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- PDB-7b6k: Crystal structure of MurE from E.coli in complex with Z57715447 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b6k
タイトルCrystal structure of MurE from E.coli in complex with Z57715447
要素UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2 / 6-diaminopimelate ligase cell wall biosynthesis ligase drug target / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / fragment screening
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / MurE/MurF, N-terminal / MurE/MurF, N-terminal domain / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily ...UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / MurE/MurF, N-terminal / MurE/MurF, N-terminal domain / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / 5-cyclohexyl-3-(pyridin-4-yl)-1,2,4-oxadiazole / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.838 Å
データ登録者Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Talon, R. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MurE from E.coli
著者: Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Talon, R. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T.
履歴
登録2020年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
B: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0469
ポリマ－106,9872
非ポリマー1,0597
水5,765320
1
A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0535
ポリマ－53,4941
非ポリマー5604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9934
ポリマ－53,4941
非ポリマー5003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.693, 58.903, 74.011
Angle α, β, γ (deg.)97.098, 91.201, 104.598
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso- ...Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso-diaminopimelate ligase / UDP-MurNAc-tripeptide synthetase / UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase


分子量: 53493.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: murE, b0085, JW0083 / プラスミド: pNIC28-Bsa4
詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag -Twin-Strep-tag II -TEV-cleavage site
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): -R3-Rosetta
参照: UniProt: P22188, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

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非ポリマー , 5種, 327分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-SZ2 / 5-cyclohexyl-3-(pyridin-4-yl)-1,2,4-oxadiazole / 5-cyclohexyl-3-pyridin-4-yl-1,2,4-oxadiazole


分子量: 229.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M citrate pH 5.5 21% PEG4K 22% 2-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→73.27 Å / Num. obs: 87747 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.77→1.87 Å / Num. unique obs: 12825 / CC1/2: 0.45

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7B53

7b53


解像度: 1.838→73.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.65 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 4051 5.124 %
Rwork0.2057 75001 -
all0.208 --
obs-79052 95.562 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 38.445 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.035 Å21.49 Å2-0.701 Å2
2--0.917 Å20.832 Å2
3----1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.838→73.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7215 0 72 320 7607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5121.63410253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3281.58516469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7765979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.85921.942381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.499151211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9531555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21421
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1740.26664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1540.23600
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.23720
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3040.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2330.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2590.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0933.8263894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0933.8263895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2685.7244883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2675.7234882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7964.3583644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7854.3583641
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6776.3575368
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6766.3585369
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.18645.8088052
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.17445.7258009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.838-1.8860.3482770.31353860.31561250.6410.64492.45710.312
1.886-1.9380.3483000.33253100.33359290.6510.66794.61970.333
1.938-1.9940.2872900.26451780.26557960.8040.81594.34090.255
1.994-2.0550.3172840.26650090.26856570.8050.82393.56550.252
2.055-2.1220.2932410.23749530.23954590.8560.88195.14560.22
2.122-2.1970.2922470.23647550.23852440.8570.87795.38520.216
2.197-2.280.2852530.23845990.2451150.8840.994.85830.22
2.28-2.3730.2862380.20744770.21148970.8890.91896.28340.187
2.373-2.4780.2632130.19542990.19847050.9060.93295.8980.18
2.478-2.5990.2792350.21340650.21744830.8940.91395.91790.197
2.599-2.7390.2812280.20439250.20942880.8960.9296.85170.192
2.739-2.9050.2392030.19837140.240330.9360.93697.12370.188
2.905-3.1050.31860.21935570.22238380.8880.91797.52470.209
3.105-3.3540.2521550.20432370.20735010.9190.92996.88660.201
3.354-3.6730.2531750.20329910.20632760.9130.93796.64220.203
3.673-4.1050.2311390.18527070.18729190.9410.94997.49910.188
4.105-4.7380.2011220.15324060.15526050.9530.96597.04410.163
4.738-5.7970.2081170.1819910.18221940.9530.95996.08020.19
5.797-8.1720.225940.1915700.19317010.9450.94797.82480.2
8.172-73.3350.222540.1788710.189370.9580.9698.71930.188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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