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- PDB-3ud1: Crystal structure of ZU5A-ZU5B domains of human erythrocyte ankyrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ud1
タイトルCrystal structure of ZU5A-ZU5B domains of human erythrocyte ankyrin
要素Ankyrin-1
キーワードPROTEIN BINDING / Beta sandwich / ZU5 / Adapter protein / Spectrin binding / Cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


spectrin-associated cytoskeleton / positive regulation of organelle organization / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / NrCAM interactions / Neurofascin interactions / ankyrin-1 complex / CHL1 interactions / cytoskeletal anchor activity / M band / Interaction between L1 and Ankyrins ...spectrin-associated cytoskeleton / positive regulation of organelle organization / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / NrCAM interactions / Neurofascin interactions / ankyrin-1 complex / CHL1 interactions / cytoskeletal anchor activity / M band / Interaction between L1 and Ankyrins / spectrin binding / exocytosis / axolemma / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / cytoskeleton organization / sarcoplasmic reticulum / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / structural constituent of cytoskeleton / Z disc / cytoplasmic side of plasma membrane / ATPase binding / protein phosphatase binding / basolateral plasma membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / cytoskeleton / neuron projection / structural molecule activity / enzyme binding / signal transduction / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 - #30 / Ankyrin, UPA domain / UPA domain / : / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Ankyrin repeat ...Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 - #30 / Ankyrin, UPA domain / UPA domain / : / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Ankyrin repeat / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Ankyrin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yasunaga, M. / Ipsaro, J.J. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structurally Similar but Functionally Diverse ZU5 Domains in Human Erythrocyte Ankyrin.
著者: Yasunaga, M. / Ipsaro, J.J. / Mondragon, A.
履歴
登録2011年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ankyrin-1
B: Ankyrin-1
C: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,80915
ポリマ－108,2563
非ポリマー55312
水12,358686
1
A: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3166
ポリマ－36,0851
非ポリマー2305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3166
ポリマ－36,0851
非ポリマー2305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1773
ポリマ－36,0851
非ポリマー922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.123, 40.491, 178.104
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ankyrin-1 / ANK-1 / Ankyrin-R / Erythrocyte ankyrin


分子量: 36085.289 Da / 分子数: 3 / 断片: ZU5A-ZU5B Ankyrin-R, UNP residues 911-1233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANK1, ANK / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16157
#2: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月9日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.68 Å / Num. all: 71819 / Num. obs: 71819 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 23.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 3F59

3f59


解像度: 2→29.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 3623 5.05 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.173 71813 --
all-71813 --
原子変位パラメータBiso mean: 27.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1774 Å20 Å2-0.4731 Å2
2--2.4228 Å20 Å2
3---0.7546 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7527 0 36 686 8249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018055HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0510978HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1218HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8055HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.67
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1062SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9501SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2002 257 5.15 %
Rwork0.1906 4737 -
all0.1911 4994 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0354-0.3002-0.05791.50790.06651.7903-0.00110.04070.0080.0404-0.00830.017-0.05460.20.0094-0.0436-0.02710.0104-0.0107-0.008-0.1034-2.053422.8252-69.6267
20.93930.1063-0.44632.56470.19490.71210.03170.00010.0504-0.21620.04750.162-0.0238-0.0497-0.0792-0.0595-0.0180.0096-0.089-0.0164-0.0038-34.224312.648-62.7252
31.3343-0.3778-0.33651.49110.0512.83550.0557-0.03320.0352-0.06520.0224-0.0577-0.2353-0.0063-0.07810.0219-0.0079-0.0184-0.10420.0021-0.13862.06711.6347-15.3732
41.0561-0.4935-0.17435.39190.42920.51280.04110.0174-0.07930.4373-0.12780.1440.107800.0867-0.0241-0.00280.0005-0.1213-0.0142-0.0824-29.4866-6.5021-9.8874
51.00750.1192-0.11241.603-0.19781.5751-0.02920.0106-0.02040.12070.04370.0043-0.0180.0078-0.0144-0.02140.0072-0.0083-0.04510.0022-0.0913-6.37522.0287-39.2093
60.9987-0.1168-0.05862.16160.12910.7326-0.04190.0371-0.0914-0.0712-0.0751-0.080.1164-0.01050.117-0.0452-0.01340.0255-0.07550.0092-0.006125.119814.3438-43.6664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1A 912 A 1072
2X-RAY DIFFRACTION2A 1073 A 1233
3X-RAY DIFFRACTION3B 912 B 1072
4X-RAY DIFFRACTION4B 1073 B 1233
5X-RAY DIFFRACTION5C 912 C 1072
6X-RAY DIFFRACTION6C 1073 C 1233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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