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- PDB-1khi: CRYSTAL STRUCTURE OF HEX1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1khi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HEX1
要素Hex1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / HEX1 / NEUROSPORA CRASSA / MEMBRANE SEALING / PEROXISOMAL TARGET
機能・相同性
機能・相同性情報


Woronin body / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / cell septum / translational elongation / translation elongation factor activity / ribosome binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hex1, S1 domain / : / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / SH3 type barrels. - #30 / Nucleic acid-binding proteins / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Hex1, S1 domain / : / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / SH3 type barrels. - #30 / Nucleic acid-binding proteins / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Woronin body major protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Yuan, P. / Swaminathan, K.
引用
ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 2003
タイトル: A HEX-1 crystal lattice required for Woronin body function in Neurospora crassa
著者: Yuan, P. / Jedd, G. / Kumaran, D. / Swaminathan, S. / Shio, H. / Hewitt, D. / Chua, N.-H. / Swaminathan, K.
#1: ジャーナル: NAT.CELL BIOL. / 年: 2000
タイトル: A new self-assembled peroxisomal vesicle required for efficient resealing of the plasma membrane
著者: Jedd, G. / Chua, N.-H.
履歴
登録2001年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年3月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hex1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1511
ポリマ－19,1511
非ポリマー00
水2,360131
1
A: Hex1

A: Hex1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3012
ポリマ－38,3012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area2420 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.427, 57.427, 196.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Hex1 / Woronin body major protein


分子量: 19150.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / プラスミド: PGEX61 / 遺伝子 (発現宿主): HEX1 (1-176) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)LYS-S / 参照: UniProt: P87252
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13 mg/mlprotein1drop
260 mMTris1reservoirpH7.5
3210 mM1reservoirNaCl
430 mM1reservoirCaCl2
55 %(w/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.978797, 0.978441, 0.930
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月13日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9787971
20.9784411
30.931
反射解像度: 1.78→99 Å / Num. obs: 16231 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 6.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rsym value: 0.146 / % possible all: 85.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 18047 / Num. measured all: 123270 / Rmerge(I) obs: 0.055

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.78→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 220231.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1340 9.9 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 13538 73 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.8285 Å2 / ksol: 0.532008 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å21.13 Å20 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---1.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å-0.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1128 0 0 131 1259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4771.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2472.5
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 82 9.3 %
Rwork0.163 798 -
obs--28.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 13542 / σ(F): 3 / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.351
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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