Hagen / Martin Obr / Shyamal Mosalaganti / J Wouter Beugelink / Christian E Zimmerli / Hans-Georg Kräusslich / Martin Beck /
要旨: Cryo electron tomography with subsequent subtomogram averaging is a powerful technique to structurally analyze macromolecular complexes in their native context. Although close to atomic resolution in ...Cryo electron tomography with subsequent subtomogram averaging is a powerful technique to structurally analyze macromolecular complexes in their native context. Although close to atomic resolution in principle can be obtained, it is not clear how individual experimental parameters contribute to the attainable resolution. Here, we have used immature HIV-1 lattice as a benchmarking sample to optimize the attainable resolution for subtomogram averaging. We systematically tested various experimental parameters such as the order of projections, different angular increments and the use of the Volta phase plate. We find that although any of the prominently used acquisition schemes is sufficient to obtain subnanometer resolution, dose-symmetric acquisition provides considerably better outcome. We discuss our findings in order to provide guidance for data acquisition. Our data is publicly available and might be used to further develop processing routines.
履歴
登録2019年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月28日-
マップ公開2020年2月26日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10207.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10207.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A 4.2A structure of HIV-1 CA-SP1.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 192 pix.
= 254.765 Å		1.33 Å/pix.
x 192 pix.
= 254.765 Å		1.33 Å/pix.
x 192 pix.
= 254.765 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3269 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.50212526 - 0.55144703
平均 (標準偏差)0.0052128946 (±0.071204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 254.7648 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.32690104166671.32690104166671.3269010416667
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.765254.765254.765
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.5020.5510.005

-
添付データ

+
追加マップ: A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_1.map
注釈A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS VPP def tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_10.map
注釈A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the continuous tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_11.map
注釈A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the continuous tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_12.map
注釈A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the bidirectional tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_13.map
注釈A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS VPP def tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_14.map
注釈A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS VPP def tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted map of HIV-1 CA-SP1 obtained with...

ファイルemd_10207_additional_15.map
注釈A CTF-reweighted map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS VPP def tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_16.map
注釈A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS inc tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted map of HIV-1 CA-SP1 obtained with...

ファイルemd_10207_additional_17.map
注釈A CTF-reweighted map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS dec tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_18.map
注釈A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the dose-symmetric tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_19.map
注釈A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the dose-symmetric tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_2.map
注釈A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS VPP def tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted map of HIV-1 CA-SP1 obtained with...

ファイルemd_10207_additional_20.map
注釈A CTF-reweighted map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the dose-symmetric tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_21.map
注釈A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the continuous tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_22.map
注釈A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the continuous tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_23.map
注釈A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the bidirectional tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_24.map
注釈A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the bidirectional tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A CTF-reweighted map of HIV-1 CA-SP1 obtained with...

ファイルemd_10207_additional_25.map
注釈A CTF-reweighted map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the bidirectional tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A raw map of HIV-1 CA-SP1 obtained with...

ファイルemd_10207_additional_26.map
注釈A raw map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS VPP foc tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A raw odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_27.map
注釈A raw odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS VPP def tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A raw even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_28.map
注釈A raw even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS VPP def tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A raw map of HIV-1 CA-SP1 obtained with...

ファイルemd_10207_additional_29.map
注釈A raw map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS VPP def tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_3.map
注釈A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS inc tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A raw odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_30.map
注釈A raw odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS inc tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A raw even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_31.map
注釈A raw even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS inc tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A raw map of HIV-1 CA-SP1 obtained with...

ファイルemd_10207_additional_32.map
注釈A raw map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS inc tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A raw odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_33.map
注釈A raw odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS dec tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A raw even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_34.map
注釈A raw even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS dec tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_35.map
注釈A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS inc tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A raw even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_36.map
注釈A raw even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the dose-symmetric tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A raw map of HIV-1 CA-SP1 obtained with...

ファイルemd_10207_additional_37.map
注釈A raw map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the continuous tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A raw map of HIV-1 CA-SP1 obtained with...

ファイルemd_10207_additional_38.map
注釈A raw map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the bidirectional tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A CTF-reweighted map of HIV-1 CA-SP1 obtained with...

ファイルemd_10207_additional_39.map
注釈A CTF-reweighted map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the continuous tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_4.map
注釈A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS inc tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_5.map
注釈A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS dec tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_6.map
注釈A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the bidirectional tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_7.map
注釈A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the DS dec tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_8.map
注釈A CTF-reweighted odd half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the dose-symmetric tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained...

ファイルemd_10207_additional_9.map
注釈A CTF-reweighted even half-map of HIV-1 CA-SP1 obtained with the dose-symmetric tilt-scheme using C6 symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

-
全体 : Human immunodeficiency virus 1

全体名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • Other: Virus-like particle

-
超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: Virus-like particle

分子名称: Virus-like particle / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
配列文字列:
Not applic able

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 288.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3708 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 3.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 15241
抽出トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 199569
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFIND (ver. 4.1.8)CTF estimation
NOVACTFCTF correction

詳細: 3D-CTF correction was performed using novaCTF with multiplication as a correction method, slab size of 15nm and astigmatism correction. Final map was CTF-reweighted.
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Cross-correlation based template matching
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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