PDB-7b67: Structure of NUDT15 V18_V19insGV Mutant in complex with TH7755

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b67

タイトル

Structure of NUDT15 V18_V19insGV Mutant in complex with TH7755

要素

Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / complex / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Rehling, D. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of NUDT15 variants enabled by a potent inhibitor reveal the structural basis for thiopurine sensitivity.
著者: Rehling, D. / Zhang, S.M. / Jemth, A.S. / Koolmeister, T. / Throup, A. / Wallner, O. / Scaletti, E. / Moriyama, T. / Nishii, R. / Davies, J. / Desroses, M. / Rudd, S.G. / Scobie, M. / Homan, ...

履歴

登録	2020年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.2	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b67.cif.gz	93.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b67.ent.gz	67.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b67_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b67_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7b67_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	7b67_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b63C 7b64C 7b65C 7b66C 5lpgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bon-2 5bon-1 5lpg-d 5bon-3 7b64-1 7b63-d 7b66-2 6t5j-d 5bon-4 1ydh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (4) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15

B: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15

ヘテロ分子

38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.431, 45.710, 66.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.103, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 / ...MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 / Nucleoside diphosphate-linked to another moiety X hydrolase 15 / Nudix hydrolase 15 分子量: 18791.186 Da / 分子数: 2 / 変異: V18_V19insGV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT15, MTH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NV35, nucleotide diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SYW / (R)-6-((2-methyl-4-(1-methyl-1H-indole-5-carbonyl)piperazin-1-yl)sulfonyl)benzo[d]oxazol-2(3H)-one / 6-[(2~{R})-2-methyl-4-(1-methylindol-5-yl)carbonyl-piperazin-1-yl]sulfonyl-3~{H}-1,3-benzoxazol-2-one / TH7755 分子量: 454.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂N₄O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.09 M SPG pH 5.0, 22.25% PEG 1500, 0.01 M sodium phosphate, 2.75% 1,2 propandiol, 1.0% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→60.073 Å / Num. obs: 61265 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 31.5 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / Num. unique obs: 3026 / CC_1/2: 0.861

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PHENIX	1.18.2	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LPG

5lpg

解像度: 1.45→60.073 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.258 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1973	1996	3.268 %
R_work	0.1671	59087	-
all	0.168	-	-
obs	-	61083	99.732 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.958 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.357 Å²	-0 Å²	-0.433 Å²
2-	-	1.173 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.409 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→60.073 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2510	0	70	404	2984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.863	1.66	3768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.472	1.59	5630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.422	5	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.41	23.63	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.666	15	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.044	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.244	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.276	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.215	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.881	1.885	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.881	1.884	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.714	2.824	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.714	2.824	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.926	2.251	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.925	2.251	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.592	3.233	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.591	3.233	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.389	23.938	3280
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.154	22.73	3160

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.292	147	0.263	4326	0.264	4484	0.848	0.857	99.7547	0.232
1.488-1.528	0.293	158	0.24	4215	0.242	4391	0.832	0.874	99.5901	0.207
1.528-1.573	0.206	140	0.213	4123	0.212	4283	0.909	0.902	99.533	0.181
1.573-1.621	0.221	144	0.195	3974	0.196	4131	0.922	0.928	99.6853	0.167
1.621-1.674	0.226	125	0.185	3890	0.187	4023	0.92	0.937	99.8011	0.16
1.674-1.733	0.22	143	0.187	3737	0.188	3892	0.936	0.938	99.6917	0.161
1.733-1.798	0.219	137	0.176	3606	0.178	3750	0.937	0.945	99.8133	0.155
1.798-1.872	0.179	142	0.177	3460	0.177	3606	0.943	0.942	99.8891	0.156
1.872-1.955	0.235	135	0.213	3314	0.214	3489	0.927	0.934	98.8535	0.189
1.955-2.05	0.202	103	0.169	3222	0.17	3326	0.949	0.956	99.9699	0.153
2.05-2.161	0.158	66	0.154	3071	0.154	3138	0.968	0.966	99.9681	0.143
2.161-2.292	0.202	69	0.177	2921	0.178	3018	0.94	0.958	99.0722	0.163
2.292-2.45	0.194	102	0.158	2716	0.16	2818	0.95	0.959	100	0.148
2.45-2.646	0.165	81	0.153	2542	0.154	2624	0.962	0.964	99.9619	0.144
2.646-2.898	0.179	80	0.155	2345	0.156	2425	0.952	0.963	100	0.149
2.898-3.239	0.222	64	0.159	2124	0.161	2188	0.948	0.964	100	0.158
3.239-3.738	0.168	73	0.148	1883	0.149	1956	0.971	0.974	100	0.15
3.738-4.573	0.171	51	0.127	1609	0.128	1660	0.973	0.982	100	0.132
4.573-6.449	0.2	20	0.154	1280	0.154	1300	0.975	0.978	100	0.16
6.449-60.073	0.214	16	0.202	729	0.203	745	0.946	0.951	100	0.204

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