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万見
- PDB-7app: Structure of Lipase TL from capillary grown crystal in the presen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7app
タイトルStructure of Lipase TL from capillary grown crystal in the presence of agarose
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / Lipase / Reinforced Crosslinked Lipase crystals / CLECs
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Mono-/di-acylglycerol lipase, N-terminal / Lipase 3 N-terminal region / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomyces lanuginosus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Martinez-Rodriguez, S. / Fernande-Penas, R. / Verdugo-Escamilla, C.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2016-74875-P スペイン
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2021
タイトル: Production of Cross-Linked Lipase Crystals at a Preparative Scale.
著者: Fernandez-Penas, R. / Verdugo-Escamilla, C. / Martinez-Rodriguez, S. / Gavira, J.A.
履歴
登録2020年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,88722
ポリマ－58,6852
非ポリマー1,20220
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.851, 137.851, 79.942
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Lipase / Triacylglycerol lipase


分子量: 29342.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermomyces lanuginosus (菌類) / 遺伝子: LIP / 発現宿主: Aspergillus sp. (カビ) / 参照: UniProt: O59952, triacylglycerol lipase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: Hexagonal bipyramid
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7 / 詳細: 5.0 M NaFormate, 0.1 M Tris HCl, agarose 0.2% (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.571
11-K, -H, -L20.429
反射解像度: 1.7→68.93 Å / Num. obs: 94343 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 1738317 / Scaling rejects: 3359
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.7-1.7316.40.85946510.8650.2180.886100
9.33-68.9316.70.096140.9960.0210.09299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HW1

6hw1


解像度: 1.7→66.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.954 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.013 / ESU R Free: 0.014 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1544 4792 5.1 %RANDOM
Rwork0.127 ---
obs0.1284 89507 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.69 Å2 / Biso mean: 23.314 Å2 / Biso min: 10.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.14 Å20 Å20 Å2
2--8.14 Å20 Å2
3----16.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→66.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4142 0 76 480 4698
Biso mean--42.2 35.75 -
残基数----537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0134869
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0721.6526675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5741.5929916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.245646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.17621.844282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.02115740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7631540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.025919
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021141
LS精密化 シェル解像度: 1.704→1.748 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 360 -
Rwork0.15 6589 -
all-6949 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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