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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aup | ||||||
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タイトル | Yeast Diphosphoinositol Polyphosphate Phosphohydrolase DDP1 in complex with PCP-InsP7 | ||||||
要素 | Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase DDP1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Inositol / PP-InsP / Pyrophosphatase / Polyphosphate / Diadenosine polyphosphate / DDP1 / Nudix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diadenosine hexaphosphate hydrolase (AMP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / polyphosphate catabolic process / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / endopolyphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process ...diadenosine hexaphosphate hydrolase (AMP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / polyphosphate catabolic process / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / endopolyphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Marquez-Monino, M.A. / Gonzalez, B. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Multiple substrate recognition by yeast diadenosine and diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase through phosphate clamping. 著者: Marquez-Monino, M.A. / Ortega-Garcia, R. / Shipton, M.L. / Franco-Echevarria, E. / Riley, A.M. / Sanz-Aparicio, J. / Potter, B.V.L. / Gonzalez, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aup.cif.gz | 53.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aup.ent.gz | 36.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7aup.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/7aup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/7aup | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7auiC 7aujC 7aukC 7aulC 7aumC 7aunSC 7auoC 7auqC 7aurC 7ausC 7autC 7auuC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21812.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GGS is a rest of purification linker, protein starts in MGK. 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DDP1, YOR163W, O3575 / プラスミド: pKLSLt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta2(DE3) 参照: UniProt: Q99321, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase, diadenosine hexaphosphate hydrolase (AMP-forming) | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-VEB / [ | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 % / 解説: Bypiramid |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 0.1 M NaCl. Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 10 mM PCP-InsP7. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月27日 / 詳細: KB focusing mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→46.72 Å / Num. obs: 18625 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 32.47 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 33.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 1141 / CC1/2: 0.915 / Rpim(I) all: 0.16 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 7AUN 解像度: 1.85→46.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.883 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 146.54 Å2 / Biso mean: 46.945 Å2 / Biso min: 24.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→46.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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