PDB-7au5: Tubulin-noscapine-analogue-14e complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7au5

タイトル

Tubulin-noscapine-analogue-14e complex

要素

Stathmin-4スタスミン
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine LigaseTubulin—tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / TUBULIN FOLD /

CYTOSKELETON (細胞骨格) /

MICROTUBULE (微小管)

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process /

tubulin binding /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Yong, C. / Devine, S.M. / Abel, A.-C. / Muthiah, D. / Gao, X. / Callaghan, R. / Capuano, B. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Scammels, P.J.

資金援助

スイス, European Union, 2件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021
タイトル: 1,3-Benzodioxole-Modified Noscapine Analogues: Synthesis, Antiproliferative Activity, and Tubulin-Bound Structure.
著者: Yong, C. / Devine, S.M. / Abel, A.C. / Tomlins, S.D. / Muthiah, D. / Gao, X. / Callaghan, R. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Capuano, B. / Scammells, P.J.

履歴

登録	2020年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年9月29日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7au5.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7au5.ent.gz	767.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7au5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/7au5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/7au5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jh7-d 4o4i-d 5s5u-d 5cb4-d 5s4t-d 5nfz-d 6knz-d 6bry-d 5s67-d 5s53-d 4zhq-d 7dad-d 6eg5-d 5s55-d 7e4r-d 5ezy-d 5lxt-d 5s4z-d 5s4l-d 7dae-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
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人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.642, 157.838, 180.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN脳 / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN脳 / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase / Tubulin—tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 10種, 694分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#11: 化合物	ChemComp-RYK / (5~{R})-5-[(1~{S})-4,5-dimethoxy-1,3-dihydro-2-benzofuran-1-yl]-~{N}-ethyl-4-methoxy-7,8-dihydro-5~{H}-[1,3]dioxolo[4,5-g]isoquinoline-6-carboxamide 分子量: 456.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₈N₂O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#13: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#14: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 4 % PEG 4K, 7 % glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 5 mM L-tyrosine and 100 mM MES/Imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→47.88 Å / Num. obs: 149600 / % possible obs: 98.64 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 51.82 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.0789 / R_rim(I) all: 0.08206 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 2.003 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 14004 / CC_1/2: 0.417 / R_rim(I) all: 2.103 / % possible all: 93.26

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	Jan 31, 2020	data processing
PHENIX		位相決定
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5LXT

5lxt

解像度: 2.2→47.88 Å / SU ML: 0.2599 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8879
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	7480	5 %
R_work	0.1776	142120	-
obs	0.1793	149600	98.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17404	0	217	675	18296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	18328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5116	24902
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0406	2699
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	3247
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1363	6828

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.22	0.3366	229	0.3203	4353	X-RAY DIFFRACTION	91.24
2.22-2.25	0.3314	233	0.2967	4418	X-RAY DIFFRACTION	93.85
2.25-2.28	0.307	236	0.2863	4483	X-RAY DIFFRACTION	93.54
2.28-2.31	0.3119	237	0.2768	4508	X-RAY DIFFRACTION	95.57
2.31-2.34	0.2895	242	0.2629	4592	X-RAY DIFFRACTION	96.18
2.34-2.37	0.3013	244	0.2456	4650	X-RAY DIFFRACTION	97.63
2.37-2.4	0.2557	248	0.229	4716	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.4-2.44	0.2851	248	0.2164	4711	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.44-2.48	0.2505	250	0.2034	4741	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.48-2.52	0.2487	248	0.2083	4718	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.52-2.56	0.2543	250	0.198	4743	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.56-2.61	0.2344	251	0.1915	4763	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.61-2.66	0.2475	248	0.2006	4711	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.66-2.71	0.2435	249	0.2032	4745	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.71-2.77	0.2501	251	0.2059	4768	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.77-2.84	0.2438	250	0.2042	4747	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.84-2.91	0.2558	252	0.2025	4782	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.91-2.98	0.245	249	0.2061	4743	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.98-3.07	0.2326	252	0.1914	4787	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.07-3.17	0.2341	251	0.1895	4767	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.17-3.29	0.2328	253	0.1936	4798	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.29-3.42	0.2234	252	0.1915	4792	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.42-3.57	0.2114	253	0.1802	4804	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.57-3.76	0.1836	253	0.1648	4805	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.76-4	0.1853	254	0.1509	4841	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4-4.3	0.181	255	0.1438	4844	X-RAY DIFFRACTION	99.88
4.3-4.74	0.1615	256	0.132	4861	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.74-5.42	0.1857	257	0.1468	4882	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.42-6.83	0.2039	259	0.1797	4925	X-RAY DIFFRACTION	99.98
6.83-47.88	0.2004	270	0.17	5122	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.13991164802	0.050233174133	0.027967610399	4.23859472273	1.29677229997	2.68065558571	-0.0400660593833	0.146920646018	0.120573281673	-0.420251743758	0.375504236212	-0.394936291263	-0.672568535131	0.504242698325	6.05993982602E-5	0.636951325174	-0.134199042418	0.129405122829	0.644625163159	-0.189361081696	0.549839350166	31.6326895063	86.430679906	52.4423971189
2	1.64630566627	-0.0381335954588	0.0561410445394	3.49895794231	0.895404389561	4.20813486001	0.171348626366	-0.0322902434386	-0.00126416415348	0.244533138313	-0.10289890239	0.236216588194	-0.172759303639	-0.0884312969677	-0.000101268560955	0.542582092045	0.0170242498682	0.083792507395	0.462162167795	-0.123048646605	0.527949108261	17.7435359023	84.377400638	67.0414287026
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25	1.29519487873	0.476991898666	-1.53792666973	1.00576160954	0.367918238479	2.59587339788	-0.516480078663	-0.31751730465	-0.939254841979	0.246486061381	-0.00479409233622	-0.304870859059	1.46849391576	0.619068561043	-0.0229880682875	1.46905051236	0.188689152712	0.216529961476	0.786056038038	0.276475610087	1.1645647318	0.494397553593	47.7829724154	100.960815568
26	1.11049274376	0.131063615586	-0.926488356755	0.363008665478	0.23949960369	1.07279161424	-0.191057368278	-0.263485504496	-0.322973365483	0.0613069320332	0.276674387717	-0.117182661705	0.498116668984	0.299789765825	-0.000111763046312	0.992065700005	0.076586984091	0.101901831733	0.655099882807	0.0625561101516	0.706498854286	0.278318472207	61.9805052395	92.9890089279
27	0.44862730662	-0.0767976900046	-0.0961773058417	0.11323512994	-0.0344106531442	0.276469336229	-0.105346215489	0.62573015139	-0.226950347411	0.228983572434	0.0996840033662	0.72502988571	1.14012303559	-1.34717447382	-0.00407830787515	0.970473026029	-0.248118591008	0.0523992558411	0.922313684469	-0.0449963171325	0.990650678729	-7.8820348258	56.5287307373	79.8031773951

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 197 )	A	A	1 - 197	1 - 203
2	2	chain 'A' and (resid 198 through 311 )	A	A	198 - 311	204 - 323
3	3	chain 'A' and (resid 312 through 438 )	A	A	312 - 438	324 - 457
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 60 )	B	F	1 - 60	1 - 64
5	5	chain 'B' and (resid 61 through 88 )	B	F	61 - 88	65 - 92
6	6	chain 'B' and (resid 89 through 180 )	B	F	89 - 180	93 - 187
7	7	chain 'B' and (resid 181 through 215 )	B	F	181 - 215	188 - 223
8	8	chain 'B' and (resid 216 through 273 )	B	F	216 - 273	224 - 279
9	9	chain 'B' and (resid 274 through 295 )	B	F	274 - 295	280 - 299
10	10	chain 'B' and (resid 296 through 373 )	B	F	296 - 373	300 - 371
11	11	chain 'B' and (resid 374 through 401 )	B	F	374 - 401	372 - 399
12	12	chain 'B' and (resid 402 through 438 )	B	F	402 - 438	400 - 436
13	13	chain 'C' and (resid 1 through 199 )	C	N	1 - 199	1 - 205
14	14	chain 'C' and (resid 200 through 440 )	C	N	200 - 440	206 - 450
15	15	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	S	1 - 88	1 - 86
16	16	chain 'D' and (resid 89 through 238 )	D	S	89 - 238	87 - 237
17	17	chain 'D' and (resid 239 through 268 )	D	S	239 - 268	238 - 269
18	18	chain 'D' and (resid 269 through 400 )	D	S	269 - 400	270 - 389
19	19	chain 'D' and (resid 401 through 441 )	D	S	401 - 441	390 - 430
20	20	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	V	6 - 46	1 - 28
21	21	chain 'E' and (resid 47 through 142 )	E	V	47 - 142	29 - 127
22	22	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	W	1 - 66	1 - 66
23	23	chain 'F' and (resid 67 through 139 )	F	W	67 - 139	67 - 118
24	24	chain 'F' and (resid 140 through 176 )	F	W	140 - 176	119 - 152
25	25	chain 'F' and (resid 177 through 275 )	F	W	177 - 275	153 - 252
26	26	chain 'F' and (resid 276 through 339 )	F	W	276 - 339	253 - 318
27	27	chain 'F' and (resid 340 through 380 )	F	W	340 - 380	319 - 351

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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