[日本語] English
万見
- PDB-7b66: Structure of NUDT15 R139H Mutant in complex with TH7755 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b66
タイトルStructure of NUDT15 R139H Mutant in complex with TH7755
要素Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / complex / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection ...nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / Azathioprine ADME / xenobiotic catabolic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / response to reactive oxygen species / mitotic cell cycle / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SYW / Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Rehling, D. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-03406 スウェーデン
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of NUDT15 variants enabled by a potent inhibitor reveal the structural basis for thiopurine sensitivity.
著者: Rehling, D. / Zhang, S.M. / Jemth, A.S. / Koolmeister, T. / Throup, A. / Wallner, O. / Scaletti, E. / Moriyama, T. / Nishii, R. / Davies, J. / Desroses, M. / Rudd, S.G. / Scobie, M. / Homan, ...著者: Rehling, D. / Zhang, S.M. / Jemth, A.S. / Koolmeister, T. / Throup, A. / Wallner, O. / Scaletti, E. / Moriyama, T. / Nishii, R. / Davies, J. / Desroses, M. / Rudd, S.G. / Scobie, M. / Homan, E. / Berglund, U.W. / Yang, J.J. / Helleday, T. / Stenmark, P.
履歴
登録2020年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
B: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
C: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
D: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2828
ポリマ－74,4644
非ポリマー1,8184
水4,774265
1
A: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
D: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1414
ポリマ－37,2322
非ポリマー9092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
2
B: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
C: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1414
ポリマ－37,2322
非ポリマー9092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.276, 60.215, 69.303
Angle α, β, γ (deg.)100.080, 104.102, 90.250
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 / ...MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 / Nucleoside diphosphate-linked to another moiety X hydrolase 15 / Nudix hydrolase 15


分子量: 18615.955 Da / 分子数: 4 / 変異: R139H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT15, MTH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NV35, nucleotide diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-SYW / (R)-6-((2-methyl-4-(1-methyl-1H-indole-5-carbonyl)piperazin-1-yl)sulfonyl)benzo[d]oxazol-2(3H)-one / 6-[(2~{R})-2-methyl-4-(1-methylindol-5-yl)carbonyl-piperazin-1-yl]sulfonyl-3~{H}-1,3-benzoxazol-2-one / TH7755


分子量: 454.499 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MMT pH 5.0, 25.4% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.59 Å / Num. obs: 81339 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 3976 / CC1/2: 0.976

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIX1.18.2精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LPG

5lpg


解像度: 1.6→40.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.092 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2201 2415 2.97 %
Rwork0.1849 78907 -
all0.186 --
obs-81322 96.797 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 30.762 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.219 Å2-0.246 Å2-0.763 Å2
2---3.065 Å2-1.316 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5046 0 128 265 5439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0135371
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0184718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.6617324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3831.59111008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2015634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06523.451284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34715853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7531522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2949
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.24373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.22507
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.22399
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1120.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2890.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.20.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6933.0082521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6873.0072520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7414.5023148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.744.5043149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6063.4412850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6053.4412851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3934.9854172
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3934.9854173
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.93934.7726064
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.92834.6036021
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6420.3351870.315742X-RAY DIFFRACTION95.1991
1.642-1.6860.2491770.35577X-RAY DIFFRACTION95.5973
1.686-1.7350.2751690.2785523X-RAY DIFFRACTION95.7604
1.735-1.7890.2481480.265343X-RAY DIFFRACTION95.9629
1.789-1.8470.2091540.2365136X-RAY DIFFRACTION96.1469
1.847-1.9120.2391510.1924997X-RAY DIFFRACTION96.3323
1.912-1.9840.221480.1964902X-RAY DIFFRACTION96.7433
1.984-2.0650.2011510.1834676X-RAY DIFFRACTION96.9861
2.065-2.1570.2441350.1844504X-RAY DIFFRACTION97.1112
2.157-2.2620.2561300.1794288X-RAY DIFFRACTION97.4201
2.262-2.3840.2141290.184114X-RAY DIFFRACTION97.4954
2.384-2.5290.2411020.1713932X-RAY DIFFRACTION97.984
2.529-2.7030.2571180.1793660X-RAY DIFFRACTION98.0789
2.703-2.9190.2241190.1843439X-RAY DIFFRACTION98.3416
2.919-3.1970.216930.1813149X-RAY DIFFRACTION98.631
3.197-3.5740.226910.182835X-RAY DIFFRACTION98.818
3.574-4.1240.221660.1682560X-RAY DIFFRACTION99.0196
4.124-5.0460.163820.1422114X-RAY DIFFRACTION98.6966
5.046-7.1160.197520.1721659X-RAY DIFFRACTION98.7305
7.116-40.620.255130.211757X-RAY DIFFRACTION81.2236

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る