PDB-7b2k: Structure of the M298F mutant of the Streptomyces coelicolor smal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b2k

タイトル

Structure of the M298F mutant of the Streptomyces coelicolor small laccase T1 copper axial ligand.

要素

Putative copper oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / small laccase / T1 copper / point mutation / M298F

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zovo, K. / Majumdar, S. / Lukk, T.

資金援助

Estonia, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Substitution of the Methionine Axial Ligand of the T1 Copper for the Fungal-like Phenylalanine Ligand (M298F) Causes Local Structural Perturbations that Lead to Thermal Instability and ...
著者: Zovo, K. / Pupart, H. / Van Wieren, A. / Gillilan, R.E. / Huang, Q. / Majumdar, S. / Lukk, T.

履歴

登録	2020年11月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b2k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7b4yC 7bdnC 7bfmC 3cg8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bfm-1 7b2k-2 7pfr-2 7pu0-1 7bfm-2 5o3k-4 6rh9-2 4gy4-d 6fdj-3 7pen-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative copper oxidase

B: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

74.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

A: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

A: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The protein is an obligatory trimer as has been determined by crystallography as well as gel filtration chromatography. In this crystal form the monomers belong to separate ...根拠: gel filtration, The protein is an obligatory trimer as has been determined by crystallography as well as gel filtration chromatography. In this crystal form the monomers belong to separate trimers, both completed by crystallographic symmetry.
trimer
112 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

B: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

B: Putative copper oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
trimer
112 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.620, 177.620, 177.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Putative copper oxidase / small laccase 分子量: 36947.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO6712 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XAL8
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein concentration was 20 mg/mL in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% MPD, 200 mM NH4-OAc and 100 mM HEPES (pH 7.5). The protein was mixed in 2:1 ratio with ...詳細: Protein concentration was 20 mg/mL in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% MPD, 200 mM NH4-OAc and 100 mM HEPES (pH 7.5). The protein was mixed in 2:1 ratio with protein to mother liquor.

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein concentration was 20 mg/mL in 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.5). Mother liquor was made up of 40% MPD, 200 mM NH4-OAc and 100 mM HEPES (pH 7.5). The protein was mixed in 2:1 ratio with ...

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データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F1 / 波長: 0.9782 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月18日

放射

モノクロメーター: C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9782 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→29.2 Å / Num. obs: 92609 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 8.733 % / B_iso Wilson estimate: 44.052 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 1.031 / Net I/σ(I): 16.5 / Num. measured all: 808727 / Scaling rejects: 89

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	4.309	0.805	1.69	25774	6929	5982	0.652	0.907	86.3
2.26-2.32	4.985	0.678	2.21	31149	6757	6249	0.746	0.752	92.5
2.32-2.39	5.765	0.549	2.98	36588	6577	6347	0.852	0.601	96.5
2.39-2.46	6.848	0.496	3.75	43577	6402	6363	0.891	0.536	99.4
2.46-2.54	8.81	0.424	5.14	54356	6171	6170	0.947	0.451	100
2.54-2.63	10.166	0.358	6.7	60912	5993	5992	0.967	0.377	100
2.63-2.73	10.168	0.27	8.75	58697	5773	5773	0.979	0.285	100
2.73-2.84	10.18	0.213	10.83	56572	5558	5557	0.987	0.224	100
2.84-2.97	10.165	0.157	14.18	54730	5384	5384	0.992	0.165	100
2.97-3.11	10.161	0.125	17.72	51648	5084	5083	0.995	0.131	100
3.11-3.28	10.147	0.1	21.39	49711	4900	4899	0.996	0.106	100
3.28-3.48	10.102	0.08	25.97	46592	4612	4612	0.998	0.084	100
3.48-3.72	10.051	0.067	30.7	43733	4353	4351	0.998	0.071	100
3.72-4.02	9.995	0.06	33.74	40341	4036	4036	0.998	0.063	100
4.02-4.4	9.956	0.052	37.41	37206	3737	3737	0.999	0.055	100
4.4-4.92	9.899	0.049	39.4	33725	3407	3407	0.999	0.052	100
4.92-5.68	9.875	0.047	39.92	29663	3004	3004	0.999	0.05	100
5.68-6.96	9.807	0.048	39.05	25018	2551	2551	0.999	0.051	100
6.96-9.84	9.589	0.045	40.42	19294	2012	2012	0.999	0.048	100
9.84-29.2	8.583	0.044	39.55	9441	1155	1100	0.998	0.047	95.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS	VERSION Jan 26, 2018	データ削減
XSCALE	VERSION Jan 26, 2018	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CG8

3cg8

解像度: 2.2→29.2 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1851	4627	5 %
R_work	0.1709	87931	-
obs	0.1716	92558	98.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.95 Å² / B_iso mean: 41.7343 Å² / B_iso min: 24.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→29.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4359	0	8	212	4579
B_iso mean	-	-	64.81	42.92	-
残基数	-	-	-	-	562

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3041	131	0.2749	2485	2616	83
2.23-2.25	0.2669	137	0.2456	2608	2745	88
2.25-2.28	0.3106	141	0.2503	2675	2816	91
2.28-2.31	0.2701	146	0.2355	2782	2928	93
2.31-2.34	0.2566	148	0.2305	2806	2954	95
2.34-2.37	0.2718	152	0.2292	2880	3032	97
2.37-2.4	0.2441	154	0.2142	2923	3077	99
2.4-2.44	0.2349	154	0.2104	2939	3093	99
2.44-2.48	0.2619	156	0.208	2964	3120	100
2.48-2.52	0.2255	155	0.1996	2935	3090	100
2.52-2.56	0.2075	157	0.1973	2980	3137	100
2.56-2.61	0.2089	157	0.199	2986	3143	100
2.61-2.66	0.2145	155	0.198	2946	3101	100
2.66-2.71	0.2348	156	0.1954	2970	3126	100
2.71-2.77	0.2199	158	0.1938	3009	3167	100
2.77-2.84	0.2105	157	0.1995	2967	3124	100
2.84-2.91	0.1967	156	0.1851	2964	3120	100
2.91-2.99	0.2157	157	0.1829	2987	3144	100
2.99-3.07	0.2017	156	0.1845	2972	3128	100
3.07-3.17	0.1834	157	0.1783	2973	3130	100
3.17-3.29	0.2202	157	0.1769	2985	3142	100
3.29-3.42	0.1855	158	0.1674	2999	3157	100
3.42-3.57	0.1757	158	0.1599	3000	3158	100
3.57-3.76	0.1564	156	0.1518	2973	3129	100
3.76-3.99	0.1491	158	0.1532	3004	3162	100
4-4.3	0.141	159	0.138	3018	3177	100
4.31-4.73	0.1552	159	0.1277	3017	3176	100
4.74-5.41	0.1669	159	0.1421	3025	3184	100
5.42-6.81	0.1466	161	0.165	3059	3220	100
6.81-29.2	0.1535	162	0.1693	3100	3262	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1127	0.12	-0.4244	0.7724	0.2446	0.9368	-0.0002	-0.0864	0.1258	0.1211	0.0537	-0.0094	-0.1745	-0.0917	-0.0672	0.4104	0.1203	-0.0347	0.3218	-0.0085	0.3069	22.1011	-37.1629	-14.1213
2	3.3623	0.0776	-3.2034	0.7672	-0.0001	4.3294	-0.1523	-0.3002	-0.2378	0.2214	-0.0544	-0.134	-0.1366	0.0945	0.1438	0.4065	0.0616	-0.0985	0.3274	-0.0367	0.353	34.0252	-39.8235	-11.2547
3	1.3631	-0.0752	-0.2693	0.8276	-0.1803	0.6626	-0.0473	0.0098	0.0448	0.0692	0.0106	-0.0276	-0.0505	-0.1187	0.0603	0.3736	0.062	-0.0365	0.3305	-0.0362	0.2952	26.4389	-44.1825	-19.867
4	2.2163	1.0406	-0.0469	2.6436	-1.3885	2.1605	0.1435	0.1757	-0.1054	0.1279	-0.1312	-0.073	-0.1247	-0.2996	-0.0599	0.3703	0.0942	-0.0287	0.4196	-0.0647	0.3178	10.7185	-50.5837	-23.7276
5	0.6751	-0.3448	-0.1718	0.6395	0.1112	1.0136	-0.0308	0.1139	-0.005	0.0704	0.0216	0.0058	-0.1417	-0.1579	-0.0039	0.3126	0.0511	-0.0219	0.3345	-0.0334	0.2579	18.243	-51.0269	-34.0282
6	3.9529	-2.7403	3.916	3.5514	0.1448	9.6442	-0.0502	-0.1627	-0.0454	0.2083	-0.343	1.9593	0.2944	-1.8986	0.2916	0.4672	0.0121	-0.0116	0.79	-0.1417	0.7523	-1.484	-44.8985	-40.8144
7	0.662	0.0983	-0.0136	1.4367	0.6803	0.9776	0.0375	0.1249	0.0437	-0.1113	-0.0415	-0.0462	0.0849	0.1419	-0.0035	0.3078	0.0889	0.0205	0.3968	0.0467	0.2952	4.4834	-18.4706	-30.3076
8	0.8154	0.0188	-0.2689	0.4868	0.0267	0.9545	-0.017	-0.0044	-0.047	0.1276	-0.012	0.0011	0.1769	0.088	0.0187	0.3312	0.0663	0.0238	0.2976	0.0226	0.2507	-4.6596	-27.7669	-11.9507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 38 through 112 )	A	38 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 113 through 143 )	A	113 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 188 )	A	144 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 189 through 210 )	A	189 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 211 through 305 )	A	211 - 305
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 306 through 319 )	A	306 - 319
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 37 through 173 )	B	37 - 173
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 174 through 316 )	B	174 - 316

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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