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- PDB-7arw: Structure of human ARH3 E41A bound to alpha-NAD+ and magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7arw
タイトルStructure of human ARH3 E41A bound to alpha-NAD+ and magnesium
要素ADP-ribose glycohydrolase ARH3
キーワードHYDROLASE / ADP-ribose glycohydrolase / ARH3 / human / alpha-NAD+
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-serine ADP-deribosylation / cellular response to superoxide / ADP-ribosylserine hydrolase activity / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage ...peptidyl-serine ADP-deribosylation / cellular response to superoxide / ADP-ribosylserine hydrolase activity / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / base-excision repair, gap-filling / nuclear body / mitochondrial matrix / DNA repair / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylglycohydrolase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily / :
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-Diphosphopyridine nucleotide / ACETATE ION / ADP-ribosylhydrolase ARH3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Rack, J.G.M. / Zorzini, V. / Ahel, I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust101794 英国
Wellcome Trust210634 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanistic insights into the three steps of poly(ADP-ribosylation) reversal.
著者: Rack, J.G.M. / Liu, Q. / Zorzini, V. / Voorneveld, J. / Ariza, A. / Honarmand Ebrahimi, K. / Reber, J.M. / Krassnig, S.C. / Ahel, D. / van der Marel, G.A. / Mangerich, A. / McCullagh, J.S.O. ...著者: Rack, J.G.M. / Liu, Q. / Zorzini, V. / Voorneveld, J. / Ariza, A. / Honarmand Ebrahimi, K. / Reber, J.M. / Krassnig, S.C. / Ahel, D. / van der Marel, G.A. / Mangerich, A. / McCullagh, J.S.O. / Filippov, D.V. / Ahel, I.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribose glycohydrolase ARH3
B: ADP-ribose glycohydrolase ARH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,87922
ポリマ－75,5932
非ポリマー2,28720
水13,601755
1
A: ADP-ribose glycohydrolase ARH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,94011
ポリマ－37,7961
非ポリマー1,14310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA and gel filtration
2
B: ADP-ribose glycohydrolase ARH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,94011
ポリマ－37,7961
非ポリマー1,14310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA and gel filtration
単位格子
Length a, b, c (Å)44.746, 66.112, 70.055
Angle α, β, γ (deg.)115.800, 94.980, 104.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ADP-ribose glycohydrolase ARH3 / ADP-ribosylhydrolase 3 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase ARH3 / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ...ADP-ribosylhydrolase 3 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase ARH3 / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase ARH3 / [Protein ADP-ribosylarginine] hydrolase-like protein 2 / [Protein ADP-ribosylserine] hydrolase


分子量: 37796.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADPRS, ADPRHL2, ARH3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NX46, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N- ...参照: UniProt: Q9NX46, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 775分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-8NA / alpha-Diphosphopyridine nucleotide / alpha-NAD


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM ammonium acetate (pH 4.5) and 9% (w/v) PEG10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→61.52 Å / Num. obs: 157336 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 1042072
反射 シェル解像度: 1.31→1.33 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. measured all: 50580 / Num. unique obs: 7642 / Rpim(I) all: 0.417 / Rrim(I) all: 1.089 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D3A

6d3a


解像度: 1.31→36.01 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 7763 4.94 %
Rwork0.166 149520 -
obs0.167 157283 95.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114 Å2 / Biso mean: 27.42 Å2 / Biso min: 8.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.31→36.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4958 0 148 759 5865
Biso mean--28.71 41.08 -
残基数----660
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.31-1.32490.32722470.33244893514093
1.3249-1.34050.32592460.31224807505393
1.3405-1.35680.31472550.29054901515693
1.3568-1.3740.32132530.29734852510593
1.374-1.39210.30682360.29234904514094
1.3921-1.41120.2652420.26784836507893
1.4112-1.43130.26782560.24354941519794
1.4313-1.45270.26562450.22884869511494
1.4527-1.47540.22552940.20354886518094
1.4754-1.49960.19632510.1944928517994
1.4996-1.52540.21672400.18184895513595
1.5254-1.55320.1872530.17554987524095
1.5532-1.5830.1742450.17014942518795
1.583-1.61530.21282580.16024929518795
1.6153-1.65050.18772370.1665005524295
1.6505-1.68890.18492380.16724995523396
1.6889-1.73110.20972680.17034998526696
1.7311-1.77790.19452860.16674959524596
1.7779-1.83020.20012700.16364974524496
1.8302-1.88930.18422700.16195062533296
1.8893-1.95680.19492700.16865057532796
1.9568-2.03510.18222580.1625009526797
2.0351-2.12780.18452490.1555115536497
2.1278-2.23990.17772560.16185036529297
2.2399-2.38020.17242970.16215067536498
2.3802-2.5640.1692760.15935075535198
2.564-2.82190.17122500.15565136538698
2.8219-3.230.17742550.15665146540199
3.23-4.06860.1492690.13935170543999
4.0686-36.010.15562930.15065146543999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0162-0.83551.82453.4526-0.07362.729-0.12720.08750.0301-0.07780.01790.0105-0.06710.04940.11130.1336-0.02840.0250.08750.020.09320.7851-1.348821.2579
23.27230.70742.02432.96630.48422.9801-0.13450.16790.121-0.2084-0.01690.2545-0.2333-0.06390.08330.18710.00630.00170.1280.01170.14115.50833.546121.8808
31.2815-0.19320.34541.96250.53131.7933-0.0824-0.15140.11940.2584-0.0096-0.0557-0.1982-0.05680.06630.2283-0.0057-0.03160.1290.00160.114821.62351.664840.5894
44.42810.2908-1.13192.99690.05085.6990.0088-0.5891-0.11620.59490.09310.12670.2835-0.2520.05020.2965-0.0030.00570.20140.05060.174718.6233-18.638840.8299
50.95620.6560.26942.20560.01960.8117-0.01530.0046-0.0261-0.0318-0.01720.0346-0.0029-0.00160.02590.124-0.00030.00220.12560.00060.12915.6646-9.210323.8478
61.4493-0.26180.80791.4855-0.11351.5968-0.1171-0.05290.00750.07290.0691-0.0561-0.0833-0.03380.06410.10050.00330.00980.1065-0.00450.1137-1.444525.109312.6462
74.38730.22630.03434.95040.80121.6767-0.203-0.05810.44230.04240.1433-0.59-0.6910.78280.06450.2541-0.1393-0.01650.30250.01630.25294.94337.5353-2.7866
81.11450.18580.15191.1818-0.70762.21760.00050.0892-0.007-0.12650.01320.04270.1069-0.0278-0.00620.0912-0.0060.0080.1122-0.00830.1171-5.422319.40350.7743
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 18 THROUGH 42 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 43 THROUGH 92 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 93 THROUGH 203 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 204 THROUGH 240 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 241 THROUGH 361 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 18 THROUGH 224 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 225 THROUGH 254 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 255 THROUGH 362 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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