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- PDB-7ax7: Crystal structure of the Xyl-CE4 domain of a multidomain xylanase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ax7
タイトルCrystal structure of the Xyl-CE4 domain of a multidomain xylanase from the hindgut metagenome of Trinervitermes trinervoides
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Xyl-CE4 uses Co2+ to cleave acetyl groups from acetylated xylan molecules. As part of a multidomain assembly / CE4 functions independently of other domain components.
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 ...NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Glycoside hydrolase family 11/12 / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05000181627 Å
データ登録者Anye, V. / Schubert, W.D.
資金援助 南アフリカ, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation in South Africa 南アフリカ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2022
タイトル: Structural and biophysical characterization of the multidomain xylanase Xyl.
著者: Anye, V. / Kruger, R.F. / Schubert, W.D.
履歴
登録2020年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9303
ポリマ－23,8121
非ポリマー1182
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area380 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.130, 59.700, 86.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 23812.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140HJ20, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 292.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mg/mL in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 10 mM NaCl, 8 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→23.07 Å / Num. obs: 13512 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 13.713555817 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/av σ(I): 18 / Net I/σ(I): 2.74
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Num. unique obs: 722 / CC1/2: 0.991 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30001.12_2829データ収集
d*TREK1.12_2829データ削減
d*TREK1.12_2829データスケーリング
d*TREK1.12_2829data processing
d*TREK1.12_2829データスケーリング
PHASER位相決定
PHASER精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C71

2c71


解像度: 2.05000181627→19.5413775456 Å / SU ML: 0.250769489372 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4376150803 / 位相誤差: 25.4581162604
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24277939068 683 5.05476613381 %
Rwork0.172865563929 12829 -
obs0.176291932968 13512 99.8817267889 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.1404325504 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05000181627→19.5413775456 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1610 0 5 247 1862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006351436313051641
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7076938156282224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0485426672537250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00427123583596295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4408772302984
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.20810.3717881824481270.2592179272582534X-RAY DIFFRACTION99.924896733
2.2081-2.42990.3192814490671450.2047314395782492X-RAY DIFFRACTION100
2.4299-2.78070.2540946879551480.1862539423632526X-RAY DIFFRACTION100
2.7807-3.50010.2019999196311310.1519053432762590X-RAY DIFFRACTION100
3.5-100.1883740364781320.1391685422172687X-RAY DIFFRACTION99.5058242146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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