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- PDB-7az4: Perdeuterated E65Q-TIM complexed with 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7az4
タイトルPerdeuterated E65Q-TIM complexed with 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / GLYCOLYSIS / TIM / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / TRANSITION STATE / PERDEUTERATION
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Kelpsas, V. / Caldararu, O. / von Wachenfeldt, C. / Oksanen, E.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Other private スウェーデン
Other private スウェーデン
Other government スウェーデン
Other government スウェーデン
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Neutron structures of Leishmania mexicana triosephosphate isomerase in complex with reaction-intermediate mimics shed light on the proton-shuttling steps.
著者: Kelpsas, V. / Caldararu, O. / Blakeley, M.P. / Coquelle, N. / Wierenga, R.K. / Ryde, U. / von Wachenfeldt, C. / Oksanen, E.
履歴
登録2020年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年5月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3642
ポリマ－27,2081
非ポリマー1561
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)98.341, 52.365, 58.463
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 27208.236 Da / 分子数: 1 / 変異: E65Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DA1 / 参照: UniProt: P48499, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: 0.1 M sodium acetate, 1 mM Na EDTA, 1 mM DTT,18% PEG6000

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12931N
22931N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM30A10.98
NUCLEAR REACTORILL LADI III22.7-3.5
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2018年4月23日
CUSTOM-MADE2IMAGE PLATE2018年3月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
22.71
33.51
反射

Entry-ID: 7AZ4

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.15-45.6749558499.44.90.9990.049123.49
1.7-402556588.66.60.9970.097213.3
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-IDRrim(I) all
1.15-1.182.4770080.7671
1.7-1.795.433000.92420.367

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
CNS精密化
XDSデータ削減
LAUEGENデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化

% reflection Rfree: 2.09 % / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 17.16 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 2vxn

2vxn

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.15-25.3325X-RAY DIFFRACTION90.2727.706615.210.15280.14020.14051998935769557499.4811.35
1.7-30.3961NEUTRON DIFFRACTION0.2230.18210.18295332554488.0120
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→25.3325 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1858 0 11 434 2303
Biso mean--19.87 39.78 -
残基数----248
LS精密化 シェル

Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.87110.3461180.28255601NEUTRON DIFFRACTION79
1.8711-2.14180.27181260.20295982NEUTRON DIFFRACTION85
2.1418-2.69810.20791400.1816437NEUTRON DIFFRACTION91
2.6981-30.39610.20341490.16586991NEUTRON DIFFRACTION97
1.15-1.16590.25241390.24966507X-RAY DIFFRACTION97
1.1659-1.19740.23171410.22276615X-RAY DIFFRACTION99
1.1974-1.23260.2411420.21726657X-RAY DIFFRACTION100
1.2326-1.27240.231430.20836689X-RAY DIFFRACTION100
1.2724-1.31790.23211420.19876646X-RAY DIFFRACTION100
1.3179-1.37070.21241420.18726665X-RAY DIFFRACTION100
1.3707-1.43310.18651430.17066705X-RAY DIFFRACTION100
1.4331-1.50860.1641430.15846702X-RAY DIFFRACTION100
1.5086-1.60310.18541440.1546710X-RAY DIFFRACTION100
1.6031-1.72680.14121420.14586693X-RAY DIFFRACTION100
1.7268-1.90060.16811440.13246713X-RAY DIFFRACTION100
1.9006-2.17550.13881430.12076739X-RAY DIFFRACTION100
2.1755-2.74030.12781440.12346737X-RAY DIFFRACTION100
2.7403-25.33250.12531460.11896798X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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