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- PDB-7b1w: Crystal structure of plastidial ribulose epimerase RPE1 from the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b1w
タイトルCrystal structure of plastidial ribulose epimerase RPE1 from the model alga Chlamydomonas reinhardtii
要素Ribulose-phosphate 3-epimerase
キーワードISOMERASE / Calvin-Benson cycle / photosynthesis / ribulose / ribose / epimerase / chloroplast / carbon fixation
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-phosphate 3-epimerase / D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity / stromule / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / response to nematode / response to cold / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribulose-phosphate 3-epimerase / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 2. / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 1. / Ribulose-phosphate 3-epimerase-like / Ribulose-phosphate 3 epimerase family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose-phosphate 3-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.935 Å
データ登録者Henri, J. / Zaffagnini, M. / Tedesco, D. / Crozet, P. / Lemaire, S.D.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE05-0001 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0009 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-LABX-0011 フランス
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2023
タイトル: Characterization of chloroplast ribulose-5-phosphate-3-epimerase from the microalga Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Meloni, M. / Fanti, S. / Tedesco, D. / Gurrieri, L. / Trost, P. / Fermani, S. / Lemaire, S.D. / Zaffagnini, M. / Henri, J.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: Ribulose-phosphate 3-epimerase
A: Ribulose-phosphate 3-epimerase
B: Ribulose-phosphate 3-epimerase
C: Ribulose-phosphate 3-epimerase
D: Ribulose-phosphate 3-epimerase
E: Ribulose-phosphate 3-epimerase
F: Ribulose-phosphate 3-epimerase
G: Ribulose-phosphate 3-epimerase
H: Ribulose-phosphate 3-epimerase
I: Ribulose-phosphate 3-epimerase
K: Ribulose-phosphate 3-epimerase
L: Ribulose-phosphate 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,51724
ポリマ－321,73212
非ポリマー78512
水31,3281739
1
J: Ribulose-phosphate 3-epimerase
A: Ribulose-phosphate 3-epimerase
B: Ribulose-phosphate 3-epimerase
E: Ribulose-phosphate 3-epimerase
ヘテロ分子

D: Ribulose-phosphate 3-epimerase
G: Ribulose-phosphate 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,25912
ポリマ－160,8666
非ポリマー3926
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area14380 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area46270 Å2
手法PISA
2
H: Ribulose-phosphate 3-epimerase
I: Ribulose-phosphate 3-epimerase
L: Ribulose-phosphate 3-epimerase
ヘテロ分子

C: Ribulose-phosphate 3-epimerase
K: Ribulose-phosphate 3-epimerase
ヘテロ分子

F: Ribulose-phosphate 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,25912
ポリマ－160,8666
非ポリマー3926
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_547-x,y-1/2,-z+21
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
Buried area14380 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area47000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.293, 297.322, 77.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribulose-phosphate 3-epimerase


分子量: 26811.033 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: RPE1, CHLRE_12g511900v5, CHLREDRAFT_135614 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8IKW6, ribulose-phosphate 3-epimerase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Calcium acetate 160 mmol/L Sodium cacodylate pH 6.5 80 mmol/L Glycerol 20 % Polyethylene glycol 8000 14.4 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.935→49.29 Å / Num. obs: 229414 / % possible obs: 98.65 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.79
反射 シェル解像度: 1.935→2.005 Å / Num. unique obs: 21621 / CC1/2: 0.616

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model

解像度: 1.935→49.289 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 2409 1.05 %
Rwork0.1843 226928 -
obs0.1846 229337 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.91 Å2 / Biso mean: 34.7765 Å2 / Biso min: 15.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.935→49.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20867 0 12 1739 22618
Biso mean--64.88 40.18 -
残基数----2760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00821203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87728748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0673440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.77612986
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9354-1.97490.33491270.30541197189
1.9749-2.01780.33871430.265313446100
2.0178-2.06480.31131430.256113490100
2.0648-2.11640.27431430.250813492100
2.1164-2.17360.29311430.239813504100
2.1736-2.23760.28441430.225113487100
2.2376-2.30980.23161440.215213497100
2.3098-2.39240.23781430.2113502100
2.3924-2.48820.18661440.200913525100
2.4882-2.60140.23151410.19821335899
2.6014-2.73850.24951430.19981347299
2.7385-2.91010.27031420.20081333899
2.9101-3.13480.21141350.19341276794
3.1348-3.45010.21961420.17941335399
3.4501-3.94920.18841440.156713576100
3.9492-4.97480.16681440.135813541100
4.9748-49.2890.15961450.154613609100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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