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- PDB-7abx: Perdeuterated E65Q-TIM complexed with 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7abx
タイトルPerdeuterated E65Q-TIM complexed with 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / GLYCOLYSIS / TIM / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / TRANSTITION STATE / PERDEUTERATION
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Kelpsas, V. / Caldararu, O. / von Wachenfeldt, C. / Oksanen, E.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Other private スウェーデン
Other private スウェーデン
Other government スウェーデン
Other government スウェーデン
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Neutron structures of Leishmania mexicana triosephosphate isomerase in complex with reaction-intermediate mimics shed light on the proton-shuttling steps.
著者: Kelpsas, V. / Caldararu, O. / Blakeley, M.P. / Coquelle, N. / Wierenga, R.K. / Ryde, U. / von Wachenfeldt, C. / Oksanen, E.
履歴
登録2020年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月1日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3642
ポリマ－27,2081
非ポリマー1561
水7,855436
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10720 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)98.830, 52.920, 58.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

HOH

21A-680-

HOH

31A-807-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 27208.236 Da / 分子数: 1 / 変異: E65Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DA1 / 参照: UniProt: P48499, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H5O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1 M sodium acetate, 1 mM Na EDTA, 1 mM DTT,18% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.751419 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.751419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→45.622 Å / Num. obs: 83049 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.1147 / Net I/σ(I): 6.41
反射 シェル解像度: 1.2→1.27 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.8607 / Num. unique obs: 13145 / CC1/2: 0.601 / Rrim(I) all: 0.93 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSVERSION Nov 1データ削減
PHENIX1.11.1_2575精密化
Coot0.8.9.2 ELモデル構築
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 2vxn

2vxn


解像度: 1.2→30.4645 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1805 2000 2.41 %
Rwork0.1489 80983 -
obs0.1496 82983 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.64 Å2 / Biso mean: 22.887 Å2 / Biso min: 13.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→30.4645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 9 448 2345
Biso mean--18.56 36.14 -
残基数----249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7682764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.615729
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.1981-1.2280.33491360.3091549595
1.228-1.26130.31661430.28135789100
1.2613-1.29840.29451420.26755753100
1.2984-1.34030.27291430.25565787100
1.3403-1.38820.26231420.2181577499
1.3882-1.44380.23331440.19085788100
1.4438-1.50950.18491430.1574579099
1.5095-1.5890.17191420.14615778100
1.589-1.68860.20531430.1395778100
1.6886-1.8190.19211440.14155822100
1.819-2.0020.17771430.14325828100
2.002-2.29160.17451450.13725833100
2.2916-2.88680.16791440.14235831100
2.8868-30.4550.151460.1284593799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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