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- PDB-7azn: Structure of mouse AsterC (GramD1c) with a new cholesterol-derive... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7azn
タイトルStructure of mouse AsterC (GramD1c) with a new cholesterol-derived compound
要素Protein Aster-C
キーワードLIPID TRANSPORT / Non vesicular cholesterol transport / lipid-binding / endoplasmic reticulum / membrane contact sites
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / cellular response to cholesterol / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
VASt domain / VAD1 Analog of StAR-related lipid transfer domain / VASt domain profile. / domain in glucosyltransferases, myotubularins and other putative membrane-associated proteins / GRAM domain / GRAM domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / 20alpha-hydroxy-20-(5-methylhexyl)cholesterol / Protein Aster-C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Romartinez-Alonso, B. / Sirvydis, K. / Kim, Y. / Xiao, X. / Jung, M. / Tontonoz, P. / Schwabe, J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Leducq FoundationTransatlantic Networks of Excellence for Cardiovascular and Neurovascular Research フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Selective Aster inhibitors distinguish vesicular and nonvesicular sterol transport mechanisms.
著者: Xiao, X. / Kim, Y. / Romartinez-Alonso, B. / Sirvydis, K. / Ory, D.S. / Schwabe, J.W.R. / Jung, M.E. / Tontonoz, P.
履歴
登録2020年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Aster-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6199
ポリマ－20,8341
非ポリマー7858
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, NBD-Cholesterol Binding experiments and competition assays were performed to obtain the dissociation constant for this compound.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area9500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.995, 49.397, 61.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein Aster-C / GRAM domain-containing protein 1C


分子量: 20833.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gramd1c / プラスミド: pGEX / 詳細 (発現宿主): Bacteria expression plasmid / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CI52
#2: 化合物 ChemComp-YK8 / 20alpha-hydroxy-20-(5-methylhexyl)cholesterol


分子量: 416.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H48O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: A single 100-micrometres rectangular prism.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M SPG buffer pH 4 25 % PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator 28.900 m
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→26.77 Å / Num. obs: 11465 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.69 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.09→2.15 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 808 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.239 / Rrim(I) all: 0.347 / Χ2: 0.65 / % possible all: 84.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6gqf

6gqf


解像度: 2.09→26.77 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 580 5.07 %
Rwork0.2172 10868 -
obs0.2193 11448 97.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.05 Å2 / Biso mean: 41.7578 Å2 / Biso min: 16.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→26.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1458 0 54 50 1562
Biso mean--37.19 44.78 -
残基数----177
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.09-2.30.34311430.29432582272594
2.3-2.630.3291500.247327542904100
2.63-3.310.25381490.236927632912100
3.31-26.770.2241380.1872769290797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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