[日本語] English

万見

- PDB-7b28: Complement inhibitor CirpA3 from Rhipicephalus pulchellus -

+
データを開く

-
基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b28

タイトル

Complement inhibitor CirpA3 from Rhipicephalus pulchellus

要素

CirpA3

キーワード

IMMUNOSUPPRESSANT / Inhibitor / Complement / tick

生物種

Rhipicephalus pulchellus (ダニ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lea, S.M. / Johnson, S. / Braunger, K.

資金援助

英国, 5件

組織	認可番号	国
Wellcome Trust	100298	英国
Wellcome Trust	209194	英国
Wellcome Trust	219477	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	S021264	英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)	ALTF 554-2019	英国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and function of a family of tick-derived complement inhibitors targeting properdin.
著者: Braunger, K. / Ahn, J. / Jore, M.M. / Johnson, S. / Tang, T.T.L. / Pedersen, D.V. / Andersen, G.R. / Lea, S.M.

履歴

登録	2020年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b28.cif.gz	628.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b28.ent.gz	430.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b28.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b28_validation.pdf.gz	487.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b28_full_validation.pdf.gz	500.3 KB	表示
XML形式データ	7b28_validation.xml.gz	51 KB	表示
CIF形式データ	7b28_validation.cif.gz	71.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/7b28	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b26C 7b29C 7b2aC 7b2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b2d-d 1fho-d 7b28-8 2c8s-d 7b2a-d 1xm5-1 1ib5-d 5a88-1 2hzq-d 7b28-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

-
集合体

登録構造単位

F: CirpA3

A: CirpA3

B: CirpA3

C: CirpA3

D: CirpA3

E: CirpA3

G: CirpA3

H: CirpA3

ヘテロ分子

153 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

F: CirpA3

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: CirpA3

登録者が定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

B: CirpA3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

C: CirpA3

登録者が定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

D: CirpA3

登録者が定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

E: CirpA3

登録者が定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

G: CirpA3

登録者が定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

H: CirpA3

登録者が定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.366, 150.298, 68.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.833, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 49 through 94 or resid 96...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 49 through 94 or resid 96...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 49 through 94 or resid 96...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 49 through 94 or resid 96...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 49 through 94 or resid 96...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 49 through 94 or resid 96...
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 49 through 94 or resid 96...
d_8	ens_1	(chain "H" and (resid 49 through 94 or resid 96...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	SER	LYS	B	2 - 48
d_1	2	ens_1	ASN	GLY	B	50 - 51
d_1	3	ens_1	ILE	GLU	B	53 - 69
d_1	4	ens_1	VAL	LEU	B	71 - 89
d_1	5	ens_1	TYR	ALA	B	91 - 105
d_1	6	ens_1	ASN	GLY	B	109 - 118
d_1	7	ens_1	PRO	GLY	B	120 - 123
d_1	8	ens_1	LEU	CYS	B	125 - 129
d_1	9	ens_1	GLU	ALA	B	132 - 135
d_1	10	ens_1	VAL	GLU	B	137 - 139
d_1	11	ens_1	ASN	GLN	B	141 - 151
d_2	1	ens_1	SER	LYS	C	2 - 48
d_2	2	ens_1	ASN	GLY	C	50 - 51
d_2	3	ens_1	ILE	GLU	C	53 - 69
d_2	4	ens_1	VAL	LEU	C	71 - 89
d_2	5	ens_1	TYR	ALA	C	91 - 105
d_2	6	ens_1	ASN	GLY	C	109 - 118
d_2	7	ens_1	PRO	GLY	C	120 - 123
d_2	8	ens_1	LEU	CYS	C	125 - 129
d_2	9	ens_1	GLU	ALA	C	132 - 135
d_2	10	ens_1	VAL	GLU	C	137 - 139
d_2	11	ens_1	ASN	GLN	C	141 - 151
d_3	1	ens_1	SER	LYS	D	2 - 48
d_3	2	ens_1	ASN	GLY	D	50 - 51
d_3	3	ens_1	ILE	GLU	D	53 - 69
d_3	4	ens_1	VAL	LEU	D	71 - 89
d_3	5	ens_1	TYR	ALA	D	91 - 105
d_3	6	ens_1	ASN	GLY	D	109 - 118
d_3	7	ens_1	PRO	GLY	D	120 - 123
d_3	8	ens_1	LEU	CYS	D	125 - 129
d_3	9	ens_1	GLU	ALA	D	132 - 135
d_3	10	ens_1	VAL	GLU	D	137 - 139
d_3	11	ens_1	ASN	GLN	D	143 - 153
d_4	1	ens_1	SER	LYS	E	2 - 48
d_4	2	ens_1	ASN	GLY	E	50 - 51
d_4	3	ens_1	ILE	GLU	E	53 - 69
d_4	4	ens_1	VAL	LEU	E	71 - 89
d_4	5	ens_1	TYR	ALA	E	91 - 105
d_4	6	ens_1	ASN	GLY	E	109 - 118
d_4	7	ens_1	PRO	GLY	E	120 - 123
d_4	8	ens_1	LEU	CYS	E	125 - 129
d_4	9	ens_1	GLU	ALA	E	132 - 135
d_4	10	ens_1	VAL	GLU	E	137 - 139
d_4	11	ens_1	ASN	GLN	E	141 - 151
d_5	1	ens_1	SER	LYS	F	2 - 48
d_5	2	ens_1	ASN	GLY	F	50 - 51
d_5	3	ens_1	ILE	GLU	F	53 - 69
d_5	4	ens_1	VAL	LEU	F	71 - 89
d_5	5	ens_1	TYR	ALA	F	91 - 105
d_5	6	ens_1	ASN	GLY	F	109 - 118
d_5	7	ens_1	PRO	GLY	F	120 - 123
d_5	8	ens_1	LEU	CYS	F	125 - 129
d_5	9	ens_1	GLU	ALA	F	132 - 135
d_5	10	ens_1	VAL	GLU	F	137 - 139
d_5	11	ens_1	ASN	GLN	F	141 - 151
d_6	1	ens_1	SER	LYS	A	2 - 48
d_6	2	ens_1	ASN	GLY	A	50 - 51
d_6	3	ens_1	ILE	GLU	A	53 - 69
d_6	4	ens_1	VAL	LEU	A	71 - 89
d_6	5	ens_1	TYR	ALA	A	91 - 105
d_6	6	ens_1	ASN	GLY	A	109 - 118
d_6	7	ens_1	PRO	GLY	A	120 - 123
d_6	8	ens_1	LEU	CYS	A	125 - 129
d_6	9	ens_1	GLU	ALA	A	132 - 135
d_6	10	ens_1	VAL	GLU	A	137 - 139
d_6	11	ens_1	ASN	GLN	A	145 - 155
d_7	1	ens_1	SER	LYS	G	2 - 48
d_7	2	ens_1	ASN	GLY	G	50 - 51
d_7	3	ens_1	ILE	GLU	G	53 - 69
d_7	4	ens_1	VAL	LEU	G	71 - 89
d_7	5	ens_1	TYR	ALA	G	91 - 105
d_7	6	ens_1	ASN	GLY	G	109 - 118
d_7	7	ens_1	PRO	GLY	G	120 - 123
d_7	8	ens_1	LEU	CYS	G	125 - 129
d_7	9	ens_1	GLU	ALA	G	132 - 135
d_7	10	ens_1	VAL	GLU	G	137 - 139
d_7	11	ens_1	ASN	GLN	G	144 - 154
d_8	1	ens_1	SER	LYS	H	2 - 48
d_8	2	ens_1	ASN	GLY	H	50 - 51
d_8	3	ens_1	ILE	GLU	H	53 - 69
d_8	4	ens_1	VAL	LEU	H	71 - 89
d_8	5	ens_1	TYR	ALA	H	91 - 105
d_8	6	ens_1	ASN	GLY	H	109 - 118
d_8	7	ens_1	PRO	GLY	H	120 - 123
d_8	8	ens_1	LEU	CYS	H	125 - 129
d_8	9	ens_1	GLU	ALA	H	132 - 135
d_8	10	ens_1	VAL	GLU	H	137 - 139
d_8	11	ens_1	ASN	GLN	H	141 - 151

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.998782668342, -0.0488332071929, -0.006964143521), (-0.0488270316925, 0.998806692892, -0.00105413947877), (0.00700731017062, -0.000712817785001, -0.99997519444)	43.1923728806, 1.24732958191, 31.8833466596
2	given	(0.110328985629, -0.98487623634, 0.133590097023), (0.989308461301, 0.0959252172104, -0.109850448802), (0.095374437502, 0.144281501919, 0.984929725856)	-14.4960222595, -38.1849328979, -13.6770975506
3	given	(-0.157912892627, 0.978547505722, -0.132318923013), (0.982975102535, 0.143032052526, -0.115333341872), (-0.0939333068689, -0.148278828547, -0.984474439925)	59.5440143921, -36.2644185612, 45.8509719637
4	given	(0.0228387154739, -0.0140930965429, -0.999639823989), (-0.222571932433, 0.974734464619, -0.018827065008), (0.974648720293, 0.222921753343, 0.0191249553685)	61.8815204133, -32.2743245543, -6.91557488695
5	given	(-0.0323065097333, 0.0101104416702, 0.99942686996), (0.14352091018, 0.989632704338, -0.00537204292965), (-0.989119829834, 0.143265102078, -0.0334226383859)	-37.3589222613, -40.3736622886, 35.5629158841
6	given	(0.0839664403234, 0.182356718262, 0.979640579092), (0.994960433325, -0.0694113348167, -0.0723588468409), (0.0548030383883, 0.980779329872, -0.187265942124)	-50.2752688528, -82.0884510093, 44.0701463321
7	given	(-0.0874723482952, -0.174570289708, -0.980751651661), (0.946530098725, 0.29233677287, -0.13645506013), (0.310530772212, -0.940247002218, 0.139664649536)	74.8282870617, -67.9509807976, -30.0533951171

-
要素

#1: タンパク質	CirpA3 分子量: 19122.100 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus pulchellus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 30% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→68.33 Å / Num. obs: 78899 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.11→2.14 Å / Num. unique obs: 11656 / CC_1/2: 0.471

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.18rc4_3812	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CirpA1

解像度: 2.1→62.25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 31.4472
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2504	3223	5.32 %
R_work	0.217	57306	-
obs	0.2218	60529	75.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→62.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9935	0	5	711	10651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	10148
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5313	13672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0456	1407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1818
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.8165	3750

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.551172516361
ens_1	d_3	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.679551702071
ens_1	d_4	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.770527807564
ens_1	d_5	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.553848935171
ens_1	d_6	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.430795804876
ens_1	d_7	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.681371969605
ens_1	d_8	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.723289356428

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.14	0.386	57	0.2832	1221	X-RAY DIFFRACTION	30.14
2.14-2.18	0.2752	47	0.2767	1336	X-RAY DIFFRACTION	33.99
2.18-2.22	0.3211	88	0.2721	1576	X-RAY DIFFRACTION	39.16
2.22-2.26	0.3303	93	0.2643	1741	X-RAY DIFFRACTION	43.57
2.26-2.31	0.2949	100	0.2619	1953	X-RAY DIFFRACTION	48.67
2.31-2.37	0.2802	128	0.2656	2214	X-RAY DIFFRACTION	54.83
2.37-2.42	0.3357	143	0.2675	2407	X-RAY DIFFRACTION	60.17
2.42-2.49	0.277	142	0.2699	2631	X-RAY DIFFRACTION	66.61
2.49-2.56	0.292	165	0.2602	2853	X-RAY DIFFRACTION	70.85
2.56-2.65	0.2802	149	0.2592	3091	X-RAY DIFFRACTION	76.53
2.65-2.74	0.2818	166	0.2565	3220	X-RAY DIFFRACTION	80.54
2.74-2.85	0.2933	190	0.2546	3435	X-RAY DIFFRACTION	85.28
2.85-2.98	0.3222	209	0.2459	3606	X-RAY DIFFRACTION	89.9
2.98-3.14	0.2581	194	0.2331	3719	X-RAY DIFFRACTION	93.63
3.14-3.33	0.2987	188	0.2254	3747	X-RAY DIFFRACTION	93.96
3.33-3.59	0.2426	217	0.2123	3766	X-RAY DIFFRACTION	92.55
3.59-3.95	0.2086	199	0.2004	3672	X-RAY DIFFRACTION	91.78
3.95-4.52	0.2288	213	0.1755	3686	X-RAY DIFFRACTION	91.49
4.52-5.7	0.1932	208	0.177	3756	X-RAY DIFFRACTION	92.63
5.7-62.25	0.2288	183	0.2034	3820	X-RAY DIFFRACTION	93.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.35212000149	-1.41630997109	1.80068195722	1.7311428131	-0.106218908162	2.1353217142	0.127015121484	0.579322544085	0.0118312288493	-0.165593718712	-0.352441622702	-0.0623790862164	0.0105307748251	0.154011740797	0.260560475145	0.118527832226	0.0111504291328	0.0408675492416	0.341941714598	0.0603367779995	0.256475597607	1.94563824096	-47.7972453183	-9.77681759176
2	2.25002943072	1.07031370712	0.352113911568	2.2694685703	3.3029470209	7.92504698936	-0.0300848336305	0.182519104437	-0.242081258616	0.193304746909	-0.236898727935	0.0254398285992	0.460264237561	-0.247226558673	0.218485056059	0.153466517816	0.0414183383113	0.0251401808995	0.196685062947	0.0445471202507	0.190826977627	-0.894137980871	-53.4584915631	-3.50266180816
3	8.84868546529	-0.913634529845	3.31042602917	4.75123597775	-0.209837201889	7.32992456275	0.110653087599	-0.254696341707	-0.608134657447	0.504639691237	0.013054859977	0.0652204761089	0.138678246712	-0.0974554416965	-0.130853330702	0.192137186718	0.0318896939973	0.0283539582686	0.217710492843	-0.05268082374	0.184502974079	-2.29080575726	-58.7418732577	-2.17660634049
4	5.91524234394	-1.29809696657	-1.10834537072	9.11152103147	5.33447967624	3.12356028277	0.544059988678	0.204822161181	0.737346424917	-1.00244528888	-0.119448523272	0.687338843352	-1.57727916582	0.602453281711	-0.354745850544	0.298081484084	0.0170069797938	0.0239977132657	0.737240439223	0.145191804029	0.260233323823	-15.5473881467	-41.3451569632	-12.7167716392
5	2.47352546113	0.963467657586	-1.63351258472	1.58101419779	-0.197353114198	1.53558267189	-0.130100498937	-0.403985686325	-0.041677360083	-0.0884094954022	0.0327437870758	-0.0667617733537	0.0858005988921	-0.0740404896335	0.0975571358027	0.111756987856	0.0510822921124	-0.0203229233946	0.354063968717	0.0408652578333	0.195021407701	-0.511631139504	-45.7650766918	-3.30749515288
6	3.18105386494	-0.844789364939	-4.52875567598	8.04125034679	-1.68046348587	7.8830122087	-0.170071232852	0.544176450862	-0.0984911450287	0.377566890964	-0.30412991578	-0.147830551233	-0.0351474585355	0.942135377739	0.415104779935	0.134508724308	-0.0200844461065	-0.0171152288271	0.531656279827	0.0698691580255	0.261048762227	6.30912761994	-34.5885117938	-1.87090497371
7	6.85252476376	-3.91711018067	-0.247939512511	7.75166030222	-0.559056905513	5.15035295733	-0.652533253281	-0.496056779654	0.274471063855	1.33655644242	0.664221923505	0.298745095146	-0.167295289991	0.549513824852	0.125557121547	0.393142104234	-0.0654814801357	0.024971494143	0.216734269007	0.0633631942279	0.251848091089	7.66536678253	-45.0435314936	5.61380048324
8	4.47857031426	-0.129392590392	0.276197322541	1.20591158547	0.474954207287	3.02591889485	0.174348974836	-0.307536411241	0.221956559446	0.00582035653205	-0.0389740472818	0.000186745371712	0.124559420554	0.344105599062	-0.110929659852	0.334961284978	-0.0488357628285	0.070423185247	0.149141624069	-0.0544168812151	0.152815751281	37.3467013972	-13.2354753058	40.9810257165
9	7.09970736324	2.34381377038	-6.39860128337	6.96823637198	-3.31587269642	7.73644404615	-0.277535086739	-0.140910105226	-0.910808513407	-0.197399261713	-0.409121318876	-0.796774061052	0.465374326979	0.492489492184	0.709100452781	0.201894670962	0.00570414704133	0.028545647863	0.277162167581	-0.0369369785135	0.334389399388	44.0693257112	-22.3597927727	34.6835166846
10	4.71063939247	0.431503793243	-2.29399347423	3.16953698285	-0.845597583417	7.20605498819	-0.603101723351	-0.354436169448	-0.202593546981	-0.278423408001	0.474966670644	0.481444113096	1.23779737442	0.17499987347	0.111679258123	0.389772691853	0.0254912366084	0.0845124287457	0.149488624418	-0.0499156613079	0.370612436757	33.4959019477	-23.2883663354	36.3273765588
11	2.82186462721	-0.570132861305	-1.37529223386	2.74893999534	-1.42405479423	3.20790372742	0.328866007935	0.909134563081	0.00338044761896	-0.403111496947	0.128113655255	-0.0297924129654	0.33025149548	0.942635653983	-0.313559877594	0.128478057502	0.0217439469556	0.178834356712	0.936062824374	-0.0887712209374	0.161737742251	40.8620780303	-11.6693797414	25.7558822456
12	2.22904723839	2.70260414971	-0.0991234485058	6.38109365143	1.4099913934	4.41418317481	-0.117832956274	-0.464265227174	-0.0968079929145	-0.319544953689	0.0986878038354	-0.468732387152	-0.230262067457	0.397078495182	0.0205696645829	0.145475065666	0.0544873636862	0.055463119894	0.214003453501	-0.0295008738476	0.341956594025	41.9704459367	-8.35729622966	37.7725669706
13	4.07702494569	-0.684320055704	0.28207202293	1.63185984356	0.386714576861	0.536620960488	-0.0753089028198	-0.200899693235	0.121975585474	0.207229852458	0.00465604242948	-0.0582588304374	0.123615106938	0.0859871000335	0.0663755271006	0.227884875568	0.000330120928653	0.0485451966631	0.1136985035	0.0181567206842	0.129566718987	34.78844045	-9.60130424475	41.3351424324
14	9.7758372083	-4.69658680884	3.99875604185	6.74910272604	-5.66820597162	4.73590072439	-0.132468053412	-0.988678878385	1.25932917191	-0.134899717014	-0.385942288975	-0.506243445285	0.121971193005	-0.598358353992	0.470034165867	0.327990242033	-0.117655056506	0.00543517172552	0.340942096008	-0.149957204151	0.357567573533	36.2302713476	1.21115736052	44.2598408069
15	5.36655743716	-2.95316423058	1.49646429642	5.81140533541	-4.80952082755	8.20737046599	0.0313725810677	0.339661082588	-0.678641377759	0.397084425819	-0.474413513845	0.765244003262	0.134310007121	0.170276050658	0.42860297106	0.273233564852	-0.036351994308	0.112083642261	0.314718130786	-0.102462792499	0.303232787436	28.5384782083	-13.3965921897	49.1858615409
16	4.76806615389	1.17234325545	-1.84059447635	2.80179328395	0.12636933317	3.5937726094	-0.150636731799	0.175352296397	0.0721890883741	-0.0664289602654	0.110936536772	0.227977693094	0.115280387843	-0.177678563729	0.0484490302481	0.1439091976	0.0271863659782	-0.0243023031536	0.12939327203	0.0249812602184	0.124166613391	6.24831244797	-13.8283271623	-8.8157286207
17	4.22535492004	-0.091213184112	3.64838609899	3.72988420084	-0.192532790245	6.34272916567	0.000932012669096	-0.78919613068	-0.219294476071	-0.684098350442	0.334203272013	0.102148400059	-0.596685986548	-1.75851751937	-0.0410111568045	0.221270475842	-0.250334630411	-0.0911812910203	0.0196345019544	-0.10361601817	0.259453698207	-0.101054470964	-23.3218786619	-2.579958361
18	5.04153020412	-1.09567528989	-4.1186639257	5.18945649684	2.59315418052	8.98713346819	-0.347403403013	-0.294222379609	-0.385015675901	-0.345267211944	0.110181383864	-0.335640196578	0.236770727567	0.828162040777	0.228793546793	0.253947451417	-0.00802692872333	0.00680173916356	0.163260419334	0.0399167707403	0.216537405105	10.5562527784	-23.7075713176	-4.3277075705
19	0.897908281236	-0.040789594969	0.877384985117	3.64500147338	-2.30992153059	2.21220292776	-0.922785685108	-0.56562923307	0.839561715292	1.35832714712	-0.0366437836261	0.782539107312	-1.19862840023	-1.95313621318	0.599599221541	0.221109640777	0.217555242922	0.154005685296	1.11351424927	-0.15225522255	0.384521902984	-3.48833434478	-8.76110151107	8.77457945282
20	2.0694587242	-2.92521842618	-3.16433962455	2.03017519131	0.766132513524	4.49198535188	-0.198876970322	-1.23260724075	-0.696310520107	0.466584263056	0.532878446424	-1.25812841822	-0.610017856737	0.33970008527	-0.407871057023	0.445650127962	-0.0172186414148	-0.102338214043	0.527179565628	-0.117909344386	0.438438639547	10.816217358	-17.3550159458	3.41656923289
21	2.9817306853	0.644252866113	3.23356608335	4.05411584081	-0.0113231680757	8.06986520607	-0.147827714186	0.580186922922	-0.0969894638464	-0.0610621020396	0.106292139386	0.399531502196	-0.560223106827	-0.337331032616	0.0312278126977	0.184375150821	0.0902822517669	0.0118400013341	0.272188580379	-0.0181287428515	0.221563947793	1.45288681449	-9.26536207523	-5.70143816772
22	2.19527668084	0.723326069053	2.06338796331	1.8904995303	0.172636701711	2.20445769974	-0.033474655401	-0.202670226034	0.0745023720543	-0.247423820033	0.0621170961033	0.0370256575889	-0.322408121715	-0.213817866061	-0.0119440772898	0.196697051407	0.0266865378053	0.0476668570553	0.155019745634	0.00543197570679	0.14875809191	8.692943835	-10.0759402684	-9.13804490611
23	7.36795885497	6.94093907665	3.49089309791	8.74656872466	1.97694661175	2.41064959036	1.09741800825	-1.26131298357	1.45260515982	0.102586640788	-0.602653399129	0.0813974728074	-0.735868676887	-0.17999191108	-0.259021477615	0.617063308458	0.0467279193545	0.223855327499	0.449649246806	-0.010740554404	0.451841286565	6.16022205168	0.385578267109	-12.4151944182
24	6.67912649858	-1.93037478372	-1.63993595159	8.22630895393	5.15025409942	6.04182665543	0.326643838981	-1.07312443588	0.111970255841	0.750085668032	-0.803107152772	-0.58497679001	0.422634533695	-0.22217573307	0.319513916299	0.22539266311	-0.0785307062965	-0.0143363065414	0.583530052006	0.0617777030337	0.369297314647	14.6527070505	-12.0076446736	-16.1065918705
25	4.49074301198	1.35779734231	-0.940192828893	2.33859546537	-0.249032851599	3.38232206309	0.0867882093579	0.0817050244428	0.0944932879882	-0.0746632820812	0.0639048612349	-0.05151408219	-0.217159941555	-0.203610447427	-0.0931451210823	0.186482466345	0.0396444184148	0.0201062356657	0.168318745767	-0.00237276248358	0.0993754394016	13.0288258751	-7.53124415754	24.8025748529
26	7.2752885839	1.68249672019	-2.82102935399	3.19015804419	4.85513434055	2.01062266512	-0.181703241135	0.804634730065	1.1666433587	-0.69469696064	0.209518706156	0.6146549476	-1.12233628601	-1.75605581251	0.0455359215365	0.703001895244	0.134473905303	0.0761705995602	0.3663559417	0.116882487706	0.664873746574	1.12269559732	4.9176070512	13.2529134911
27	1.96633175363	1.44208973175	1.73412568262	2.4763672101	-0.249540904209	6.13341840959	0.00299046410123	-0.0438536047378	0.113042709778	0.0980638916097	0.035223833572	0.094189040185	-0.241968835502	-0.300458003176	-0.0315949051344	0.150172191799	0.0725439102031	0.0142314050493	0.215085738098	0.00958416847733	0.169853732089	4.95708517897	-7.46788831549	25.9076429464
28	1.54587135766	2.35415604809	0.254631832023	2.08884783817	1.1131681287	0.28103287849	-0.322603472245	-0.53224677677	0.42334655172	-0.110432411402	0.270561631111	2.49417446386	-0.269167132208	-0.637979213605	0.0473813263126	0.279596777487	0.0337830956269	0.0131758467015	0.981033797495	0.141751533393	0.673269900666	-5.51757100891	-6.65880100559	34.1861305304
29	3.39132517681	-0.503850554957	-0.85356573788	5.13044621051	-0.413637952311	4.99238560603	0.375442962138	0.050998434593	-0.211643121497	-0.444456870458	-0.217394600733	0.153990963484	0.0154479852734	-0.960739302086	-0.160798614325	0.367126748623	-0.0285576277892	0.0498068510392	0.374020573061	0.007289740929	0.182354267202	4.75137300967	-16.5522048215	33.3012978228
30	5.31875016596	-0.0946604534722	-0.199536455937	2.14058230207	0.0350636285916	5.05655511402	0.0754046761755	-0.0800896562879	0.128345055466	0.08153801868	-0.052062433796	0.0429081599984	-0.0463878653148	0.271243989625	-0.0144076435653	0.270502392514	-0.0425263810785	0.0547549578697	0.178959073899	-0.013705813611	0.111249529679	30.566837354	-6.88939518708	7.56650855738
31	7.45432941705	-3.02981134054	0.442370996809	4.61043278547	-5.25368440749	7.61584634759	-1.26669609747	-1.2068646493	1.98298501814	1.53635686717	0.445858099345	-0.563941311493	-2.32856359288	1.80266698963	0.716145712199	1.12646054795	-0.165602012967	0.0904735352453	0.602952575609	-0.184275354958	0.816098232835	41.5665707957	6.18168134624	19.35862702
32	3.12436445066	-1.45357688231	0.0220945207567	2.60728250116	-0.165928742131	4.30162732606	-0.0911265404653	0.167128526445	0.0851858227181	-0.14030024305	0.0946488855629	-0.108820314728	-0.0515109892113	0.367570519779	-0.010593404823	0.266591198536	-0.0707947588604	0.0242860463084	0.24751373971	-0.0692474814453	0.159904654001	38.4227345013	-6.54851600389	6.30298678534
33	5.0236125324	-1.67084735714	-1.55952181363	5.54656061956	-2.04923084892	1.89602243501	-0.138596461687	-0.748636577896	0.498724239639	0.0456087445933	0.515547785857	-1.38264634202	-0.446100194052	0.778665571157	-0.334032404435	0.381156112553	-0.108015142562	0.116640138088	1.03321718573	-0.0818259287076	0.40408085821	48.8016078744	-5.35132087539	-2.04672483839
34	8.2128156781	1.07318759284	-0.88806860473	4.75721623896	-0.211996838882	0.777894857391	0.203409125163	0.677364057089	-0.621437457348	-0.832861053214	-0.00854665861159	-0.340104382265	0.0136901735159	1.08535248398	-0.198630589522	0.305222444851	0.0267964858529	0.113725120236	0.5870319405	-0.0411028983771	0.199015329973	36.9263589238	-14.9776166958	-2.36473776199
35	2.21186379935	0.466670206594	-1.0995696247	3.93177918775	-0.815980199299	2.98832009426	0.0344805295453	-0.289575032851	0.0285451622137	0.455056192246	-0.00682655113568	0.0310617697262	-0.111847799436	0.0643012820163	-0.0207450696327	0.169544192059	0.0237322910023	-0.0300783405836	0.19365021474	0.0144960434129	0.196011491158	21.8055521544	-54.3226252709	27.3267563014
36	4.8607777515	0.616646123881	-1.03993279024	5.37291823727	-1.62021729788	1.32166562328	-0.275791875385	-0.700604782944	-0.365930202695	0.255888232785	0.272118477683	-0.188594920824	-0.286083024776	-0.107938409506	-0.0618466370674	0.179875822195	-0.0220132840817	0.0136650516574	0.543466286473	0.167156800083	0.23138926143	28.4834617566	-64.652239692	31.8225756478
37	8.18199884841	0.557027218809	2.36402197176	4.42586169129	-1.30996755553	4.39578495433	-0.17146214162	0.524938341804	-0.871115188961	-0.301954544463	0.244066154037	-0.0227414247634	-0.206232230454	0.0205641566812	-0.0835741432947	0.261585621865	-0.0255468836039	0.0304331104634	0.0868694608681	0.0716106887372	0.276982752409	26.707249367	-63.0231916692	21.2617754805
38	8.76150193522	-3.16537624129	-5.39553965324	4.94494523129	1.15749904902	3.45224122821	0.210780169774	-2.11624565948	1.28341180222	0.46276988192	-0.23362435432	-1.08465409447	-0.866949946082	-0.554227460166	0.126669207926	0.622966039131	-0.0977110469923	-0.204443626235	0.969421704471	0.119208099983	0.254016358603	39.5463928666	-50.5561669508	37.629758127
39	5.21373311621	-1.03210899674	0.788958849915	2.4526126664	-0.153870929011	2.3070185378	0.00567698036417	-0.503854027548	0.0420283125191	-0.0394402602494	-0.102034837726	-0.20453970448	-0.00408367508646	0.260210672456	0.115481333548	0.284082153214	-0.0582401875551	-0.0307113925463	0.150611521742	0.0959938805895	0.237274661086	28.4970522609	-52.8839956005	28.732060974
40	1.72458567881	0.524236472451	-0.57215203812	1.24704301635	-0.163013548683	2.01918489978	-0.242154915225	-0.402284758655	0.372504332292	-0.219843245532	-0.174129866936	-0.0526152618377	-0.274016777385	-0.172323001861	0.332986688354	0.335824264273	0.0469490368361	-0.0634029456998	0.152326471316	0.0469762547611	0.206413130859	26.5660763744	-49.2012902127	23.9826832577
41	2.59027939253	-1.91435744765	2.30134089518	1.4084824345	-1.70935812268	1.99532277867	0.459040550396	0.825802520833	0.0994510656615	0.479443649916	-0.394041814239	0.727772030984	0.252926318484	-0.564793863147	-0.0200381772196	0.160968430272	0.07202586818	0.0686833670265	0.530540187153	-0.00533518218645	0.375699269553	8.95271901833	-52.3265201256	29.5868439649
42	9.10200543365	2.14388602651	2.38332772342	4.17024382454	-4.67708844212	8.16487045142	0.457964369213	-1.23501620686	1.24966784431	-0.333605954221	0.134446527676	-0.630857901579	-2.1800469414	-1.58447836425	-0.102969713177	0.804125938579	0.150169663392	0.174200761212	0.24429233296	-0.311710274354	0.71689210068	18.2722573813	-40.3706191335	29.7664517256
43	3.49589323544	-2.70419654326	-1.77262768264	2.08060148607	1.00534865038	7.32667336227	0.405199528762	-0.259515255709	-0.187553002174	0.000720005973616	-0.249911477324	-0.370800361089	-0.0327311479681	0.96912523379	-0.0886807474216	0.431267184206	0.162724536898	-0.0894694463123	0.376891433816	0.119448117218	0.276566646717	14.6240455925	-51.0801881734	19.3919059034
44	3.17733240736	0.0853893435756	0.133505296303	3.30858197609	-0.45007537614	3.24742097743	-0.177783482206	-0.334065097016	0.0834382295476	0.423236956905	0.11412266387	0.24107730827	-0.109429698051	-0.302698367362	0.0794146662489	0.161014106988	0.051166386067	0.0191344870224	0.26851126692	0.0200777431992	0.163166589856	-14.8947293515	-45.1446529667	22.8470010593
45	6.27554874378	1.35370084204	-0.567288906284	5.29212564322	-1.08297521726	2.3871119851	-0.143655357689	-0.560004937812	0.131371635808	0.308745716186	0.04352801694	0.0315994915969	0.149747742194	0.113845994035	0.085918668001	0.181690991071	0.0658281276806	0.0314591832345	0.435847393467	-0.0120383240586	0.142741868101	-14.671168948	-48.2273245805	29.2646991716
46	2.85987355676	-0.162536751905	0.365195983438	4.55819266977	-0.499543289127	5.6353091702	-0.103266103055	-0.865859732976	-0.181266499248	0.659022331245	-0.0521034609429	-0.097889364993	0.308737370964	0.369996282288	0.133993075889	0.2546809376	0.0899126975317	-0.00507356552124	0.455397556315	0.0727501749859	0.292394407086	-1.83397094574	-52.0257643865	30.8513602315
47	3.82870182013	-0.259164358117	-0.666315045267	2.18833397207	1.21579473632	3.92723575965	0.0777779836945	-0.263864564661	-0.0719417516346	0.00981200261764	-0.0508895580093	-0.00485708781955	-0.0432645862939	0.21234492003	-0.0255294183185	0.109179355692	0.0247107082086	-0.010812120721	0.168228561832	0.0627975546198	0.144901358705	37.1800925467	-43.7309480137	4.32897580227
48	2.31196917136	-1.19815210554	2.46147254634	1.42710930469	0.176831212949	5.13359103507	0.000969672648583	1.14328881478	2.54206232908	-1.06258717749	0.326530271319	-1.01466675695	-2.26008933017	0.947447129992	-0.168765173633	0.756696507764	-0.262285180939	0.227121079765	0.488744631102	0.2245984342	1.10317412937	48.6765133174	-29.2765738902	-4.31722166965
49	4.8376543627	-1.57158105355	-2.20306831582	4.03921637891	1.80606531273	4.22213649256	-0.0967303597876	-0.164572919404	-0.176028164103	0.0866126246021	0.216366662821	0.225561478352	0.0361314891051	0.0475748423048	-0.133169484796	0.128277837131	-0.0175068669328	0.0100585001992	0.163759152881	0.0534962614743	0.209947480669	38.9087375897	-41.937362587	-4.22706497038
50	4.71302422784	-1.16144367787	-0.19127794753	5.49239875619	-0.514462883166	6.15584138698	0.218606184975	0.65586383628	-0.0851853470554	-0.349025528312	-0.372509382836	-0.0779016598825	0.115933352728	-0.0181532763998	0.0981277932962	0.135768795125	0.0163654583707	-0.0154322008281	0.204262111688	0.00914431185277	0.233071471315	25.6038039211	-44.2764013963	-6.25006698775

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'F' and (resid 48 through 66 )	F	A	48 - 66	1 - 20
2	2	chain 'F' and (resid 67 through 85 )	F	A	67 - 85	21 - 39
3	3	chain 'F' and (resid 86 through 108 )	F	A	86 - 108	40 - 62
4	4	chain 'F' and (resid 109 through 119 )	F	A	109 - 119	63 - 73
5	5	chain 'F' and (resid 120 through 176 )	F	A	120 - 176	74 - 126
6	6	chain 'F' and (resid 177 through 188 )	F	A	177 - 188	127 - 138
7	7	chain 'F' and (resid 189 through 203 )	F	A	189 - 203	139 - 155
8	8	chain 'A' and (resid 48 through 75 )	A	B	48 - 75	1 - 29
9	9	chain 'A' and (resid 76 through 85 )	A	B	76 - 85	30 - 39
10	10	chain 'A' and (resid 86 through 108 )	A	B	86 - 108	40 - 62
11	11	chain 'A' and (resid 109 through 129 )	A	B	109 - 129	63 - 83
12	12	chain 'A' and (resid 130 through 143 )	A	B	130 - 143	84 - 97
13	13	chain 'A' and (resid 144 through 176 )	A	B	144 - 176	98 - 126
14	14	chain 'A' and (resid 177 through 189 )	A	B	177 - 189	127 - 139
15	15	chain 'A' and (resid 190 through 203 )	A	B	190 - 203	140 - 151
16	16	chain 'B' and (resid 48 through 75 )	B	C	48 - 75	1 - 29
17	17	chain 'B' and (resid 76 through 85 )	B	C	76 - 85	30 - 39
18	18	chain 'B' and (resid 86 through 108 )	B	C	86 - 108	40 - 62
19	19	chain 'B' and (resid 109 through 119 )	B	C	109 - 119	63 - 73
20	20	chain 'B' and (resid 120 through 129 )	B	C	120 - 129	74 - 83
21	21	chain 'B' and (resid 130 through 143 )	B	C	130 - 143	84 - 97
22	22	chain 'B' and (resid 144 through 176 )	B	C	144 - 176	98 - 126
23	23	chain 'B' and (resid 177 through 188 )	B	C	177 - 188	127 - 138
24	24	chain 'B' and (resid 189 through 203 )	B	C	189 - 203	139 - 151
25	25	chain 'C' and (resid 48 through 108 )	C	D	48 - 108	1 - 62
26	26	chain 'C' and (resid 109 through 119 )	C	D	109 - 119	63 - 73
27	27	chain 'C' and (resid 120 through 176 )	C	D	120 - 176	74 - 126
28	28	chain 'C' and (resid 177 through 188 )	C	D	177 - 188	127 - 138
29	29	chain 'C' and (resid 189 through 203 )	C	D	189 - 203	139 - 153
30	30	chain 'D' and (resid 48 through 108 )	D	E	48 - 108	1 - 62
31	31	chain 'D' and (resid 109 through 119 )	D	E	109 - 119	63 - 73
32	32	chain 'D' and (resid 120 through 176 )	D	E	120 - 176	74 - 126
33	33	chain 'D' and (resid 177 through 188 )	D	E	177 - 188	127 - 138
34	34	chain 'D' and (resid 189 through 203 )	D	E	189 - 203	139 - 151
35	35	chain 'E' and (resid 48 through 75 )	E	F	48 - 75	1 - 29
36	36	chain 'E' and (resid 76 through 85 )	E	F	76 - 85	30 - 39
37	37	chain 'E' and (resid 86 through 108 )	E	F	86 - 108	40 - 62
38	38	chain 'E' and (resid 109 through 119 )	E	F	109 - 119	63 - 73
39	39	chain 'E' and (resid 120 through 143 )	E	F	120 - 143	74 - 97
40	40	chain 'E' and (resid 144 through 166 )	E	F	144 - 166	98 - 117
41	41	chain 'E' and (resid 167 through 176 )	E	F	167 - 176	118 - 126
42	42	chain 'E' and (resid 177 through 188 )	E	F	177 - 188	127 - 138
43	43	chain 'E' and (resid 189 through 203 )	E	F	189 - 203	139 - 151
44	44	chain 'G' and (resid 48 through 119 )	G	G	48 - 119	1 - 73
45	45	chain 'G' and (resid 120 through 166 )	G	G	120 - 166	74 - 117
46	46	chain 'G' and (resid 167 through 203 )	G	G	167 - 203	118 - 154
47	47	chain 'H' and (resid 48 through 107 )	H	H	48 - 107	1 - 61
48	48	chain 'H' and (resid 108 through 119 )	H	H	108 - 119	62 - 73
49	49	chain 'H' and (resid 120 through 166 )	H	H	120 - 166	74 - 117
50	50	chain 'H' and (resid 167 through 203 )	H	H	167 - 203	118 - 151

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)