PDB-7b7c: Room temperature X-ray structure of perdeuterated PLL lectin in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b7c

タイトル

Room temperature X-ray structure of perdeuterated PLL lectin in complex with L-fucose

要素

PLL lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Complex / propeller

機能・相同性

Protein of unknown function DUF346 / Repeat of unknown function (DUF346) / alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus laumondii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Visualization of hydrogen atoms in a perdeuterated lectin-fucose complex reveals key details of protein-carbohydrate interactions.
著者: Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M.

履歴

登録	2020年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年9月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b7c.cif.gz	123.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b7c.ent.gz	76.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b7c_validation.pdf.gz	497.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b7c_full_validation.pdf.gz	513.6 KB	表示
XML形式データ	7b7c_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	7b7c_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/7b7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/7b7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b7eC 7b7fC 7bb4C 7bbcC 7bbiC 5c9oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c9p-1 7bbi-1 7bbc-1 7b7f-1 5c9o-1 4iis-d 7bb4-1 3ohn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PLL lectin

ヘテロ分子

42.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PLL lectin

ヘテロ分子

A: PLL lectin

ヘテロ分子

A: PLL lectin

ヘテロ分子

A: PLL lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.620, 89.070, 159.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-612- HOH

#1: タンパク質

PLL lectin

分子量: 41944.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Photorhabdus laumondii (バクテリア)
遺伝子: CKY10_20885 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A329WTS5

#2: 糖

ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris/DCl, pD 8.1, 7% (w/v) PEG 8000 dissolved in D2O

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→46 Å / Num. obs: 74700 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.43 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / R_merge(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 5479 / CC_1/2: 0.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5c9o

5c9o

解像度: 1.55→39.8 Å / SU ML: 0.1851 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.1986
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1621	3734	5 %
R_work	0.1446	70956	-
obs	0.1455	74690	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2750	0	66	403	3219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	3217
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8282	4470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0594	516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	571
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.7465	3343

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.4386	136	0.3763	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.57-1.59	0.3252	137	0.3076	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.61	0.2531	139	0.2544	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.61-1.64	0.317	137	0.2319	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.64-1.66	0.1948	137	0.2105	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.66-1.69	0.2154	138	0.191	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.69-1.71	0.1721	137	0.175	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.71-1.74	0.1845	137	0.1631	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.74-1.77	0.2105	139	0.158	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.77-1.81	0.182	137	0.1577	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.81-1.85	0.1803	137	0.1603	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.85-1.89	0.1865	139	0.1651	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.89-1.93	0.1898	137	0.1674	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.93-1.98	0.1526	138	0.1526	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.98-2.03	0.1648	139	0.1462	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.03-2.09	0.161	138	0.1479	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.09-2.16	0.1604	138	0.151	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.16-2.24	0.1644	138	0.1476	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.24-2.32	0.2114	137	0.1435	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.32-2.43	0.1827	140	0.1613	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.43-2.56	0.1475	138	0.1456	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.56-2.72	0.1927	139	0.1555	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.72-2.93	0.1742	138	0.1515	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.93-3.22	0.1451	140	0.133	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.22-3.69	0.1374	140	0.1206	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.83
3.69-4.65	0.1021	141	0.0979	2678	X-RAY DIFFRACTION	98.64
4.65-39.8	0.1249	143	0.1132	2730	X-RAY DIFFRACTION	96.41

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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