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万見
- PDB-7azc: DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with peptide 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7azc
タイトルDNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with peptide 22 bound
要素
  • Beta sliding clamp
  • Peptide 22
キーワードDNA BINDING PROTEIN / antibacterial drug
機能・相同性DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / Roll / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. ...Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. / Wagner, J. / Guichard, G. / Burnouf, D.Y.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Iterative Structure-Based Optimization of Short Peptides Targeting the Bacterial Sliding Clamp.
著者: Monsarrat, C. / Compain, G. / Andre, C. / Engilberge, S. / Martiel, I. / Olieric, V. / Wolff, P. / Brillet, K. / Landolfo, M. / Silva da Veiga, C. / Wagner, J. / Guichard, G. / Burnouf, D.Y.
履歴
登録2020年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02023年6月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
C: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
H: Peptide 22
I: Peptide 22
J: Peptide 22
K: Peptide 22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,62310
ポリマ－174,4398
非ポリマー1842
水27,2211511
1
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
H: Peptide 22
I: Peptide 22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3125
ポリマ－87,2204
非ポリマー921
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area33370 Å2
手法PISA
2
C: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
J: Peptide 22
K: Peptide 22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3125
ポリマ－87,2204
非ポリマー921
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.809, 76.785, 79.806
Angle α, β, γ (deg.)70.900, 68.220, 89.140
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Beta sliding clamp


分子量: 42801.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 2-427-07_S4_C3 (大腸菌)
遺伝子: dnaN, AD31_4438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073FMV0
#2: タンパク質・ペプチド
Peptide 22


分子量: 807.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2% v/v Tacsimate pH 4.0, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, PEG 3350 16% (w/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→72.02 Å / Num. obs: 107545 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 24.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.78→1.93 Å / Num. unique obs: 5173 / CC1/2: 0.48 / Rpim(I) all: 0.55

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FVL

6fvl


解像度: 1.77→25.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.152
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 5198 4.83 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 107545 71.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 141.79 Å2 / Biso mean: 29.53 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6997 Å20.0814 Å2-0.5534 Å2
2---0.3581 Å2-1.6833 Å2
3----1.3416 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→25.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11521 0 92 1533 13146
Biso mean--26.96 38.46 -
残基数----1479
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4302SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2073HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11981HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1541SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14961SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11981HARMONIC40.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16233HARMONIC40.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.56
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 102 4.74 %
Rwork0.2111 2049 -
all0.2123 2151 -
obs--11.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05930.0750.11610.7841-0.02570.3478-0.02040.012-0.0244-0.13290.0347-0.0050.00870.019-0.0143-0.0520.0110.02410.0092-0.0392-0.0342-0.5872-0.56420.2814
20.17310.34590.06240.64860.02240.13830.0917-0.0102-0.04620.1703-0.075-0.09550.04750.0264-0.01680.03240.0111-0.0302-0.0207-0.0261-0.05217.9228-11.241736.7354
30.23310.07940.10180.16990.05980.461-0.01310.02610.0195-0.00880.00480.056-0.0742-0.06630.0083-0.01360.01760.0097-0.0236-0.0279-0.0027-26.774318.701419.9152
40.14470.2305-0.05270.0112-0.04580.1610.05970.0036-0.00670.0316-0.002-0.00140.0811-0.0966-0.05770.05770.0244-0.0237-0.0298-0.0223-0.0364-36.3765-17.703730.0077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A-1 - 366
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B-1 - 366
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C-1 - 366
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D-1 - 366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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