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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b53 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MurE from E.coli | ||||||
![]() | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2 / 6-diaminopimelate ligase cell wall biosynthesis ligase drug target / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Talon, R. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of MurE from E.coli 著者: Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Talon, R. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 385.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 315.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7b60C ![]() 7b61C ![]() 7b68C ![]() 7b6gC ![]() 7b6iC ![]() 7b6jC ![]() 7b6kC ![]() 7b6lC ![]() 7b6mC ![]() 7b6nC ![]() 7b6oC ![]() 7b6pC ![]() 7b6qC ![]() 7b9eC ![]() 7b9wC ![]() 1e8cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53493.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag -Twin-Strep-tag II -TEV-cleavage site 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P22188, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M citrate pH 5.5 14% PEG4K 20% 2-propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→56.4 Å / Num. obs: 92515 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 1.3 % / Num. unique obs: 6655 / CC1/2: 0.495 / % possible all: 93.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1e8c 解像度: 1.75→56.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 7.301 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.196 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→56.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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