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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7asx | ||||||||||||
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タイトル | Fixed-target serial femtosecond crystallography using in cellulo grown Neurospora crassa HEX-1 microcrystals. (Chip 1) | ||||||||||||
![]() | eIF-5a domain-containing protein | ||||||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / in cellulo crystals / Woronin body / septal pore sealing | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / translation elongation factor activity / ribosome binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Model details | Chip 1+2 | ||||||||||||
![]() | Lahey-Rudolph, J.M. / Schoenherr, R. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Seuring, C. / Wagner, A. / Meents, A. / Redecke, L. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fixed-target serial femtosecond crystallography using in cellulo grown microcrystals. 著者: Lahey-Rudolph, J.M. / Schonherr, R. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Seuring, C. / Wagner, A. / Meents, A. / Redecke, L. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7asiC ![]() 1khiS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19221.742 Da / 分子数: 1 / 変異: Ser175_*insAla / 由来タイプ: 組換発現 詳細: baculovirus production in Escherichia coli DH10EmBacY cells (Geneva Biotech). Lipofection with Escort IV reagent. P3 recombinant baculovirus stock used for infection of insect cells at MOI 1. 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: modified pFastBac1 vector containing the sequence 5 -ATGGGCGCCTAA-3 between the BamHI and HindIII restriction sites 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0B0EDT5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 % |
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結晶化 | 温度: 300.15 K / 手法: in cell 詳細: Neurospora crassa HEX-1 P3 rBV-infected Sf9 cells at multiplicity of infection 1, cultivated in serum-free ESF921 medium |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月2日 / 詳細: Beryllium lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.312 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.799→39.9 Å / Num. obs: 19213 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 107.66 % / Biso Wilson estimate: 17.22 Å2 / CC1/2: 0.951 / CC star: 0.9873 / R split: 0.1722 / Net I/σ(I): 5.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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Serial crystallography measurement | Collection time total: 0.12 hours / Focal spot size: 1 µm2 / Pulse duration: 27.5 fsec. / Pulse photon energy: 9.45 keV / Source distance: 0.116 m / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Serial crystallography sample delivery | 解説: fixed target / 手法: fixed target | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Serial crystallography sample delivery fixed target | 解説: micro-patterned single-crystalline silicon microchips 詳細: scanning speed matched to 120 Hz pulse repetition rate Motion control: attachment to Roadrunner II / Sample dehydration prevention: humidor, helium chamber / Sample solvent: ESF921 insect cell medium / Sample unit size: 12 µm / Support base: Chip glued to aluminium support frame / Velocity horizontal: 2.5 / Velocity vertical: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Serial crystallography data reduction | Crystal hits: 13247 / Frames indexed: 9726 / Frames total: 43840 / Lattices indexed: 11279 / XFEL run numbers: 9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1khi 解像度: 1.8→30.734 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.36 Å2 / Biso mean: 23.9591 Å2 / Biso min: 0.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→30.734 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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