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- PDB-7b0b: Fab HbnC3t1p1_C6 bound to SARS-CoV-2 RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b0b
タイトルFab HbnC3t1p1_C6 bound to SARS-CoV-2 RBD
要素
  • Fab heavy chain
  • IGK@ protein
  • Surface glycoprotein
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Neutralizing monoclonal antibody / receptor-binding motif / receptor-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / IGK@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Borenstein-Katz, A. / Diskin, R.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: Somatic hypermutation introduces bystander mutations that prepare SARS-CoV-2 antibodies for emerging variants.
著者: Korenkov, M. / Zehner, M. / Cohen-Dvashi, H. / Borenstein-Katz, A. / Kottege, L. / Janicki, H. / Vanshylla, K. / Weber, T. / Gruell, H. / Koch, M. / Diskin, R. / Kreer, C. / Klein, F.
履歴
登録2020年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGK@ protein
H: Fab heavy chain
F: Surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4524
ポリマ－74,0283
非ポリマー4241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area29510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.413, 109.109, 168.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 IGK@ protein


分子量: 23432.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGK@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PIL8
#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24643.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Surface glycoprotein


分子量: 25951.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6M5SXU3
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Tris pH8.5, 20% poly ethylene glycol 6000 using 14 mg/ml protein in a 1.3:1 protein to reservoir ratio

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→39.36 Å / Num. obs: 25113 / % possible obs: 77.27 % / 冗長度: 7 % / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.98→3.08 Å / Num. unique obs: 537 / CC1/2: 0.564

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3965精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BZ5, Fb C6

7bz5


解像度: 2.98→39.36 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 1998 7.96 %
Rwork0.209 23097 -
obs0.212 25095 77.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.02 Å2 / Biso mean: 60.1225 Å2 / Biso min: 15.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.98→39.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4830 0 28 0 4858
Biso mean--112.32 --
残基数----628
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.98-3.050.4123260.420930032614
3.05-3.140.3875520.344660866029
3.14-3.230.3682780.317689797544
3.23-3.330.33241020.29711168127056
3.33-3.450.34651220.27331416153867
3.45-3.590.3141470.26941703185081
3.59-3.750.31271690.25351950211992
3.75-3.950.26261800.22762073225398
3.95-4.20.2351820.19752111229399
4.2-4.520.21251830.167821072290100
4.52-4.970.2131860.160321602346100
4.98-5.690.18361860.16821462332100
5.69-7.160.24121880.204221792367100
7.17-39.360.2151970.19742279247699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04740.1507-0.03420.4827-0.10870.0243-0.29440.15270.2158-0.28270.18520.1103-0.1462-0.103-0.00630.24450.00440.00630.5546-0.08910.318-4.007832.1987-14.0526
20.072-0.13580.22340.5279-0.61350.8391-0.10910.2085-0.06310.1191-0.0495-0.19250.16110.2773-0.48250.1399-0.02220.02230.2784-0.12320.23880.192323.4117-10.2439
30.05120.0943-0.02850.2006-0.05480.0343-0.03630.39860.0026-0.09980.1227-0.0039-0.0889-0.02350.07350.20560.0780.02850.4769-0.03550.1902-9.295425.1656-18.3046
40.0015-0.00280.00460.0071-0.01020.01250.0044-0.0418-0.1317-0.08960.11610.16060.1184-0.07040.00010.6736-0.058-0.1280.4433-0.02360.4563-35.85927.5811-34.6994
50.41340.06-0.04570.1067-0.06460.16690.0730.25790.1022-0.14810.0285-0.0294-0.05040.1508-0.00550.295-0.04150.00520.3488-0.10070.2098-27.273619.0654-35.6914
60.05450.00970.01460.05280.03880.16820.00440.0213-0.0464-0.0375-0.07710.23630.1561-0.0507-0.35710.18020.0529-0.01820.0363-0.07610.3539-16.8478.456-0.5622
70.1143-0.0547-0.2430.13360.18220.55380.0459-0.0038-0.03480.0951-0.0788-0.0610.0061-0.09370.00230.1997-0.032-0.0650.12550.04120.3024-22.674412.06143.2776
80.1890.0862-0.05160.0722-0.10160.17870.09070.0446-0.2085-0.00650.181-0.1069-0.1493-0.04840.05350.17850.0272-0.01430.34670.01850.1823-13.751621.58563.5114
90.7683-0.275-0.26160.4936-0.30470.4934-0.0505-0.2348-0.08450.142-0.2097-0.1050.02790.0108-0.37460.05180.0127-0.05710.41980.05810.3828-18.847716.35749.8526
100.12180.0643-0.15050.4117-0.41340.4856-0.0864-0.041-0.0903-0.0518-0.101-0.12050.18650.4451-0.82010.12870.063-0.03870.3522-0.12470.2416-20.002112.8763-10.7877
110.0474-0.04320.00530.2181-0.0790.03110.00440.0862-0.1132-0.0820.0282-0.06060.25280.03610.10790.38820.0346-0.0450.3661-0.24670.3417-23.86882.3053-20.8848
120.0765-0.03980.02190.28420.06530.02730.09440.1283-0.204-0.00070.0831-0.08820.49930.07430.75530.534-0.01780.03250.1564-0.17120.2938-25.19712.7983-28.0719
130.0909-0.0799-0.08270.06680.07120.0765-0.0275-0.03120.07540.47270.16430.2555-0.2940.09040.02960.7648-0.00340.05710.52730.0470.2703-6.819523.742150.5057
140.2860.11240.02920.47640.2050.0913-0.1273-0.091-0.03170.0133-0.03950.04550.01890.1983-0.2170.94950.0831-0.13860.55110.32240.5927-3.573711.617753.2185
150.28450.17140.05120.17940.06950.14760.1914-0.3403-0.54460.26270.0880.16840.43920.06590.03950.46010.1556-0.03650.4160.12840.4134-5.41416.042338.4528
160.45790.0448-0.02090.71150.45720.30.00490.14890.0497-0.13660.1259-0.0559-0.02830.18810.18860.28350.03310.07640.63080.19310.2558-10.771824.300327.6354
170.0431-0.0229-0.08190.675-0.08050.17370.09480.16720.1590.1935-0.0465-0.19660.02390.25550.02880.2028-0.0721-0.13330.53530.06130.33270.093826.449320.9535
180.71380.08350.57480.03130.0820.58370.20610.20470.06610.0670.00850.15340.0709-0.04720.06140.3911-0.12340.04210.75390.24370.3898-13.685517.769437.3497
190.0384-0.0131-0.02330.00460.00770.01620.0427-0.0372-0.08020.05880.11470.0027-0.12650.05910.00081.14780.0236-0.06211.2811-0.10590.94648.681521.720758.0618
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 30 )L1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 31 through 91 )L31 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 92 through 116 )L92 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 117 through 129 )L117 - 129
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 130 through 215 )L130 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 2 through 12 )H2 - 12
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 13 through 25 )H13 - 25
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 26 through 64 )H26 - 64
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 65 through 83 )H65 - 83
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 84 through 155 )H84 - 155
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 156 through 167 )H156 - 167
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 168 through 224 )H168 - 224
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 333 through 371 )F333 - 371
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 372 through 393 )F372 - 393
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 394 through 442 )F394 - 442
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 443 through 459 )F443 - 459
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 460 through 494 )F460 - 494
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 495 through 516 )F495 - 516
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 517 through 526 )F517 - 526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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