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- PDB-4kri: Haemonchus contortus Phospholethanolamine N-methyltransferase 2 i... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kri | ||||||
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Title | Haemonchus contortus Phospholethanolamine N-methyltransferase 2 in complex with phosphomonomethylethanolamine and S-adenosylhomocysteine | ||||||
![]() | Phospholethanolamine N-methyltransferase 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() phosphoethanolamine N-methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, S.G. / Jez, J.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Evolution of structure and mechanistic divergence in di-domain methyltransferases from nematode phosphocholine biosynthesis. Authors: Lee, S.G. / Jez, J.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 546.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 451.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 49577.199 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Plasmid: pET-28a-HcPMT2 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 0.1 M sodium citrate, 20% PEG-3,000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 10, 2010 |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.72→34.2 Å / Num. all: 150732 / Num. obs: 150007 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.11 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.517 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→34.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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