PDB-7b53: Crystal structure of MurE from E.coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b53

タイトル

Crystal structure of MurE from E.coli

要素

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2 / 6-diaminopimelate ligase cell wall biosynthesis ligase drug target / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Talon, R. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MurE from E.coli
著者: Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Talon, R. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T.

履歴

登録	2020年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b53.cif.gz	385.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b53.ent.gz	315.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b53.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/7b53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/7b53	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b60C 7b61C 7b68C 7b6gC 7b6iC 7b6jC 7b6kC 7b6lC 7b6mC 7b6nC 7b6oC 7b6pC 7b6qC 7b9eC 7b9wC 1e8cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b6l-1 7b6o-1 7b6m-1 7b60-1 7b6g-1 7b6n-1 7b9w-1 7b61-1 7b9e-2 7b6k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

B: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.631, 58.944, 74.228
Angle α, β, γ (deg.)	97.32, 91.54, 105.17
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase / Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso- ...Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso-diaminopimelate ligase / UDP-MurNAc-tripeptide synthetase / UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase 分子量: 53493.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: murE, b0085, JW0083 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag -Twin-Strep-tag II -TEV-cleavage site 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-Rosetta 参照: UniProt: P22188, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M citrate pH 5.5 14% PEG4K 20% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→56.4 Å / Num. obs: 92515 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 1.3 % / Num. unique obs: 6655 / CC_1/2: 0.495 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1e8c

1e8c

解像度: 1.75→56.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 7.301 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21971	4440	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19525	-	-	-
obs	0.19645	88075	96.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.196 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.98 Å²	0.96 Å²	-0.17 Å²
2-	-	0.93 Å²	0.6 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→56.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7284	0	16	424	7724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.018	7564
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.157	1.88	10287
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.043	2.928	16313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.351	5	989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.743	23.874	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.508	15	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.032	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.119	1.961	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.117	1.961	3927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.935	2.928	4927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.936	2.929	4928
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.099	2.351	3636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.099	2.352	3637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.542	3.386	5359
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.546	24.668	8291
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.516	24.378	8225

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	313	-
R_work	0.335	6259	-
obs	-	-	92.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0679	0.4093	-0.204	4.2483	-0.6325	5.2027	-0.148	0.2385	0.2472	-0.1753	0.0532	-0.0155	-0.1704	-0.0428	0.0948	0.1499	0.0101	0.0563	0.149	0.013	0.0479	-24.328	18.673	-41.69
2	3.6289	-1.0147	-1.8925	0.5679	0.48	1.5058	-0.0399	0.2917	0.1597	-0.1109	0.0349	-0.0424	-0.0763	-0.0315	0.005	0.1896	-0.0175	-0.0035	0.1526	0.0509	0.0345	-38.883	23.394	-29.763
3	9.1942	-5.0137	6.0518	2.7868	-2.9984	5.7797	0.0887	0.0924	0.0446	-0.0414	-0.09	-0.0264	-0.019	-0.2241	0.0013	0.2042	0.0441	0.0359	0.1188	-0.0011	0.0866	-59.43	10.444	-36.016
4	5.9863	-0.0969	-2.2626	1.871	0.55	3.1416	-0.0987	0.3248	-0.2862	-0.0652	0.0496	0.2611	0.1465	-0.297	0.0491	0.1355	0.0279	-0.005	0.0772	0.0191	0.0642	-58.529	14.848	-19.602
5	3.3553	-2.1227	1.4493	3.1236	-0.9969	2.7136	-0.2392	-0.2636	0.0848	0.2927	0.2465	0.1894	-0.1648	-0.1194	-0.0073	0.1457	0.0674	0.0152	0.0421	0.0069	0.0379	-59.229	32.052	-13.536
6	1.7679	-0.5214	0.4743	2.2649	-1.8292	4.8307	0.1484	0.0239	-0.2101	-0.2834	0.1208	0.1778	0.3335	0.0133	-0.2692	0.1344	0.0352	-0.0311	0.0337	0.0034	0.0397	-68.986	45.113	-37.29
7	1.331	-0.3209	0.1381	4.348	-0.9469	5.6709	0.0739	0.0159	0.1409	-0.0311	0.0092	-0.2706	-0.3043	0.4355	-0.0831	0.1266	0.0167	0.0051	0.0655	-0.0064	0.0394	-63.599	53.989	-33.204
8	5.409	0.7737	0.6247	5.6578	-0.262	4.5965	0.1752	-0.8491	0.6106	0.6388	-0.3739	0.284	-0.5854	-0.176	0.1987	0.4034	0.0278	0.0511	0.3997	-0.2414	0.176	-45.263	32.202	15.369
9	2.4259	-1.0855	-0.8951	2.5736	0.8009	1.8941	0.0396	-0.3228	0.2751	0.2467	-0.0187	-0.2175	-0.1165	0.0985	-0.0209	0.1297	0.0153	-0.0205	0.1158	-0.0135	0.0494	-30.469	17.842	0.048
10	12.152	-1.8672	-4.9715	0.7752	1.2153	6.3679	0.0754	-0.2962	-0.6567	0.0209	-0.0554	-0.2945	0.3347	0.306	-0.02	0.1443	-0.0062	-0.0101	0.237	0.0541	0.3705	-42.073	0.331	6.651
11	1.9099	-0.574	-0.3551	4.0699	0.9849	2.2519	-0.0339	-0.0865	-0.4188	0.1946	-0.0809	0.2991	0.1857	-0.1373	0.1149	0.1129	0.0208	-0.0032	0.0933	0.0268	0.1088	-36.999	-1.917	-7.552
12	4.7513	-1.4807	1.6563	2.4897	-1.2326	2.3776	0.0963	0.3577	-0.1619	-0.096	-0.1069	-0.0752	0.0879	0.1999	0.0106	0.0758	0.0538	0.0187	0.0815	0.006	0.0197	-20.419	2.749	-12.676
13	1.2752	-0.0668	1.1234	1.5069	0.1926	4.8654	0.1712	-0.1044	-0.0853	0.0874	-0.0177	0.0686	0.2392	-0.1185	-0.1535	0.0758	0.0274	0.0082	0.0687	0.0279	0.0184	-5.749	-3.646	10.671
14	2.5557	0.5474	0.2914	2.7412	-0.0942	4.6795	0.0332	0.0289	0.2709	0.121	-0.0457	-0.2104	-0.2394	0.3008	0.0125	0.0631	0.0265	0.0067	0.0922	0.0237	0.061	1.26	3.37	7.311

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	69 - 208
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	209 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	228 - 274
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	275 - 340
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	341 - 436
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	437 - 495
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	4 - 92
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	93 - 205
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	206 - 229
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	230 - 274
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	275 - 342
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	343 - 433
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	434 - 495

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)