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- PDB-7ax4: Human TYK2 pseudokinase domain (575-869) in complex with 5-(4-Flu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ax4
タイトルHuman TYK2 pseudokinase domain (575-869) in complex with 5-(4-Fluoro-phenyl)-2-ureido-thiophene-3-carboxylic acid amide.
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードSIGNALING PROTEIN / TYK2 PSEUDOKINASE TPCA-1
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Protein tyrosine and serine/threonine kinase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NM7 / Hydrogenase-2 large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Rowland, P.
引用ジャーナル: SLAS Discov / 年: 2021
タイトル: Reducing False Positives through the Application of Fluorescence Lifetime Technology: A Comparative Study Using TYK2 Kinase as a Model System.
著者: Greenhough, L.A. / Clarke, G. / Phillipou, A.N. / Mazani, F. / Karamshi, B. / Rowe, S. / Rowland, P. / Messenger, C. / Haslam, C.P. / Bingham, R.P. / Craggs, P.D.
履歴
登録2020年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年5月5日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.62021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.72021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.82024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
B: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6166
ポリマ－65,9772
非ポリマー6394
水7,350408
1
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3083
ポリマ－32,9881
非ポリマー3192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3083
ポリマ－32,9881
非ポリマー3192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.600, 48.460, 121.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 32988.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-NM7 / 2-(carbamoylamino)-5-(4-fluorophenyl)thiophene-3-carboxamide / TPCA-1


分子量: 279.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10FN3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25.5% w/v PEG 4000, 0.21 M calcium chloride, 0.10 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97296 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97296 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→51 Å / Num. obs: 31273 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.12→2.13 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 303 / CC1/2: 0.754 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.12→27.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8761 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8481 / SU R Cruickshank DPI: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.256 / SU Rfree Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 1582 5.06 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.186 31247 92.75 %-
原子変位パラメータBiso max: 133.27 Å2 / Biso mean: 32.19 Å2 / Biso min: 9.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.4961 Å20 Å2-0.4728 Å2
2--5.513 Å20 Å2
3----19.0091 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.253 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→27.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4138 0 40 408 4586
Biso mean--22.27 40.51 -
残基数----522
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1480SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes656HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4272HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion534SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5105SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4272HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5796HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.9
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.19 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 119 4.14 %
Rwork0.2169 2752 -
all0.2193 2871 -
obs--93.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20980.2114-0.05330.9630.10750.74270.0163-0.12720.11470.0748-0.04540.058-0.0035-0.02490.0292-0.01610.00330.0014-0.0004-0.0185-0.15924.142-11.049812.831
21.3123-0.0510.24560.71330.18280.79370.01750.1385-0.0593-0.0708-0.0348-0.010.0170.03510.0173-0.00880.00230.02760.0055-0.0092-0.161846.31727.720247.7743
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A579 - 868
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B579 - 868

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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