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- PDB-7at6: Structure of thaumatin collected by femtosecond serial crystallog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7at6
タイトルStructure of thaumatin collected by femtosecond serial crystallography on a COC membrane
要素Thaumatin I
キーワードPLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
R-1,2-PROPANEDIOL / L(+)-TARTARIC ACID / Thaumatin I
類似検索 - 構成要素
生物種Thaumatococcus daniellii (植物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Martiel, I. / Marsh, M. / Vera, L. / Huang, C.Y. / Olieric, V. / Leonarski, P. / Nass, K. / Padeste, C. / Karpik, A. / Wang, M. / Pedrini, B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Commissioning results from the SwissMX instrument for fixed target macromolecular crystallography at SwissFEL
著者: Martiel, I. / Pradervand, C. / Panepucci, E. / Zamofing, T. / Nass, K. / Marsh, M. / Vera, L. / Hunag, C.Y. / Olieric, V. / Buntschu, D. / Kaelin, R. / Leonarski, P. / Ozerov, D. / Padeste, C. ...著者: Martiel, I. / Pradervand, C. / Panepucci, E. / Zamofing, T. / Nass, K. / Marsh, M. / Vera, L. / Hunag, C.Y. / Olieric, V. / Buntschu, D. / Kaelin, R. / Leonarski, P. / Ozerov, D. / Padeste, C. / Karpik, A. / Thominet, V. / Hora, J. / Olieric, N. / Weinert, T. / Wranik, M. / Brunle, S. / Standfuss, J. / Aurelius, O. / John, J. / Hogbom, M. / Zhang, L. / Einsle, O. / Papp, G. / Basu, S. / Cipriani, F. / Beaud, P. / Mankowsky, R. / Glettig, W. / Mozzanica, A. / Redford, S. / Schmidt, B. / Bunk, O. / Abela, R. / Wang, M. / Lemke, H. / Pedrini, B.
履歴
登録2020年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thaumatin I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,94812
ポリマ－22,2281
非ポリマー72011
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area9410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.600, 58.600, 151.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Thaumatin I / Thaumatin-1


分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thaumatococcus daniellii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物
ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode
詳細: 1.6 M potassium sodium tartrate tetrahydrate 100mM Na Hepes pH 7.0 buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESB / 波長: 1.368 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.368 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→36.353 Å / Num. obs: 46820 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 530 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.46→1.49 Å / Num. unique obs: 4574 / CC1/2: 0.306
Serial crystallography measurementPulse photon energy: 9.06 keV
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: SwissMX CM / Sample dehydration prevention: cryogenic conditions / Sample holding: COC membrane / Support base: SwissMX goniometer
Serial crystallography data reductionFrames indexed: 31000 / XFEL pulse events: 174400

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AXR

4axr


解像度: 1.46→36.353 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1766 2000 4.27 %
Rwork0.1585 44813 -
obs0.1593 46813 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.12 Å2 / Biso mean: 37.0631 Å2 / Biso min: 26.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→36.353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1525 0 45 222 1792
Biso mean--57.46 47.84 -
残基数----206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.46-1.49650.3551390.33433129
1.4965-1.5370.30431410.30223147
1.537-1.58220.2791400.31163140
1.5822-1.63330.28351400.24763142
1.6333-1.69170.19331420.17473157
1.6917-1.75940.20251400.18693148
1.7594-1.83950.1771420.16873184
1.8395-1.93640.17751410.14913158
1.9364-2.05770.14511410.14123175
2.0577-2.21660.18941430.14733197
2.2166-2.43960.1821450.15673242
2.4396-2.79250.16381440.16363228
2.7925-3.51780.1921470.15743288
3.5178-36.3530.15721550.14833478
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.35 Å / Origin y: 24.089 Å / Origin z: 32.606 Å
111213212223313233
T0.302 Å20.0067 Å2-0.0136 Å2-0.3184 Å20.0023 Å2--0.3252 Å2
L0.4432 °2-0.1116 °2-0.2337 °2-0.7013 °20.4233 °2--1.3582 °2
S0.0026 Å °0.0092 Å °-0.0214 Å °0.0299 Å °0.0127 Å °-0.009 Å °0.0259 Å °0.0695 Å °-0.0111 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:206 OR RESID 303:306 OR RESID 301:302 OR RESID 401:622 OR RESID 307:311 ) )A1 - 206
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:206 OR RESID 303:306 OR RESID 301:302 OR RESID 401:622 OR RESID 307:311 ) )A303 - 306
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:206 OR RESID 303:306 OR RESID 301:302 OR RESID 401:622 OR RESID 307:311 ) )A301 - 302
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:206 OR RESID 303:306 OR RESID 301:302 OR RESID 401:622 OR RESID 307:311 ) )A401 - 622
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:206 OR RESID 303:306 OR RESID 301:302 OR RESID 401:622 OR RESID 307:311 ) )A307 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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