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- PDB-7asm: Staphylococcus aureus 50S after 30 minutes incubation at 37C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7asm
タイトルStaphylococcus aureus 50S after 30 minutes incubation at 37C
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 27
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
キーワードRIBOSOME / H68 / translation / protein synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal ...Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / : / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / : / : / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL30
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Cimicata, G. / Bashan, A. / Yonath, A.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)322581
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Staphylococcus aureus 50S after 30 minutes incubation a 37C
著者: Cimicata, G. / Bashan, A. / Yonath, A.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年3月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11900
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: 50S ribosomal protein L19
E: 50S ribosomal protein L4
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: 50S ribosomal protein L2
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L13
J: 50S ribosomal protein L15
K: 50S ribosomal protein L16
M: 50S ribosomal protein L18
O: 50S ribosomal protein L20
P: 50S ribosomal protein L21
R: 50S ribosomal protein L23
S: 50S ribosomal protein L24
T: 50S ribosomal protein L25
U: 50S ribosomal protein L27
W: 50S ribosomal protein L29
3: 50S ribosomal protein L35
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
4: 50S ribosomal protein L36
D: 50S ribosomal protein L3
F: 50S ribosomal protein L5
I: 50S ribosomal protein L14
Q: 50S ribosomal protein L22
V: 50S ribosomal protein L28
X: 50S ribosomal protein L30
Z: 50S ribosomal protein L32
L: 50S ribosomal protein L17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,322,93430
ポリマ－1,322,91029
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 NECGHJKMOPRSTUW3124DFIQVXZL

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13104.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UVB6
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22364.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TRC7
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29827.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rap, rplB / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: B3VKN3
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19501.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8U3X2
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TUE6
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15628.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UGA7
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15599.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rplP, rplP_1, BN1321_380075, BTN44_13635, C7P97_04110, CSC83_04395, CSC87_02245, CV021_17950, D1G01_09450, D1G05_10690, D1G09_02860, D1G21_09920, EF900_08535, EP54_02110, EQ90_01255, ...遺伝子: rplP, rplP_1, BN1321_380075, BTN44_13635, C7P97_04110, CSC83_04395, CSC87_02245, CV021_17950, D1G01_09450, D1G05_10690, D1G09_02860, D1G21_09920, EF900_08535, EP54_02110, EQ90_01255, ERS072840_01149, ERS140147_00631, HMPREF3211_01568, M1K003_0786, NCTC10654_02415, NCTC10702_03541, NCTC13131_01586, NCTC5664_01669, NCTC6133_03033, NCTC7878_01016, NCTC7988_02322, RK64_11945, SAMEA1708664_00133, SAMEA1708674_02418, SAMEA2445518_02259
発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A0A077V4G0
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TRE0
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13459.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077VMP6
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: D7URR3
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10380.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TUB4
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11447.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MHIKKGDNVKVIAGKDKGKEGKVIATLPKKDRVVVEGVNIMKKHQKPTQLNPEGGILETEAAIHVSNVQLLDPKTNEPTRVGYKFVDGKKVRIAKKSGEEIKSNN
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A6K7SSC4
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 10462.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A133Q8Z9
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8595.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077ULC5
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7845.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077W1J5
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7461.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UL47
#19: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5684.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077V2P0
#20: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5252.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TQ59
#21: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UGV8
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23199.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8U3W0
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 17651.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A2S6D0C0
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UUA0
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12328.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A6I4H7Y4
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L28


分子量: 5499.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077URJ8
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6434.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8UVN7
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L32


分子量: 5569.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A1Q8DAT0
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13583.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UG91

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#3: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 946738.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ...詳細: GAUUAAGUUAUUAAGGGCGCACGGUGGAUGCCUUGGCACUAGAAGCCGAUGAAGGACGUUACUAACGACGAUAUGCUUUGGGGAGCUGUAAGCUUUGAUCCAGAGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGCAUGAGUUAUGUCAUGUUAUCGAUAUGUGAAUACAUAGCAUAUCAGAAGGCACACCCGGAGAACUGAAACAUCUUAGUACCCGGAGGAAGAGAAAGAAAAUUCGAUUCCCUUAGUAGCGGCGAGCGAAACGGGAAGAGCCCAAACCAACAAGCUUGCUUGUUGGGGUUGUAGGACACUCUGUACGGAGUUACAAAGGACGACAUUAGACGAAUCAUCUGGAAAGAUGAAUCAAAGAAGGUAAUAAUCCUGUAGUCGAAAAUGUUGUCUCUCUUGAGUGGAUCCUGAGUACGACGGAGCACGUGAAAUUCCGUCGGAAUCUGGGAGGACCAUCUCCUAAGGCUAAAUACUCUCUAGUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGUGAAAUAGAACCUGAAACCGUGUGCUUACAAGUAGUCAGAGCCCGUUAAUGGGUGAUGGCGUGCCUUUUGUAGAAUGAACCGGCGAGUUACGAUUUGAUGCAAGGUUAAGCAGUAAAUGUGGAGCCGUAGCGAAAGCGAGUCUGAAUAGGGCGUUUAGUAUUUGGUCGUAGACCCGAAACCAGGUGAUCUACCCUUGGUCAGGUUGAAGUUCAGGUAACACUGAAUGGAGGACCGAACCGACUUACGUUGAAAAGUGAGCGGAUGAACUGAGGGUAGCGGAGAAAUUCCAAUCGAACCUGGAGAUAGCUGGUUCUCUCCGAAAUAGCUUUAGGGCUAGCCUCAAGUGAUGAUUAUUGGAGGUAGAGCACUGUUUGGACGAGGGGCCCCUCUCGGGUUACCGAAUUCAGACAAACUCCGAAUGCCAAUUAAUUUAACUUGGGAGUCAGAACAUGGGUGAUAAGGUCCGUGUUCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCACCAGCUAAGGUCCCAAAAUAUAUGUUAAGUGGAAAAGGAUGUGGCGUUGCCCAGACAACUAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUAGUCGAGUGACACUGCGCCGAAAAUGUACCGGGGCUAAACAUAUUACCGAAGCUGUGGAUUGUCCUUUGGACAAUGGUAGGAGAGCGUUCUAAGGGCGUUGAAGCAUGAUCGUAAGGACAUGUGGAGCGCUUAGAAGUGAGAAUGCCGGUGUGAGUAGCGAAAGACGGGUGAGAAUCCCGUCCACCGAUUGACUAAGGUUUCCAGAGGAAGGCUCGUCCGCUCUGGGUUAGUCGGGUCCUAAGCUGAGGCCGACAGGCGUAGGCGAUGGAUAACAGGUUGAUAUUCCUGUACCACCUAUAAUCGUUUUAAUCGAUGGGGGGACGCAGUAGGAUAGGCGAAGCGUGCGAUUGGAUUGCACGUCUAAGCAGUAAGGCUGAGUAUUAGGCAAAUCCGGUACUCGUUAAGGCUGAGCUGUGAUGGGGAGAAGACAUUGAGUCUUCGAGUCGUUGAUUUCACACUGCCGAGAAAAGCCUCUAGAUAGAAAAUAGGUGCCCGUACCGCAAACCGACACAGGUAGUCAAGAUGAGAAUUCUAAGGUGAGCGAGCGAACUCUCGUUAAGGAACUCGGCAAAAUGACCCCGGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCUUUAGGGUUAACGCCCAGAAGAGCCGCAGUGAAUAGGCCCAAGCGACUGUUUAUCAAAAACACAGGUCUCUGCUAAACCGUAAGGUGAUGUAUAGGGGCUGACGCCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGAGGAGUGGUUAGCUUCUGCGAAGCUACGAAUCGAAGCCCCAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCCGCACGAAAGGCGUAACGAUUUGGGCACUGUCUCAACGAGAGACUCGGUGAAAUCAUAGUACCUGUGAAGAUGCAGGUUACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGUAGCCUGAUAUUGAAAUUCGGCACAGCUUGUACAGGAUAGGUAGGAGCCUUUGAAACGUGAGCGCUAGCUUACGUGGAGGCGCUGGUGGGAUACUACCCUAGCUGUGUUGGCUUUCUAACCCGCACCACUUAUCGUGGUGGGAGACAGUGUCAAGCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAAGGUAACGGAGGCGCUCAAAGGUUCCCUCAGAAUGGUUGGAAAUCAUUCAUAGAGUGUAAAGGCAUAAGGGAGCUUGACUGCGAGACCUACAAGUCGAGCAGGGUCGAAAGACGGACUUAGUGAUCCGGUGGUUCCGCAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGCUACCCCGGGGAUAACAGGCUUAUCUCCCCCAAGAGUUCACAUCGACGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCGCAUCCUGGGGCUGUAGUCGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGUACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCCGUCGUGGGCGUAGGAAAUUUGAGAGGAGCUGUCCUUAGUACGAGAGGACCGGGAUGGACAUACCUCUGGUGUACCAGUUGUCGUGCCAACGGCAUAGCUGGGUAGCUAUGUGUGGACGGGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCAUGAAGCCCCCCUCAAGAUGAGAUUUCCCAACUUCGGUUAUAAGAUCCCUCAAAGAUGAUGAGGUUAAUAGGUUCGAGGUGGAAGCAUGGUGACAUGUGGAGCUGACGAAUACUAAUCGAUCGAAGACUUAAUCAA
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 36974.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: GenBank: 1434110260

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#30: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#29 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 47 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198422 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0193998
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.803141513
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.5749729
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0518287
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0056952

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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