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- PDB-7bet: Structure of Ribonucleotide reductase R2 from Escherichia coli co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bet
タイトルStructure of Ribonucleotide reductase R2 from Escherichia coli collected by femtosecond serial crystallography on a COC membrane
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
キーワードOXIDOREDUCTASE / metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / iron ion binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Aurelius, O. / John, J. / Martiel, I. / Marsh, M. / Vera, L. / Huang, C.Y. / Olieric, V. / Leonarski, P. / Nass, K. / Padeste, C. ...Aurelius, O. / John, J. / Martiel, I. / Marsh, M. / Vera, L. / Huang, C.Y. / Olieric, V. / Leonarski, P. / Nass, K. / Padeste, C. / Karpik, A. / Hogbom, M. / Wang, M. / Pedrini, B.
資金援助 スウェーデン, European Union, 2件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
European Research Council (ERC)HIGH-GEAR 724394European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Commissioning results from the SwissMX instrument for fixed target macromolecular crystallography at SwissFEL
著者: Martiel, I. / Pradervand, C. / Panepucci, E. / Zamofing, T. / Nass, K. / Marsh, M. / Vera, L. / Hunag, C.Y. / Olieric, V. / Buntschu, D. / Kaelin, R. / Leonarski, P. / Ozerov, D. / Padeste, C. ...著者: Martiel, I. / Pradervand, C. / Panepucci, E. / Zamofing, T. / Nass, K. / Marsh, M. / Vera, L. / Hunag, C.Y. / Olieric, V. / Buntschu, D. / Kaelin, R. / Leonarski, P. / Ozerov, D. / Padeste, C. / Karpik, A. / Thominet, V. / Hora, J. / Olieric, N. / Weinert, T. / Wranik, M. / Brunle, S. / Standfuss, J. / Aurelius, O. / John, J. / Hogbom, M. / Zhang, L. / Einsle, O. / Papp, G. / Basu, S. / Cipriani, F. / Beaud, P. / Mankowsky, R. / Glettig, W. / Mozzanica, A. / Redford, S. / Schmidt, B. / Bunk, O. / Abela, R. / Wang, M. / Lemke, H. / Pedrini, B.
履歴
登録2020年12月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6703
ポリマ－43,5581
非ポリマー1122
水1,20767
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
ヘテロ分子

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3396
ポリマ－87,1162
非ポリマー2234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area6330 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.600, 91.600, 207.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

HOH

21A-513-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta / Protein B2 / Protein R2 / Ribonucleotide reductase 1


分子量: 43558.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: nrdB, ftsB, b2235, JW2229 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69924, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 34-37 % PAA 2100, 100 mM HEPES 7.0, 250-450 mM NaCl, 200 mM ammonium sulfate [and] 26% PAA 2100, 100 mM HEPES 7.0, 150 NaCl, 100 Malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESB / 波長: 1.359 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.359 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→19.91 Å / Num. obs: 23626 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 175 % / Biso Wilson estimate: 59.66 Å2 / CC1/2: 0.9936 / CC star: 0.9984 / R split: 0.0863 / Net I/σ(I): 6.65
反射 シェル解像度: 2.29→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 1196 / CC1/2: 0.3532 / CC star: 0.7225 / R split: 1.069
Serial crystallography measurementPulse photon energy: 9.12 keV
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: SwissMX CM / Sample dehydration prevention: cryogenic conditions / Sample holding: COC membrane / Support base: SwissMX goniometer
Serial crystallography data reductionFrames indexed: 7500 / XFEL pulse events: 52300

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystFEL0.7 / 0.8データ削減
CrystFEL0.7 / 0.8データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHASER1.18.2_3874位相決定
Coot0.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MXR

1mxr


解像度: 2.3→19.91 Å / SU ML: 0.3007 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6848
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 1182 5 %
Rwork0.2054 22439 -
obs0.2074 23621 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2781 0 2 67 2850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51033859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.16961053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.40.39721450.34392743X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.530.3941430.3262728X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.690.34721460.29732765X-RAY DIFFRACTION99.93
2.69-2.90.36441440.27762747X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.190.30881460.25272783X-RAY DIFFRACTION99.97
3.19-3.650.2221480.20822798X-RAY DIFFRACTION99.97
3.65-4.580.1871500.18512854X-RAY DIFFRACTION99.93
4.58-19.910.22471600.16773021X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.399672486 Å / Origin y: 30.188187117 Å / Origin z: 4.69829038065 Å
111213212223313233
T0.827885090031 Å2-0.211626175783 Å20.184419707013 Å2-0.798896623887 Å2-0.105955878564 Å2--0.391406468032 Å2
L1.24395505355 °2-1.0802459809 °2-0.544030129541 °2-3.56458816404 °21.70022280698 °2--2.17298582973 °2
S0.141785606735 Å °-0.176330409133 Å °0.16524568285 Å °-0.917913500938 Å °0.408979310412 Å °-0.473061111366 Å °-0.393099803927 Å °0.427816440944 Å °-0.258586284934 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 1 through 339)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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