PDB-7b6i: Crystal structure of MurE from E.coli in complex with Z1373445602

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b6i

タイトル

Crystal structure of MurE from E.coli in complex with Z1373445602

要素

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2 / 6-diaminopimelate ligase cell wall biosynthesis ligase drug target / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / fragment screening

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.069 Å

データ登録者

Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Talon, R. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MurE from E.coli
著者: Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Talon, R. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T.

履歴

登録	2020年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b6i.cif.gz	204.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b6i.ent.gz	156.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b53SC 7b60C 7b61C 7b68C 7b6gC 7b6jC 7b6kC 7b6lC 7b6mC 7b6nC 7b6oC 7b6pC 7b6qC 7b9eC 7b9wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b6p-1 7b6k-1 7b9e-1 7b6q-1 7b6l-2 7b61-2 7b6m-2 7b6p-2 7b9w-2 7b6j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

B: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
monomer
53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
monomer
53.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.190, 58.426, 74.229
Angle α, β, γ (deg.)	97.082, 91.436, 104.723
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso- ...Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso-diaminopimelate ligase / UDP-MurNAc-tripeptide synthetase / UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase 分子量: 53493.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: murE, b0085, JW0083 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag -Twin-Strep-tag II -TEV-cleavage site 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): -R3-Rosetta 参照: UniProt: P22188, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-SZE / 4-(3-fluoranylpyridin-2-yl)-1-methyl-piperazin-2-one / 4-(3-fluoropyridin-2-yl)-1-methylpiperazin-2-one 分子量: 209.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂FN₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M citrate pH 5.5 19% PEG4K 14% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→73.51 Å / Num. obs: 56353 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.02→2.13 Å / Num. unique obs: 7369 / CC_1/2: 0.424

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7B53

7b53

解像度: 2.069→73.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 7.642 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.21 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2588	2812	5.109 %
R_work	0.2035	52233	-
all	0.206	-	-
obs	-	55045	96.263 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.926 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.572 Å²	0.923 Å²	-0.083 Å²
2-	-	0.932 Å²	2.268 Å²
3-	-	-	-1.624 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.069→73.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7188	0	32	273	7493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	7461
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7101
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.631	10152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.284	1.581	16292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.179	5	973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.901	21.942	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.034	15	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.73	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	967
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	6567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.695	4.539	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.694	4.539	3875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.204	6.795	4854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.204	6.795	4855
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.203	5.083	3587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.202	5.083	3588
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.314	7.436	5296
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.314	7.436	5297
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.238	54.179	7970
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.227	54.13	7934

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.069-2.123	0.361	190	0.325	3757	0.327	4215	0.597	0.627	93.6418	0.326
2.123-2.181	0.315	192	0.295	3758	0.296	4129	0.689	0.707	95.6648	0.287
2.181-2.244	0.315	193	0.303	3641	0.303	4032	0.741	0.75	95.0893	0.294
2.244-2.313	0.316	196	0.282	3468	0.284	3859	0.792	0.8	94.9469	0.268
2.313-2.389	0.296	173	0.229	3504	0.233	3790	0.847	0.868	97.0185	0.21
2.389-2.473	0.274	163	0.22	3318	0.222	3638	0.86	0.88	95.6844	0.199
2.473-2.566	0.281	181	0.212	3197	0.216	3520	0.877	0.896	95.9659	0.19
2.566-2.67	0.307	203	0.219	3075	0.224	3388	0.862	0.89	96.7532	0.196
2.67-2.789	0.25	164	0.201	2988	0.203	3264	0.909	0.911	96.5686	0.181
2.789-2.925	0.249	146	0.196	2878	0.199	3110	0.919	0.926	97.2347	0.174
2.925-3.083	0.31	146	0.216	2742	0.22	2957	0.873	0.903	97.6666	0.195
3.083-3.269	0.271	129	0.196	2558	0.2	2759	0.896	0.931	97.3904	0.183
3.269-3.495	0.255	125	0.205	2372	0.207	2611	0.91	0.928	95.6339	0.194
3.495-3.774	0.253	122	0.203	2265	0.206	2457	0.917	0.93	97.151	0.196
3.774-4.133	0.261	117	0.181	2085	0.185	2262	0.92	0.941	97.3475	0.175
4.133-4.619	0.21	84	0.146	1902	0.149	2036	0.944	0.966	97.5442	0.141
4.619-5.33	0.209	97	0.162	1635	0.165	1800	0.956	0.964	96.2222	0.156
5.33-6.52	0.271	92	0.208	1392	0.212	1522	0.927	0.942	97.5033	0.201
6.52-9.184	0.187	60	0.157	1084	0.158	1156	0.955	0.96	98.9619	0.154
9.184-73.535	0.208	39	0.193	614	0.194	659	0.947	0.946	99.0895	0.198

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関連情報:EMDBヘッダ

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