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- PDB-7b27: RBD domain SARS-CoV2 in complex with neutralizing nanobody NM1230 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b27
タイトルRBD domain SARS-CoV2 in complex with neutralizing nanobody NM1230
要素
  • Surface glycoprotein
  • neutralizing nanobody NM1230
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV2 / receptor binding domain / complex structure / neutralizing nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
: / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus ...: / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.902 Å
データ登録者Ostertag, E. / Zocher, G. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DFG For 2327 ドイツ
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2021
タイトル: NeutrobodyPlex-monitoring SARS-CoV-2 neutralizing immune responses using nanobodies.
著者: Wagner, T.R. / Ostertag, E. / Kaiser, P.D. / Gramlich, M. / Ruetalo, N. / Junker, D. / Haering, J. / Traenkle, B. / Becker, M. / Dulovic, A. / Schweizer, H. / Nueske, S. / Scholz, A. / Zeck, ...著者: Wagner, T.R. / Ostertag, E. / Kaiser, P.D. / Gramlich, M. / Ruetalo, N. / Junker, D. / Haering, J. / Traenkle, B. / Becker, M. / Dulovic, A. / Schweizer, H. / Nueske, S. / Scholz, A. / Zeck, A. / Schenke-Layland, K. / Nelde, A. / Strengert, M. / Walz, J.S. / Zocher, G. / Stehle, T. / Schindler, M. / Schneiderhan-Marra, N. / Rothbauer, U.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Surface glycoprotein
aba: Surface glycoprotein
CCC: neutralizing nanobody NM1230
DDD: neutralizing nanobody NM1230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3196
ポリマ－80,8774
非ポリマー4422
水00
1
AAA: Surface glycoprotein
CCC: neutralizing nanobody NM1230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6603
ポリマ－40,4392
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
2
aba: Surface glycoprotein
DDD: neutralizing nanobody NM1230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6603
ポリマ－40,4392
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.290, 63.290, 411.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Surface glycoprotein


分子量: 24975.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F(TM) / 参照: UniProt: A0A6M6B9J6
#2: 抗体 neutralizing nanobody NM1230


分子量: 15463.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 200 mM MgCl2, 20% (w/v) PEG 3350, pH 5.9

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.5 Å / Num. obs: 18493 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 6.06 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 1340 / CC1/2: 0.662 / Rrim(I) all: 1.86 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232 2018/13/08精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XC4, 6Z1Z

6xc4

6z1z


解像度: 2.902→30.002 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 30.768 / SU ML: 0.514 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.493 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3051 1293 -
Rwork0.2661 17182 -
all0.269 --
obs-18475 93.44 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.256 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.256 Å2-0 Å2
3----8.511 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.902→30.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4831 0 28 0 4859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0134977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.6556764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0471.58110098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0155625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.60221.887265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.80515731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1641533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0310.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1620.2813
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1730.24234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.22341
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0710.22435
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2860.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2360.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1590.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0540.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.69517.2062515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.69117.2062514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.56124.8643135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5624.8653136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23217.3722462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.23117.3722462
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8625.0123629
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.85925.0133630
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.83587.6065175
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.83287.5855173
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.902-2.9770.485920.4271228138295.51370.411
2.977-3.0580.397920.3971221136596.19050.379
3.058-3.1450.382910.41197134395.90470.368
3.145-3.2410.39860.3391146128995.5780.312
3.241-3.3460.315850.3141139128295.47580.288
3.346-3.4620.285820.2991086122395.50290.273
3.462-3.5910.365780.2981039118294.50080.272
3.591-3.7350.397780.2831037117994.57170.256
3.735-3.8980.266720.264950107994.71730.237
3.898-4.0850.307690.248918105493.64330.221
4.085-4.3020.324660.219878101493.09660.201
4.302-4.5570.216640.19785298193.37410.183
4.557-4.8630.207600.18179391793.02070.168
4.863-5.2420.253560.21773986292.22740.199
5.242-5.7240.33500.22767279590.81760.209
5.724-6.3710.308470.24161874289.62260.22
6.371-7.3020.325410.26154364690.40250.24
7.302-8.8140.247360.25748959488.38380.247
8.814-11.9590.232290.23337947486.0760.237
11.959-30.0020.338190.33225833881.95270.358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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