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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7au5 | |||||||||
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タイトル | Tubulin-noscapine-analogue-14e complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Gallus gallus (ニワトリ) Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Yong, C. / Devine, S.M. / Abel, A.-C. / Muthiah, D. / Gao, X. / Callaghan, R. / Capuano, B. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Scammels, P.J. | |||||||||
資金援助 | スイス, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021 タイトル: 1,3-Benzodioxole-Modified Noscapine Analogues: Synthesis, Antiproliferative Activity, and Tubulin-Bound Structure. 著者: Yong, C. / Devine, S.M. / Abel, A.C. / Tomlins, S.D. / Muthiah, D. / Gao, X. / Callaghan, R. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Capuano, B. / Scammells, P.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7au5.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7au5.ent.gz | 767.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7au5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7au5_validation.pdf.gz | 698.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7au5_full_validation.pdf.gz | 733.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7au5_validation.xml.gz | 47.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7au5_validation.cif.gz | 73.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/7au5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/7au5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5lxtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P81947 #2: タンパク質 | 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: Q6B856 #3: タンパク質 | | 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043 #4: タンパク質 | | 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43 |
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-非ポリマー , 10種, 694分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-CA / #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MES / | #10: 化合物 | ChemComp-GOL / | #11: 化合物 | ChemComp-RYK / ( | #12: 化合物 | ChemComp-IMD / | #13: 化合物 | ChemComp-ACP / | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 4 % PEG 4K, 7 % glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 5 mM L-tyrosine and 100 mM MES/Imidazole pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→47.88 Å / Num. obs: 149600 / % possible obs: 98.64 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 51.82 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0789 / Rrim(I) all: 0.08206 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 2.003 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 14004 / CC1/2: 0.417 / Rrim(I) all: 2.103 / % possible all: 93.26 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5LXT 解像度: 2.2→47.88 Å / SU ML: 0.2599 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8879 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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